Узнав о гибели киевского митрополита, Василий II направил в Византию владыку Иону. Но патриарх не стал ждать прибытия московского претендента.
Угроза турецкого завоевания побудила константинопольские власти ускорить заключение церковной унии с Римом. Чтобы обеспечить присоединение к унии богатой и многолюдной русской епархии, патриарх назначил ее главой грека Исидора, игумена одного из константинопольских монастырей. Исидор деятельно участвовал в предварительных переговорах с Римом. Он слыл человеком образованным и к тому же обладал дипломатическими способностями. Весной 1437 г. Исидор прибыл в Москву, а уже через полгода поспешил на объединительный собор в Италию. Собор открылся в Ферраре, а закончился во Флоренции. На нем встретились авторитетные иерархи и богословы Востока и Запада. Прения о вере и главенстве папы над патриархами были жаркими, и им не видно было конца. Однако император Иоанн Палеолог не мог ждать, и греческим иерархам пришлось принять условия, поставленные папой. Исидор взял на себя почин в выработке текста соглашения об унии. Акт о соединении христианской церкви под главенством Рима был подписан в июле 1439 г.
Рассчитывая на поддержку католических властей Польши, Исидор по пути в Москву задержался на год в Литве. Однако его нетерпеливая попытка соединить церкви в пределах Литвы не удалась.
В марте 1441 г. Исидор вернулся в Москву. Во время литургии в Успенском соборе имя патриарха было заменено именем папы. Вслед за тем была зачитана грамота о соединении церквей. Три дня московские власти старались склонить Исидора к отказу от унии, а на четвертый день его взяли под стражу и заточили в Чудов монастырь. Полгода спустя Исидор бежал в Тверь, а оттуда в Рим.
Русские власти заготовили грамоту к патриарху с уведомлением о намерении собрать в Москве собор епископов для избрания нового митрополита. Два года спустя эту грамоту обновили и переадресовали императору. Но в конце концов грамота так и не была отослана в Византию.
В свое время Дмитрий Донской пытался превратить русскую митрополию в послушное орудие своей политики. Византия не допустила этого. В свою очередь Москва отвергла попытки греков подчинить московскую митрополию политическим интересам империи. Односторонние уступки в пользу «латинства» были сочтены московским духовенством и светскими властями недопустимыми. Столкновение противоположных тенденций подорвало церковное влияние Византии на Русь еще до того, как Византийская империя пала.
Московская церковь лишилась митрополита в момент, когда Русь стояла на пороге новой междоусобицы. На этот раз смута возникла из-за военных неудач.
В 1437 г. хан Улу-Мухаммед был изгнан из Орды сыновьями Тохтамыша и нашел прибежище в литовских пределах. Татары наспех устроили городок на Белеве, чтобы зазимовать в нем. Будучи данником Улу-Мухаммеда, Василий II опасался, что Орда надолго закрепится в непосредственной близости от русских границ. Посланные им Дмитрий Шемяка и московские воеводы обратили татар в бегство. Оказавшись в трудном положении, хан готов был перейти на службу к московскому князю. Недооценив силы татар, воеводы отвергли предложение хана прислать заложников. Убедившись в неизбежности битвы, татары под покровом утренней мглы сами атаковали московские полки и победили.
Не вполне ясно, где кочевал Улу-Мухаммед в эти годы. Известно лишь, что в 1439 г. он в течение десяти дней осаждал Москву, требуя покорности от «подручника» Василия II. Обширные посады столицы были сожжены, множество людей посечено. Великий князь вернулся в столицу после отступления татар, но не смог там оставаться изза трупного смрада.
Не имея возможности вернуть себе наследственный улус, Улу-Мухаммед решил обосноваться на землях волжских булгар и в отвоеванных у русских городах. В 1444 г. он занял нижегородский Кремль. Московские воеводы засели в осаде в «меньшем» городе, но из-за голода предали укрепления огню и ушли прочь. В 1445 г. сыновья хана царевичи Мамутяк и Якуб напали на Русь. Василий II не позаботился о том, чтобы подготовить силы к отражению набега. Собрав едва тысячу воинов, он двинулся к Суздалю, рассчитывая, что в пути к нему присоединятся силы удельных князей. Особые надежды он возлагал на полки Шемяки. С большой настойчивостью государь звал брата на помощь. Когда позднее епископы выступили с обвинениями против Шемяки, они напомнили удельному князю, как государь «посылал послов своих до четыредесяти, зовучи тебя к себе за христианство помогати». Шемяка посадил Василия II на трон, и последний считал его надежным союзником. Однако он допустил просчет.
Накануне боя Василий II дал пир явившимся к нему младшим удельным князьям и боярам. Рано утром нагрянули татары, грубо разбудившие спавший лагерь. Бой произошел 7 июля 1445 г. у стен Суздаля на поле против Спасо-Ефимьевского монастыря. Закованные в броню дружинники дрались с упорством и обратили неприятеля в бегство. Возможно, бегство татар было притворным. Преследование расстроило боевые порядки русских. Одни поспешили вслед за врагами, другие «начаша избитых татар грабити». Имея три с половиной тысячи воинов, Мамутяк сумел остановить натиск русских и предпринять повторную атаку. Застигнутые врасплох князья обратились в бегство. Московский летописец, желая обелить Василия II, хвалил его мужество. Князь будто бы получил множество ран «по голове и по рукам, и тело все бито вельми». Татарское войско потеряло 500 воинов, русские " несравненно больше. Много дружинников было иссечено в битве. Василий II, князь Михаил Верейский, многие московские бояре и дети боярские попали в плен. После битвы царевичи двинулись к Владимиру, а затем вернулись в Нижний, где передали пленных отцу. Хан продержал Василия II менее трех месяцев, после чего за выкуп отпустил на Русь.
После суздальской битвы управление Москвой взял на себя Дмитрий Шемяка как старший в роду Калиты. Известие о пленении государя вызвало в народе растерянность и ужас. Жители Москвы и окрестных уездов спешили укрыться со всеми пожитками в Кремле, ожидая, что татары явятся с минуты на минуту. Скорее всего, от костров, разложенных беженцами в крепости, вспыхнул пожар. Сгорели все деревянные постройки, а «белокаменные» стены «падоша во многих местех». В огне погибло множество людей, сгорели княжеская казна и товары, свезенные в Кремль. Население начало в панике покидать Москву. Пример показала княгиня-вдова Софья. Шемяка вернул ее с дороги и предпринял другие меры, чтобы положить конец панике. Население стало готовиться к осаде.