Развертывание подводных лодок для боевых действий началось в первый же день войны. К исходу дня 22 июня в море вышли подводные лодки Щ-421 и Щ-401. Первая направилась в район Варангер-фьорда, вторая — к о. Вардё. 23 июня к мысу Нордкап последовала подводная лодка Д-3. С 10 июля в районе Тана-фьорда начала действовать подводная лодка Щ-402.
Для подводных лодок были нарезаны позиции, примыкавшие к берегу противника и вытянутые в сторону моря. Размеры позиций, определявшиеся в основном географическими условиями районов, были довольно большие, что приближало метод использования лодок к крейсерству в ограниченном районе. Другие же элементы соответствовали хорошо отработанному позиционному методу: взаимодействие между лодками и с другими силами флота не предусматривалось, выход за пределы позиции был запрещен. Позиции разделялись широкими разграничительными полосами.
Таким образом, первое время на коммуникациях противника действовали очень малые силы — две, а затем четыре подводные лодки. Большего Северный флот дать не мог, так как четыре лодки находились в ремонте, а четыре были привлечены к несению дозоров. К осени 1941 года, когда бригада пополнилась новыми подводными лодками (из Ленинграда были переведены К-3, К-21, К-22, К-23, С-101, С-102) и были сняты дозоры у своего побережья, число лодок, действовавших на коммуникациях, было увеличено еще на две единицы.
Заняв назначенные позиции, подводные лодки приступили к поиску транспортов противника. В течение нескольких суток они несли напряженную вахту, но ни одно вражеское судно обнаружить не смогли. Убедившись, что противник избегает открытых путей, лодки стали подходить ближе к берегу. Некоторые из них обследовали места возможных стоянок судов в перископ и даже проникли в гавани.
27 июня 1941 года подводная лодка Щ-401 (командир капитан-лейтенант А.Е.Моисеев, на борту командир дивизиона капитан 3 ранга И.А.Колышкин) направилась к бухте Бутен, прикрытой с моря о. Вардё. Подойдя как можно ближе, командир несколько раз осмотрел бухту в перископ. Со стороны моря ничего, кроме нескольких рыбачьих мотоботов, не было видно. Однако часть бухты оставалась скрытой береговым выступом. Вместе с тем не было заметно и каких-либо противолодочных средств, прикрывавших вход в бухту. Моисеев, посоветовавшись с командиром дивизиона, принял решение пройти в глубь акватории. Маневр не предусматривался планом похода и был опасен. Он осложнялся еще и тем, что на лодке не было подробной карты гавани и командир не знал о местных глубинах.
Вечером того же дня Щ-401 в подводном положении направилась в узкость между островом и берегом. Торпедные аппараты были приготовлены к выстрелу. Войдя в бухту, командир увидел в перископ транспорт, стоявший на якоре бортом к подводной лодке. Следуя малым ходом, Щ-401 направилась к транспорту и, когда дистанция сократилась до 18 кабельтов, выстрелила одной торпедой. Однако взрыва не последовало. Моисеев решил, что торпеда с установленной глубиной хода 5 метров прошла под килем транспорта, имевшего, по-видимому, небольшую осадку. Считая, что дальнейшая стрельба нецелесообразна, командир направил лодку к выходу из залива.
Отойдя мористее, Щ-401 легла на грунт. По приказанию командира была изменена установка глубины хода торпед, находившихся в торпедных аппаратах (для выполнения этой операции нужно было вытаскивать торпеды в отсек, на что уходило несколько часов).
К концу работ емкость аккумуляторной батареи оказалась недостаточной для повторения маневра. Лишь 28 июня Щ-401 вновь вошла в бухту, однако транспорта на месте уже не оказалось.
14 июля 1941 года подводная лодка Щ-402 (командир старший лейтенант Н.Г.Столбов) повторила действия Щ-401, проникнув в гавань Хоннингсвог (о. Магерё). Ее действия оказались более успешными. Обнаружив стоявший на якоре транспорт противника, Щ-402 сблизилась с ним на дистанцию 4 кабельтова и выпустила две торпеды. В перископ хорошо был виден взрыв. Транспорт накренился и вскоре затонул. Не подвергаясь преследованию, лодка вышла из гавани.
За проникновением подводных лодок Щ-401 и Щ-402 на рейд о. Вардё и в гавань Хоннингсвог последовал ряд дерзких прорывов подводных лодок в гавань Линахамари. Первой сюда проникла в начале августа 1941 года подводная лодка М-174 (командир капитан-лейтенант Н.Е.Егоров). К сожалению, в этот раз кораблей противника у причалов порта не оказалось.