В период ведения боевых действий военные комитеты штаб-квартир осуществляли руководство формированиями с передовых командных пунктов, создаваемых в приграничных с Афганистаном районах Пакистана, как правило, в районах расположения полков. Они же организовывали переброску боевых групп, оружия и боеприпасов, осуществляли взаимодействие.
Руководство исламскими комитетами и полками штаб-квартиры оппозиции осуществляли через своих уполномоченных, которые на месте решали проблемы, возникавшие у мятежников, и конкретизировали их задачи по ведению боевых действий.
В целях повышения гибкости управления, оперативности и обмена информацией, быстрого доведения до исполнителей указаний использовались технические средства связи. В высшем звене (связь штаб-квартир с исламскими комитетами и командованием «фронтов» и полков) — радиосвязь в коротковолновом (KB), в низшем звене (связь исламских комитетов с «фронтами» и полками, а также командования «фронтов» и полков с подчиненными подразделениями) — в ультракоротковолновом (УКВ) диапазонах.
Инфраструктура сопротивления
Особое внимание руководством оппозиции уделялось созданию инфраструктуры для обеспечения развертывания и функционирования мятежного движения: базовых районов, баз, перевалочных баз и опорных пунктов.
А. Базовые районы представляли собой значительные по площади территории в труднодоступных горных ущельях, удаленных от коммуникаций и гарнизонов советских и афганских войск. Основными элементами таких районов были: штаб (исламский комитет), учебный центр, склады различного назначения, ремонтные мастерские, госпиталь, жилые постройки, укрытия и убежища. Здесь располагались постоянные гарнизоны для их обслуживания, охраны и обороны. Базовые районы хорошо оборудовались в инженерном отношении, имели развитую сеть оборонительных сооружений и заграждений, прикрывались средствами ПВО.
К основным базовым районам относились: Агарсай (42 км южн. Мазари-Шариф, ИПА), Байрамшах (36 км юго-зап. Мазари-Шариф, ДИРА), Шорча (57 км южн. Мазари-Шариф, НИФА), Хукумати-Духанайи-Гори (22 км юго-зап. Пули-Хумри, ИПХ), Верхний Панджшер (26 км сев. — вост. Руха, ИОАП), Гурбатегар (38 км зап. Бараки, ИПА и ДИРА), Азрау (58 км юго-вост. Кабул, ИПА и ИСОА), Искаполь (16 км зап. Газни, ДИРА), Заркашан (70 км зап. Газни, ИПА, ИПХ и ДИРА), Исламдара (48 км сев. — зап. Кандагар), Варсадж (провинция Бадахшан, ИОА), Таганхок (провинция Герат, ИОА).
Б. Базы же представляли собой небольшие по площади объекты, предназначенные для размещения вооруженного формирования одной партийной принадлежности и хранения его оружия и имущества.
Основные базы мятежников на территории Афганистана: Альмар, Кара-Дарайи-Занг, Шах, Дарайи-Банд, Дарзаб, Карамкуль, Амрах, Тондж, Джароб, Бедак, Кашка, Дехи, Зингирд, Шер-Шер, Мушхана, Бустон, Яшуль, Пумбуки-Бала, Кухи-Суфи, Джигдалай, Мелава, Камбакка, Шпалькай, Срана, Кунсаф, Сурхаган, Апушела, Чинарту, Гулинай, Мулла-Бостанкалай и др.
В. Перевалочные базы и пункты были (как следует из их названия) промежуточными органами снабжения оппозиции. Их содержали на караванных маршрутах вблизи границ с Пакистаном и Ираном (а пункты — и в глубине территории ДРА). Именно на них осуществляли перегрузку оружия, боеприпасов, материальных средств с транспортов, пришедших из Пакистана и Ирана, на транспорт оппозиционных отрядов, действующих в самом Афганистане. Здесь же при необходимости можно было длительное время хранить оружие и боеприпасы.
Перевалочные базы: Марульгад, Рабати-Джали, Шинарай, Кокари-Шушари, Джавара, Льмархауза, Ангуркот, Ходжамульк, Мианпушта, Анандара, Шагали, Тангисейдан. Крупные перевалочные базы (например, Марульгад, Шинарай, Джавара, Рабати-Джали и др.) одновременно являлись и базовыми районами.
Интересно отметить, что некоторые базы (например, Джавара) создавались на протяжении многих лет, а строительство началось еще до прихода к власти НДПА, для ведения борьбы с режимом Дауда. Они представляли собой комплекс наземных и подземных (тоннельного типа с защитной толщей 15–20 м) сооружений. В них размещалось все необходимое для жизни, быта и боевой деятельности: командный пункт с узлом связи, учебный и пропагандистский центры, несколько казарм, множество складов оружия, боеприпасов и материальных средств, авторемонтные и оружейные мастерские, снаряжательный патронный завод (по сборке патронов БУР), госпиталь, тюрьма. Имелись административные здания и жилые дома для размещения высокопоставленных лиц и иностранных представителей. База располагала автономным электро- и водоснабжением.