Однако наиболее сложная обстановка стала складываться на афгано-таджикской границе, которая на всей своей протяженности (2 тыс. км) подвергается фактически непрерывному нарушению со стороны жителей как Таджикистана, так и Афганистана. Боевики, как правило, хорошо вооружены, и огневые стычки здесь стали нормой службы для российских пограничников. Через границу просачиваются подготовленные в афганских учебных центрах боевики, разного рода «специалисты» и инструкторы. Торговля оружием и наркотиками стала самой доходной статьей мафиозных структур приграничных районов Таджикистана.
События в этом регионе стали развиваться по апробированному в Афганистане сценарию: сперва пропагандистская, проповедническая деятельность, потом организация и создание нелегальных вооруженных формирований и затем переход к активным действиям по захвату власти.
Во второй половине 1992 г. ситуация в Таджикистане вышла из-под контроля правительства. Руководство республики оказалось в растерянности и не в состоянии оказать должного влияния на урегулирование создавшегося положения. Власть в стране фактически перешла к оппозиции. К тому же на фоне политического и экономического кризиса, охватившего республику, верх стала одерживать политика решения накопившихся проблем с позиции силы, что привело к многочисленным жертвам среди мирного населения, уничтожению материальных ценностей. В стране вспыхнула гражданская война. Она принесла голод и хаос, кровь и боль, страдания и смерть. Число жертв стало исчисляться тысячами. Большое количество жителей в Кулябе, Курган-Тюбе и других населенных пунктах оказались беженцами и бездомными в своей собственной стране. Стали набирать силу экстремистско-исламистские и крайне националистические тенденции.
И все же правительству Республики Таджикистан удалось организовать отпор выступлению исламистов. В середине декабря 1992 г. они были выбиты из столицы, большинство их отрядов были разгромлены, часть ушла в горы или на афганскую территорию. После этого поражения формирования исламистов стали готовиться к проведению операции «Возмездие», создавая тем самым предпосылки для продолжения кровопролития в Таджикистане. Началась насильственная переправа беженцев на афганскую территорию (около 60 тыс. чел.). Этому способствовали действия таджикских исламских фундаменталистов и их союзников из Афганистана.
В конце января 1993 г. в Пешаваре прошло совещание представителей мусульманских стран. На нем были рассмотрены меры «по оказанию помощи таджикским братьям в их «священной войне». Было принято решение во главе отрядов боевиков ставить афганцев, обладающих опытом партизанской войны против Советской Армии, а также выделить таджикской оппозиции часть доходов от торговли наркотиками, поставляемыми на Запад, для закупки оружия и военного снаряжения». Некоторые лаборатории по переработке мака-сырца в афганских провинциях Бадахшан, Кунар и Нангархар переданы в распоряжение таджиков. Однако интересы панисламистов выходят далеко за пределы Таджикистана, они распространяются на всю Среднюю Азию, и не только.
К сторонникам конституционного строя в Таджикистане относятся кулябцы, гиссарцы и лица, исповедующие ислам шиитского толка. Их вооруженные отряды совместно с созданной на территории Узбекистана таджикской бригадой специального назначения МВД и батальоном милиции из Ходжента составляют правительственные войска. Они контролируют практически всю промышленную зону Таджикистана. Общее руководство осуществляет министр внутренних дел Салимов Якуб.
К сторонникам фундаменталистов в основном относятся жители Гармского района и Горно-Бадахшанской автономной области (памирцы). Вооруженные отряды располагаются в Рамитском и Каратичинском ущельях (базы и центры подготовки боевиков под руководством афганских моджахедов). Под контролем находится весь Памир и юг Таджикистана (районы Пянджа, Нижнего Пянджа и Джиликуля). Лидер «Исламской партии возрождения Таджикистана» (ИПВТ) — Кази Колон Тураджонзада. Главная цель исламистов — свержение правительства РТ и создание Исламской Республики Таджикистан. Ориентируются на Иран и Афганистан. На афганской территории при активной поддержке со стороны моджахедов стали формироваться вооруженные отряды из числа беженцев и создаваться центры подготовки боевиков таджикской национальности. В частности, в начале 1993 года такие центры отмечались в районах: Коталь (23 км сев. — вост. Мазари-Шариф — до 300 чел.), Колбат (50 км сев. — вост. Кундуз — до 3000 чел.), Имамсахиб (30 км сев. Кундуз — до 1000 чел.), Рустак — 300 чел., Талукан — 200 чел., Ташкурган — 200 чел., Ходжагар — 300 чел., Янгикала — 300 чел.