Много самолетов простаивало из-за отсутствия резины. На 25 октября ГВФ имел 31 Ю-52, в том числе 23 исправных, но шесть из них оказались «разуты». Предлагалось даже заменить немецкие колеса на колеса от Ли-2. На базе № 405 выполнили комплект чертежей. Правда, дальше дело не пошло.
С 21 сентября «Аэрофлот» возобновил регулярное движение на ряде воздушных линий. Ю-52 работали на трассах Свердловск— Красноярск и Куйбышев — Ташкент— Алма-Ата.
К зиме «юнкерсы» поставили на лыжи. Лыжи были разные: и от Ли-2 (их устанавливали на базе № 405), и от ТБ-1, и специальные. Последние разработали в НИИ ГВФ. Впервые их смонтировали на самолете Л-23 в октябре 1943 г.
На 1943 г. ставилась задача получить 25 Ю-52. План перевыполнили: по документам ВВС гражданской авиации сдали 27 «юнкерсов». На 1 января в строю числились 29 Ю-52 (в том числе 21 исправный). Потеряли же всего один. 24 октября 1943 г. самолет с номером Л-37 упал и сгорел у станции Аша. Экипаж погиб.
По мере того, как менялась ситуация на фронте, трофеев становилось все больше. «Юнкерсы» продолжали поступать в ГВФ, восполняя сравнительно небольшие потери (в 1944 г. лишились трех самолетов, в 1945 г. — двух). Число машин постепенно росло, но уже никогда не было такого количественного скачка, как после Сталинградской битвы. На 1 июня 1944 г. их имелось 30, на 1 января 1945 г. — 31.
Согласно постановлению ГКО от 12 декабря 1944 г. все трофейные Ю-52 подлежали сдаче в ГВФ. Но имелись и исключения. Один «Юнкерс» довольно долго служил в санитарном отряде ВВС Балтийского флота. Три летающих тральщика эксплуатировались после войны на Черном море. Они уничтожали магнитные мины у побережья Крыма, в районе Одессы и в устье Дуная.
Но большая часть трофеев все-таки поступала в гражданскую авиацию. После капитуляции Германии в Советский Союз эшелонами погнали самолеты, моторы, различное оборудование и запасные части. К 1 октября 1945 г. парк ГВФ насчитывал уже 37 «юнкерсов». Из них пять совершенно исправных самолетов прибыли из Румынии — их изъяли по распоряжению союзной контрольной комиссии.
Теперь «юнкерсы» работали не только в Московском управлении. Уже с 1944 г. ГВФ, изрядно пополнивший свой состав Ли-2 и американскими С-47, мог себе позволить оснащать новыми машинами и тыловые подразделения. Они начали оттеснять Ю-52 на окраины страны. Семь самолетов отправили в Туркмению для перевозки серы. Им предстояло заменить устаревшие и предельно изношенные Г-2. Четыре Ю-52 работали там уже с конца 1944 г. Вернее, работали три — четвертый долго ждал новые моторы. Один из этих самолетов (пилота Борового) разбился 15 марта 1945 г. во время вынужденной посадки на двух моторах.
Две машины прибыли в Якутию. Два самолета в Таджикистане обслуживали линию на Куляб. Среди пилотов там работали две женщины. Одна из них, Комиссарова, погибла в катастрофе в 1945 г.
В Средней Азии мотоустановку Ю-52 подвергли доработке. Немецкие двигатели сильно страдали от песчаной пыли. Даже зимой поршневые кольца изнашивались за 15–20 летных часов. В первых числах июня 1945 г. на правый и средний моторы самолета Л-68 установили воздушные фильтры конструкции НИИ ГВФ. На левом по предложению местных умельцев всасывающий патрубок установили не под мотогондолой, а над нею. После успешных испытаний на линиях Ашхабад — Ташауз и Ашхабад — Дарваза на всех самолетах в Туркмении средние моторы оборудовали новыми всасывающими патрубками. Позднее появился другой вариант патрубка, опробованный на машине Л-35.
