Сложные гидрометеоусловия вынуждали подводные лодки тип «М» при волнении моря 5–6 баллов укрываться на рейде Могильный у острова Кильдин; подводные лодки тип «Щ» покидали позиции и укрывались в бухте Цып-Наволок при волнении моря восемь баллов. Поддержание боевой готовности затрудняли низкие температуры, приведшие к сильному обмерзанию корпуса и вооружения, разведку — плохая видимость.
С конца января подводные лодки, находящиеся на позиции на подходах к Варангер-фьорду у острова Вардё, стали чаще обнаруживать норвежские корабли. Так, наблюдая с 29 января по 7 февраля движение норвежских военных кораблей, оказалось возможным установить, что Порсангер-фьорд ими использовался как маневренная база.
11 февраля подводная лодка Щ-421 находилась на позиции у м. Нордкин и обнаружила норвежский миноносец «Augir». 13 февраля подводная лодка разведала подходы к порту Гамвик и акваторию самого порта, а 15 февраля повторно обнаружила норвежский миноносец «Augir» у м. Нордкин. 19 февраля, возвращаясь с позиции и потеряв место в условиях малой видимости, в 2.30 села на мель в губе Скорбеевская п-ова Рыбачий. Ошибки в координатах места посадки на мель, переданные в штаб, существенно затруднили поиск подводной лодки. 20 февраля подводную лодку обнаружил эсминец «Громкий», и привел в базу только 6 марта из-за непрекращавшихся жестоких штормов.
В конце февраля обострились отношения между Советским Союзом, с одной стороны, и Швецией и Норвегией — с другой. Обстановка требовала усиления бдительности.
Подводные лодки продолжали вести разведку в Баренцевом море на подходах к Варангер-фьорду. 22 февраля с целью усиления наблюдения за районом Вардё Нарком ВМФ приказал выставить две подводные лодки в районе между меридианами 31015* и 32°00′ Ost и параллелями 70°15′ и 70°30′ N. 23 февраля подводные лодки заняли позиции у Вардё.
23 февраля подводные лодки Щ-402 и Щ-404 заняли назначенные им позиции в районе между меридианами 31015' и 32°00′ Ost и параллелями 70°15′ и 70°30′ N.
Подводная лодка Щ-402 3 марта в 19.05 в районе островов Вардё обнаружила огни двух неизвестных кораблей, шедших в кильватер и повернувших на нее. Уклонилась погружением на 25 метров. Всплыла через два часа и обнаружила их вновь. Погрузилась опять и всплыла через 2,5 часа в скоплении рыболовецких судов.
13 марта в 12.00 на Балтийском флоте прекратили боевые действия. Корабли Северного флота продолжали нести дозорную и разведывательную службу до окончания эвакуации частей 14-й армии из Печенги в Мурманск 9 апреля 1940 года.
В ходе Боевых действий во время Советско-финской войны на Северном морском театре, подводные лодки Северного флота не использовали оружия и не соприкасались с противником. Опасения руководства, что Швеция и Норвегия нарушат заявленный ими нейтралитет, не подтвердились. Подводные лодки, находясь в назначенных районах, ограничились выполнением поставленной им задачи дальнего подвижного корабельного дозора. Свою задачу они выполнили. Здесь упомянуты только некоторые подводные лодки, участвовавшие в боевых действиях. Остальные выполняли свою задачу в сходных условиях.
Летом 1940 года подводные силы СФ пополнились новыми крейсерскими подводными лодками тип «К», предназначенными для океанских походов. Подводные лодки вошли в состав 1-го Дивизиона: К-1 и К-2.
13 ноября 1940 года в ходе проведения глубоководных испытаний после ремонта в Мотовском заливе Баренцева моря погибла подводная лодка Д-1, которая по-прежнему лежит на грунте.
Успешные переходы надводных кораблей побудили командование Военно-Морского Флота попытаться выявить возможность проводки Северным морским путем подводных лодок. Для этой цели была выделена подводная лодка Щ-423. На время перехода ее возглавил капитан 3 ранга И.М.Зайдулин, а его дублером — старший лейтенант А.М.Быстров.
Руководство экспедицией осуществлял инженер-капитан 1 ранга И.М.Сендик, который ранее участвовал в ряде северных экспедиций и имел большой опыт плавания в Арктике. При подготовке к плаванию во льдах корпус Щ-423 покрыли деревянной «шубой» с металлическими креплениями и заменили винты. За подготовкой подводной лодки к предстоящему арктическому плаванию пристально следили первый секретарь Мурманского обкома партии и командующий Северным флотом контр-адмирал В.П.Дрозд. Они неоднократно посещали подводную лодку перед переходом.