Завершенная в 1930 году „Писаная торба“, парадоксальная „условность в семи ситуациях“, едкая сатира на демагогию, под надежным прикрытием которой творятся дела, полярные тому, что громогласно декларировано, не пошла дальше читки у Таирова, который посоветовал спрятать ее и никому не показывать. Смеяться над подобным было уже весьма рискованно, попытка поставить пьесу наверняка стоила бы режиссеру в лучшем случае театра, в худшем — головы (драматургу тоже). Чтобы понять это, никакого ясновидения не требовалось: уже были — после разгрома в прессе — запрещены „Мандат“ Н. Эрдмана у Мейерхольда, „Народный Малахий“ М. Кулиша у Курбаса, да и у Таирова „Багровый остров“ М. Булгакова. А в тридцать втором году не был допущен до премьеры поставленный Мейерхольдом „Самоубийца“ Эрдмана — режиссер впоследствии погиб, драматург „получил срок“.
Все же терять театру такого автора, как Кржижановский, по мнению Таирова, было нелепо и обидно. И в 1936 году он заказал ему инсценировку „Евгения Онегина“, постановку которой намеревался приурочить к столетию со дня смерти Пушкина.
Читка вызвала в труппе взрыв энтузиазма. Алиса Коонен — будущая Татьяна — уходила из театра, прижимая рукопись к груди и повторяя, как заклинание: „Пьеса есть, пьеса есть“.
И, страхуясь от возможных и уже „вошедших в моду“ обвинений в искажении классики, драматург и режиссер познакомили с текстом пушкинистов: С. Бонди, М. Цявловского, В. Вересаева. В целом отношение оказалось благосклонным, хотя замечания и пожелания повлекли за собой создание второго варианта. Потом пришел черед реперткома, потребовавшего исправлений и переделок в духе официально-школьных представлений о классике. Поначалу Кржижановский решительно отказался палить „из Пушкина по воробьям“, но Таиров уговорил его — ради театра — пойти хотя бы на некоторые уступки. Наконец очередной — уже четвертый — вариант был разрешен и принят к постановке.
А. Осмеркин вдохновенно-быстро сделал истинно пушкинские эскизы декораций и костюмов. Музыку Таиров решил заказать С. Прокофьеву. Но тот не без раздражения возразил, что музыка к „Онегину“ уже написана — и совсем неплохо — Чайковским. Тогда режиссер пригласил композитора хотя бы прийти на специально для него организованную читку.
И вот в назначенный час в огромном кабинете Таирова появился хмурый Прокофьев, кивнул присутствующим и, устроившись на стуле у стены, вдалеке от расположившихся за столом Кржижановского, Коонен, Таирова, Бовшек и Сухоцкой, дал понять, что готов слушать. Кржижановский начал читать. Минут пять спустя послышался неожиданный звук: Прокофьев, не поднимаясь, вместе со стулом медленно двигался, явно не замечая этого, по направлению к чтецу, пока не приблизился вплотную. Едва читка закончилась, он, не вдаваясь в обсуждение, сказал, что, конечно, напишет музыку — и через две недели принес партитуру.
