Первой стали комплектовать эскадру KG 152 «Гинденбург», за ней последовали KG 153, KG 154 и KG 155. Их эскадрильи разместились на аэродромах Гибелыитадт, Тутов, Грейфсвальд, Мерсебург, Финстервальде и Фасберг. Туда поступали уже Ju 52/3mg3e с полным вооружением.
В марте 1935 г. правительство Германии официально объявило о возрождении своих ВВС — Люфтваффе. Рейхскомиссариат авиации переименовали в Рейхсминистерство. Начался быстрый количественный рост военной авиации. Именно на «юнкерсах» прошли подготовку самые опытные кадры Люфтваффе. Затем наступил этап быстрого внедрения бомбардировщиков нового поколения. Тем не менее Ju 52/3mg3e и Ju 52/3mg4e несли бомбовое вооружение до 1937–1938 гг. К весне 1938 г. перевооружение бомбардировочной авиации закончилось. Старые «юнкерсы» остались в строю только в одной группе — IV/KG 152 в Финстервальде. Она стала ядром немецкой военно-транспортной авиации.
Ju 52/3m в качестве бомбардировщиков применялись в Гражданской войне в Испании.
В Испании
В июле 1936 г. испанские генералы подняли мятеж против правительства республики. После гибели в авиационной катастрофе генерала Санхурхо лидером мятежников стал прибывший с Канарских островов генерал Франко. Поддерживавшие его войска находились в основном в той части Марокко, которая тогда была испанской колонией. Их требовалось перебросить через пролив. Флот же в большинстве своем сохранил верность республике. Солдат решили перевозить по воздуху. Но и самолетов у Франко было немного. Однако на его стороне выступили фашистские режимы Италии и Германии.
19 июля мятежники отправили своих представителей в Рим и Берлин. Три дня спустя Франко телеграммой обратился к Гитлеру с просьбой предоставить десять транспортных самолетов с экипажами. 24 июля после встречи с представителями мятежников фюрер распорядился дать 20 «юнкерсов».
Штаб Люфтваффе получил приказ 25-го, а уже через день первый самолет стартовал с берлинского аэродрома Темпельгоф. Всего до 9 августа в Марокко отправились по воздуху десять машин — Ju 52/3mg3e со снятым вооружением. На их борта и крылья нанесли немецкие гражданские обозначения. Формально эти «юнкерсы» были проданы компании «Испано-Марокко де трансноптес» (HISMA). Экипажи набирались в эскадрах Люфтваффе и пополнялись опытными летчиками из «Люфтганзы». Весь персонал, разумеется, был одет в гражданское.
Командиром транспортного подразделения назначили обер-лейтенанта Р. фон Моро. За отправкой техники в Испанию наблюдал уже упоминавшийся Э. Мильх, ставший к этому времени генералом.
Летели через Италию с посадкой на Сицилии. Один «юнкере» зашел на территорию, контролируемую республиканцами, и приземлился на аэродроме Барахас. Убедившись в ошибке, немцы тут же взлетели, но второй раз опять сели у республиканцев. Самолет был реквизирован, и его стали переделывать в бомбардировщик. Работы были прекращены в связи с протестом германского посольства, а в октябре и саму машину разбомбили франкисты.
Еще десять «юнкерсов» прибыли в Марокко морем. Их отправили пароходом из Гамбурга 29 июля. В месте назначения машины выгрузили 11 августа.
Немецкие летчики сразу же после прибытия начали регулярные рейсы из Тетуана (Марокко) на аэродром Таблада под Севильей. В первые же дни они перебросили 500 солдат. Это позволило мятежникам перейти в наступление и продвинуться к северу от города.
Самолеты совершали до четырех вылетов в день. При этом вместо 17 человек по норме брали на борт до 40. Рекорд поставил пилот Хенке (из «Люфтганзы»), который за день перевез 243 солдата и офицера. Вместе с войсками авиация перебрасывала боеприпасы и оружие, включая пулеметы и небольшие пушки.
С начала августа на «воздушном мосту» из Марокко стали работать также итальянские самолеты. К концу месяца по воздуху в Испанию доставили уже 7350 человек. В их число входили части Иностранного легиона и марокканцев. С 5 августа под прикрытием итальянской авиации начались перевозки по морю. Поэтому значение воздушной трассы постепенно ослабевало. Полеты прекратили в середине октября. Всего за время операции совершили 868 рейсов, перебросили 14 000 солдат, 44 орудия и 500 т различных грузов. Гитлер сказал: «Франко должен воздвигнуть памятник Ju 52. Этому самолету обязана победой революция в Испании».