ВВС флота имел более 598 боеготовых боевых самолета, в том числе 302 истребителя[4] и 173 бомбардировщика[5]. В береговой и противовоздушной обороне насчитывалось свыше 800 орудий различных калибров. Кроме того, в районах нового базирования строились батареи на островах: Гогланд, Найссар, Осмуссар, Руссарэ, Даго и Эзель.
Что бы теперь ни писали, но подготовка коалиции государств, возглавляемых фашистской Германией, к нападению на Советский Союз не осталась в тайне от руководства страны. Такие факты, как сосредоточение крупных сил германских и финских войск на наших границах, перевозка морем германских войск в Финляндию, усиление разведывательной деятельности, проведение финским правительством мобилизации и ряд других, были хорошо известны советскому командованию, которое правильно расценивало их как именно подготовку к нападению. Приходилось также считаться с позицией Швеции, заключившей договор с Германией о транзите морских и сухопутных перевозок.
Военным советам Краснознаменного Балтийского флота и 8-й армии Прибалтийского Особого военного округа (ПрибОВО) уже в середине августа 1940 г. на основании совместного решения народных комиссаров Обороны и Военно-Морского флота приказали разработать к началу сентября 1940 г. план взаимодействия по обороне побережья. Основной задачей действий КБФ и 8-й армии являлось не допустить высадку морского и воздушных десантов противника на советскую территорию. Достижение поставленной задачи предполагалось осуществлять нанесением противнику ряда ударов силами флота и авиации ПрибОВО. При этом удары в море планировало и проводило командование КБФ, а по базам противника — силами морской и сухопутной авиации совместно или самостоятельно по решению командующих флотом и округом. Планом взаимодействия предусматривалось, что действия авиации флота и армии при нанесении ударов по кораблям противника в море и при подходе к нашему побережью должны выполняться под руководством морского, а по жизненным центрам противника и объектам в прифронтовой полосе — сухопутного командования. Разработку подобных операций требовалось вести совместно.
На силы КБФ возлагалась оборона только своих объектов (аэродромов, складов, батарей и т. д.), Моонзундских островов и островов Финского залива. За противодесантную оборону всего остального побережья отвечала РККА.
ПВО района Таллин — Палдиски, Хапсалу и островов Даго, Эзель, Аэгна, Найссар и Осмуссар, осуществлял флот, а остальных важнейших пунктов и узлов железных дорог, расположенных на побережье Эстонской ССР — 8-я армия.
Инженерная подготовка приморского направления Балтийского театра целеустремлялась на быстрое создание необходимых условий для наиболее эффективного использования разнородных сил флота на случай войны. Более 90 % всех денежных средств, выделенных флоту в 1940–1941 гг. на строительство, вложили в освоение западных районов приморского направления. В Лиепаи, Ханко, Палдиски и Таллине, на Моонзундских островах форсированным темпом шло строительство новых баз, аэродромов, узлов связи, складов и береговых укреплений, главным образом береговой и противодесантной обороны. Соединения, части и подразделения береговой обороны, ПВО, СНиС[6] и гидрографическая служба на островах Эзель и Даго объединили под командованием коменданта береговой обороны Балтийского района (БОБР), подчиненного непосредственно Военному совету флота. Одновременно начали проводить перевооружение военно-воздушных сил флота.
В целях наилучшего использования сил флота при отражении готовящегося нападения нарком ВМФ приказал Военному совету КБФ разработать планы действий флота на морском направлении, а также совместных действий армии и флота. В директиве адмирала Н.Г. Кузнецова от 26 февраля 1941 г. говорилось, что при разработке планов следует исходить из предположения одновременного выступления против СССР на западе коалиции, возглавляемой Германией и включавшей в себя Италию, Венгрию, Румынию, Финляндию и Швецию, с одновременным выступлением против СССР на востоке — Японии. Исходя из этого, на Краснознаменный Балтийский флот возлагались следующие задачи: