И наоборот, из-за неверного направления, или прерывания генетических сигналов, возможно ребенок с набором хромосом девочки (46, ХХ) рождается без яичников, или с яичками вместо яичников.
Одной из самых важных функций хромосом является производство ферментов и гормонов, которые влияют на развитие эмбриона. Синдром дефицита 5 альфа — редуктазы описывает разные прерывания при нормальном развитии, которые могут произойти с ХУ-индивидами. В этом случае, У-хромосомы успешно стимулируют рост яичек, но яички производят только некоторые гормоны нужные для развития мужчины. При отсутствии важного гормона DHT (дигидротестостерон), мужские половые органы не могут развиться и половые органы становятся женскими или неясными. Единственным частично успешным результатом действий У-хромосомы в таких случаях является то, что у человека также не могут развиться фаллопиевы трубы или матка.
Синдром Кляйнефельтера (СК) впервые был описан американцем Гарри Кляйнефельтером в 1942, это врожденное расстройство, поражающее мальчиков и мужчин. Когда мужские сперматозоиды соединяются с женскими яйцеклетками, фетальные клетки имеют по крайней мере по одной лишней Х-хромосоме. Более общим результатом является кариотип 47, ХХУ — т. е. 44 аутосомы плюс 3 вместо двух половых хромосом. Поскольку это состояние врожденное и не наследуется, родители мальчика с СК не должны беспокоиться насчет ее возможной передачи своим внукам, и им не нужно волноваться, что они родят еще одного мальчика с СК.
Дальнейший вариант этого состояния известен как мозаицизм, в которой некоторые клетки тела имеют нормальный набор 46,ХУ а другие — 47,ХХУ. Это описывается как 46,ХУ/47,ХХУ. Большая часть индивидов с набором 47,ХХУ — бесплодны и не могут иметь детей, но некоторые, чьи тела включают 46,ХУ клетки, способны производить сперматозоиды и иметь детей.
Оценки о частоте возникновения СК среди рождающихся мальчиков разнятся от 1 к 1000 (0,1 %) до 1 к 400 (0,25 %), делая его одним из самых распространенных врожденных расстройств. Мальчики с СК имеют обычную фигуру тела мужчины, если не считать, что во время взросления у них могут развиться груди. Изучение психологического характера людей с СК не привели к каким-либо ясным выводам. У некоторых людей были описаны ухудшения в умственных функциях — трудности в учебе, трудности с концентрацией внимания, трудности с речью и трудности в социализации с другими детьми. Однако, отчеты об этих проблемах, их серьезности и их распространенность не ясны и чаще всего не подтверждаются. Мальчикам с СК не требуется специального ухода и большинство из них, похоже, более или менее нормально ходят школу и ведут взрослую жизнь. Уровень мужского гормона тестостерона зафиксирован как нормальный в период полового созревания, но потом может упасть ниже стандартного уровня у взрослого. Это случаи ассоциируются с определенными женскими чертами, такими как низкий уровень волос на лице, пониженное мышечное развитие и отложение жира на бедрах.
Также была отмечена повышенная уязвимость к большому числу физиологических недугов и болезней, связанных с иммунной системой. Среди них повышенный риск остеопороза (хрупкие кости), и астма. Но опять же, многие из этих доказательств являются не более чем двусмысленными, за исключением частоты возникновения рака грудных желез, которое в 20 раз чаще встречаются у людей с СК, чем у нормального мужского населения (едва ли 1 % от всех случаев рака грудных желез случается с мужчинами).
Не описано никаких медицинских вмешательств и их не рекомендуется использовать в случае с лицами с СК. Возможно, можно лишь предложить поддерживать уровень тестостерона в тех случаях, когда, например, у женщины или не-мужчины, физические черты становятся предметом насмешек или с целью преодоления утомления. Однако, слишком длительный прием тестостерона, как и любого другого гормона, не считается разумным из-за известного риска побочных явлений.
Параллельное состояние к СК, известное как синдром Тернера, может произойти с девочками. Это скорее результат уменьшения, чем увеличения, хромосом, дающий кариотип 45,Х в некоторых или во всех клетках тела. Как и индивиды с СК, многие люди с синдромом Тернера ведут нормальную жизнь, но вероятно являются бесплодными. Частота синдрома Тернера среди женщин оценивается приблизительно как 1 к 2000; значительно реже, чем частота СК среди мужчин. Это может быть еще более значимым, так как такая статистика широко проводит параллели о большей частоте возникновения гендерных расстройств среди мужчин, чем среди женщин.