Беда пришла, откуда не ждали. В театре готовилась премьера комической оперы Бородина „Богатыри“. На генеральную репетицию внезапно приехал Молотов. В шуточных образах богатырей он узрел злостную „дегероизацию“ российской истории, подрыв основ русского патриотизма, словом, политическое недомыслие, если не хуже. Спектакль запретили. Поползли слухи о закрытии театра. Таиров — „во спасение“ — срочно поставил горьковских „Детей солнца“ с Коонен в главной роли. Об „Онегине“ не могло быть и речи…
Однако из пушкинских штудий возникла еще одна пьеса Кржижановского — „Тот третий“. Перечитав „Египетские ночи“, он с увлечением стал разрабатывать сюжет о том, кто вместе с воином Флавием и мудрецом Критоном решился купить ночь любви Клеопатры ценою жизни, но „имени векам не передал“. Поначалу вещь мыслилась как роман, были даже набросаны первые главы. Потом стало ясно, что это пьеса, в некотором роде близкая трагифарсам Бернарда Шоу. Предлагал ли он ее какому-либо театру? Сведений нет. Думается, вряд ли, отдавая себе отчет в том, что театра, который мог бы сделать такой спектакль, уже не существует. Но об одной читке известно. Она состоялась в доме Станиславского — в комнате, где жил В. Тезавровский. Среди присутствующих был Мейерхольд. По окончании он встал, поздравил и поблагодарил автора как „один из бесполезных и к делу непригодных зрителей“. И ушел. Его театр был уже закрыт. Несколькими днями раньше Кржижановский был на собрании бывшей труппы ГОСТИМа, потребовавшей от властей выяснения „политического лица“ Мейерхольда…
Разумеется, театром отнюдь не ограничивались попытки Кржижановского выбраться из „невезятины“, добиться хоть сколь-нибудь устойчивого положения. Он брался за многое и разное — всякий раз с первоначальным успехом. Но развить успех не удавалось.
По его сценарию Я. Протазанов поставил свой знаменитый „Праздник святого Йоргена“. Сценарий сохранился, как и запись беседы о нем с режиссером. Но в титрах фильма имени Кржижановского не оказалось. Вспыхнул конфликт. В результате два других его сценария: „Возвращение Мюнхгаузена“ и „Бег в мешке“ — постановщика себе так и не нашли.
А. Птушко, приступив к съемкам первого отечественного художественного мультфильма „Новый Гулливер“ (того самого, с которого началась его слава режиссера-сказочника) и вскоре почувствовав, что работа зашла в тупик, обратился за помощью к Кржижановскому, уже имевшему опыт занятий мультипликацией, правда рекламной (например, он сочинил по заказу Моссельпрома сценарий „Истории о Мосе, Селе и сыне их Проме“). Тема была по нему, и он написал сценарий, поразивший съемочную группу неожиданностью замысла и остроумием воплощения. Однако оказалось, что деньги, истраченные на первоначальные съемки, списать нельзя и требуется изменить сценарий так, чтобы использовать отснятый материал. Сознательно портить удавшееся произведение — кому понравится? Кржижановский признавался в письме, что чуть было не сказал, что „за тему о Гулливере не следовало браться лилипутам“, от прямой резкости удержался, но нечто в этом роде все же произнес. Ему этого не забыли: когда съемки завершились, работы для него больше не нашлось. Его оттеснили люди более решительные и хваткие.
В эти трудные годы его поддерживали друзья — П. Антокольский, М. Левидов, С. Мстиславский, Е. Ланн. Использовали любую возможность, чтобы „узаконить“ его пребывание в литературе, а значит — и в обществе, где быть человеком «без профессии» и без службы становилось все опасней.
Антокольский и Ланн познакомили его с Е. Ф. Никитиной. И чтения на Никитинских субботниках стали для Кржижановского постоянной и благодатной возможностью проверять написанное на публике, причем на публике, знающей толк в литературе и к зряшным похвалам не склонной.
Мстиславский, бывший тогда заместителем главного редактора издательства «Энциклопедия», заказал ему для Большой советской энциклопедии статью об Авенариусе. Статья понравилась. Тут же последовала целая серия заказов для этого издания, а затем и приглашение на постоянную редакторскую работу.
Казалось, наконец-то можно перевести дух. Но передышка была короткой. Стоило Мстиславскому уйти из издательства, выяснилось, что энциклопедическая образованность Кржижановского — как бы постоянный укор многим сослуживцам, а независимость его суждений раздражает начальство. У Гулливера нет возможности быть среднего роста и не высовываться. Начались бесконечные мелочные придирки, которые, накопившись, вывели Кржижановского из равновесия. В результате на директорский стол легло заявление: «Считая опыт по превращению меня из человека в чиновника в общем неудавшимся, прошу от должности контрольного редактора меня освободить. С. Кржижановский».