Последний Ю-52 поступил в ГВФ в 1946 г. После того, как на линии вышли высвободившиеся от обслуживания фронта Ли-2 и С-47, большой необходимости в использовании немецких самолетов уже не ощущалось. 28 июня 1947 г. был издан приказ начальника ГУ ГВФ о списании и дальнейшем использовании трофейной техники. После дефектации к концу года списали девять наиболее изношенных Ю-52, еще один разбился в аварии. На 1 декабря всего имелось 23 «юнкерса». Впредь их предписывалось использовать только как грузовые в отдаленных районах. Например, в Восточно-Сибирском управлении Ю-52 вошли в 10-й транспортный отряд и стали возить продовольствие на прииски.
В 1948 г. из списков исчезли еще десять «юнкерсов». По результатам проводившейся в мае переписи самолетного парка в наличии оставались две машины — одна ждала списания, вторая долетывала ресурс в Восточной Сибири. На 1 июня в списках находился всего один Ю-52. К концу года не стало и его.
Трофейные «юнкерсы» эксплуатировались также ведомственной авиацией. В июне — августе 1945 г. экипажи Московской группы Управления полярной авиации (УПА) перегнали из Германии один самолет на колесах и один на поплавках. На заводе № 477 в Красноярске для них спроектировали систему обогрева кабин и новые капоты моторов. Сконструировали, изготовили и с «положительным результатом» испытали лыжи. «Юнкерс» с номером Н-380 довольно долго служил в Игарской авиагруппе. За 1946 г. полярные Ю-52 налетали 351 час. Последний из них списали в начале 1949 г.
Немецкими самолетами располагал также НКАП (позднее МАП). Первые Ю-52 наркомат получил в начале 1943 г. Эти машины обеспечивали срочную перевозку комплектующих с одного завода на другой. В апреле 1947 г. у министерства имелось шесть «юнкерсов», позднее парк увеличился за счет передачи техники из ГВФ и ВВС. На 1 октября того же года в него входили уже десять Ю-52. Их списание началось со следующего года. На 1 января 1950 г. в строю оставалось пять машин. Все их списали в 1-м квартале следующего года.
Некоторое количество самолетов имелось в авиации МВД. Они обслуживали лагеря в отдаленных районах. Например, в апреле 1947 г. в авиаотряде Норильского комбината (подчинявшегося Главному управлению лагерей металлургической промышленности) работали два Ю-52. Но и здесь от них старались избавиться. К апрелю 1949 г. в системе МВД остался один «Юнкерс», в начале 1950 г. списали и его.
Министерство рыбной промышленности западных районов в апреле 1947 г. располагало одним самолетом, базировавшимся на Измайловском аэродроме в Москве. К началу 1949 г. три такие машины эксплуатировал трест «Севрыба» в Архангельске. К 1 апреля из них летала только одна.
К 1951 г. ни одного Ю-52 в советской авиации не осталось.
В Португалии и Швейцарии
В ноябре 1936 г. правительство Португалии обратилось в Берлин с просьбой продать десять «юнкерсов». Немцы поставили им партию Ju 52/3mg3e под обозначением Ju 52K. Машины были доставлены морем из Гамбурга в 1937 г. Ими вооружили бомбардировочную эскадрилью на аэродроме Синтра. Позднее эту часть перевели на Азорские острова, где ее и расформировали в январе 1944 г. Самолеты перелетели на материк и были законсервированы на базе Ота.
В сентябре 1950 г. португальцы приобрели в Норвегии два трофейных Ju 52/ 3mg7e. Самолеты перегоняли по воздуху через Копенгаген и Брюссель. В конце 1960 г. парк пополнился 15 французскими ААС.1. Машины получали в Оране (Алжир), а затем совершили на них перелет в Лиссабон с промежуточной посадкой в Севилье. Эти «юнкерсы» служили в качестве транспортных. Их использовали также для обучения парашютистов. Последний из них «дожил» до 1968 г.