На одном из следующих допросов Алексей Протопопов-Медер подтвердил эти показания, уточнив, что занимался с сотней боевой подготовкой: обучением строю, изучением винтовки и пулемета. При этом он отметил, что по своему возрасту и имеющимся навыкам личный состав сотни мог быть использован разве что только для гарнизонной службы, для участия в боях эти люди не годились. На вопрос, какой ориентации придерживались эти люди, Протопопов ответил: «Монархической».
Такой ответ сулил следователю немалые перспективы — можно было обвинить подопечного в участии в монархической, то есть в контрреволюционной организации. Но одного свидетеля было недостаточно.
9 августа 1946 г. был допрошен Иван Березлев, 1893 г. рождения, уроженец станицы Ханской, полковник врангелевской армии, сохранивший этот чин и на немецкой службе. К тому времени Березлев был уже осужден по статье 58-3 к 10 годам лишения свободы.
Подтвердив участие Протопопова в формировании сотни «самостийных казаков», Березлев заметил, что к тому времени Алексей Протопопов был разжалован из майоров в лейтенанты, но, несмотря на это, продолжал формировать сотню. «Этому, — сказал Березлев, — многие удивлялись, считали большим доверием немецких властей».
На вопрос следователя о практической деятельности организации «Самостийные казаки» Березлев ответил, что, судя по газетным и журнальным публикациям, основной задачей этой организации являлось образование самостоятельного казачьего государства в районе Дона и Кубани путем свержения вооруженным путем существующего в России строя. Оживившись, следователь задал еще один вопрос, не была ли организация «Самостийные казаки» связана с немецкими разведывательными органами. Березлев ответил, что об этом ничего не знает. Но следователь остался доволен: преступления Алексея Протопопова-Медера доказаны окончательно и бесповоротно.
Следствие было закончено 30 августа 1946 г., когда начальник Управления МВД по Новосибирской области комиссар милиции 3 ранга (генерал-майор) Шаров утвердил обвинительное заключение по обвинению Протопопова-Медера Алексея Михайловича в преступлении, предусмотренном статьей 58-3 УК РСФСР:
«10 июля 1946 г, Управлением МВД по Новосибирской области был арестован бывший майор немецкой армии Протопопов-Медер Алексей Михайлович за оказание помощи Германии в период войны против Советского Союза.
Произведенным по делу расследованием
УСТАНОВЛЕНО:
Протопопов родился и жил в России до июня 1917 г. Находясь на военной службе в русской армии писарем роты и переводчиком русского языка, в 16 стрелковом полку 18 июня 1917 г. в районе города Черновцы был пленен австрийскими войсками. Не желая возвратиться на родину, в 1918 г. принял австрийское подданство и получил документы на имя Протопопов-Медер.
В ходе военных действий Германии против Советского Союза Протопопов-Медер в начале декабря 1941 года поступил на службу в немецкую армию. С этой целью вместо выезда в город Лютомер, где состоял на военном учете и получил извещение о призыве, явился в штаб оккупационных немецких войск в городе Белграде.
Начальник штаба оккупационных войск полковник Кевиш, установив знание Протопоповым-Медером русского, сербского, немецкого и словенского языков, направил последнего в распоряжение майора Клесс, служившего в то время начальником немецкого штаба при русской охранной дружине. В названном войсковом соединении до ноября 1942 г. Протопопов-Медер служил представителем немецкого командования, наблюдающим за интендантской службой.
В декабре 1942 г. руководство контрреволюционной организации «Самостийные казаки» в Белграде приступило к формированию из участников названной организации отдельной воинской части — сотни. В формировании сотни Протопопов-Медер принимал активное участие
Протопопов-Медер хорошо знал, что основной целью организации «Самостийные казаки» являлось захват и создание самостоятельного государства на территории Дона и Кубани, принадлежащей Советскому Союзу.
Для достижения указанной цели проводилось вовлечение в состав организации казаков, которые путем агитации и пропаганды воспитывались в антисоветском духе, готовились к активной борьбе против Советского Союза, как результат была сформирована сотня. Протопопов-Медер был лично знаком и поддерживал дружеские отношения с руководителем организации «Самостийные казаки» инженером Поляковым, который неоднократно благодарил его за оказываемую помощь в обучении военному делу участников организации.
Пользуясь доверием Полякова и у немецкого командования, Протопопов-Медер был назначен майором Лихтенекером обучать военной подготовке состав сотни «Самостийных казаков» с начала ее формирования.
По окончании военного обучения состава сотни в апреле 1943 г. Протопопов-Медер был назначен ее командиром и продолжал службу в 1-м казачьем полку русского охранного корпуса.
В сентябре 1944 г. Протопопов-Медер штабом добровольческих войск в Германии генерала Кессельринга был назначен офицером для поручений к известному своими зверствами в России белогвардейскому генералу Шкуро, который у немцев служил начальником казачьего резерва, формировал части для немецкой армии, а Протопопов-Медер выполнял его поручения.
В начале 1945 г. Протопопов-Медер перешел на службу в войска СС, имел полномочия главного штаба СС на формирование офицерской части, производил отбор офицеров в 5-м запасном полку и сопровождал их в группу войск генерала Доманова, где проводил военное обучение личного состава офицерского эскадрона до момента капитуляции вооруженных сил Германии.
За активную помощь Германии в борьбе против Советского Союза штабом добровольческих войск генерала Кессельринга в сентябре 1944 г. ему было присвоено звание «майор немецкой армии».
В предъявленном обвинении Протопопов-Медер виновным себя не признал, но существом показаний подтвердил службу в немецкой армии, подготовку кадров для последней, как то: участников контрреволюционной организации «Самостийные казаки», офицеров, находящихся в резерве при группе войск генерала Доманова, службу в штабе начальника казачьего резерва белоэмигранта Шкуро, являлся офицером для поручений у последнего.
В совершении преступлений Протопопов-Медер изобличается показаниями свидетелей: Чегодаева-Саконского Николая Александровича и Березлева Ивана Георгиевича.
НА ОСНОВАНИИ ИЗЛОЖЕННОГО ОБВИНЯЕТСЯ:
Протопопов-Медер Алексей Михайлович, 1897 года рождения, уроженец г. Новочеркасск Ростовской обл. СССР, из служащих, по национальности австриец, подданный Австрии, беспартийный, образование высшее — инженер-путеец, бывший майор немецкой армии, пленен 29 мая 1945 г. советскими войсками в г. Юденбурге, в том, что: находясь на службе в немецкой армии с декабря 1941 г. по день капитуляции Германии, активно помогал фашистскому государству вести вооруженную борьбу против Советского Союза.
Лично готовил кадры для немецкой армии, как рядового, так и офицерского состава.
Имел дружеские отношения с руководителем контрреволюционной организации «Самостийные казаки» Поляковым, по ходатайству которого немецким командованием был назначен обучать военному делу состав отдельной воинской части — сотни, сформированной названной организацией при его непосредственном участии. За активную деятельность в подготовке участников организации к вооруженной борьбе Поляков неоднократно выражал благодарность.
Организация «Самостийные казаки» добивалась захвата Дона и Кубани, принадлежащих Советскому Союзу, с целью создания самостоятельного государства, в разрешении чего принимал участие.