Не ожидая серьезного сопротивления, Иван III послал войска к Новгороду разными путями. Воевода князь Холмский с десятитысячным войском "отправился вдоль Ловати к Руссе, откуда было рукой подать до литовского рубежа. Отряд воеводы Стриги Оболенского двигался вдоль Меты. Сам Иван III с двором и тверской силой шел следом за воеводами, значительно отставая от них. По пути московские ратники безжалостно разоряли землю, «пленующе и жгуще, и люди в плен ведуще». Жестокими расправами с пленниками воеводы желали навести ужас на новгородцев. Пленным резали «носы, уши и губы».
С некоторой задержкой Новгороду удалось сформировать ополчение численностью до 40 тысяч ратников. Большая часть ополченцев " рядовые горожане " никогда прежде не участвовала в боевых действиях и была вооружена кое-как. Во главе ополчения стояли посадники Василий Казимир и Дмитрий Борецкий.
В июле новгородская рать продвинулась к Шелони, с тем чтобы не допустить соединения псковских войск с московскими и, дождавшись помощи из Литвы, обрушиться на полки Ивана III. На реке Шелонь новгородцы неожиданно для себя столкнулись с ратью Холмского. Некоторое время оба войска шли по разным сторонам реки, ища брода. Воевода медлил с переправой, ожидая подкрепления. Новгородцы рассчитывали использовать свой численный перевес, но в их войске возник раздор. Меньшие люди требовали немедленной атаки. «Ударимся ныне» на москвичей, кричали они. Воеводы конного архиепископского полка отказывались биться с москвичами, говоря, что они посланы против псковичей.
Согласно московским источникам, 15 июля ратники Холмского перешли «великую реку», бросились на новгородцев, «яко львы рыкающе», и обратили их в бегство. На самом деле сражение началось неудачно для москвичей.
Как следует из новгородских источников, новгородцам поначалу удалось использовать перевес в силах. Они «бишася много и побиша москвич много», а под конец погнали «москвичи за Шелону». Но тут на новгородскую пехоту обрушились татары. Отряд касимовских татар, приданных воеводе Стриге Оболенскому, видимо, подоспел на Шелонь в разгар боя. Ни псковичи, ни двор Ивана III в битве не участвовали. Отборный отряд конницы " архиепископский полк " еще имел возможность вступить в дело и отогнать татар. Но он не двинулся с места. Новгородская рать потерпела сокрушительное поражение. Новгородцы стали жертвой кровавой резни. Иван III желал, чтобы Новгород почувствовал мощь княжеской власти и никогда больше не осмелился поднять оружие против Москвы. Москвичи перебили 12 тысяч новгородцев, а в плен увели всего 2 тысячи человек. Взятые в плен посадник Дмитрий Борецкий и трое других бояр были обезглавлены. Прочих посадников "Василья Казимера и его товарищов 50 лутчих отобрав повеле (Иван III. « Р.С.) вести к Москве и оттоле к Коломне и в тюрьму всадити».
Новгородцы сожгли свои посады и стали готовиться к длительной осаде. Но архиепископ Феофил настоял на мирных переговорах с Москвой. Перспектива длительной осады города и угроза войны с Литвой побудили Ивана III не медлить с заключением мира. На Новгород была наложена контрибуция в 16 тысяч рублей. В тексте договора новгородцы еще именовались «Великим Новгородом, мужами вольными», но «отчина» великого князя Новгород обязался на отставать от Москвы и «не отдаться» за короля. Бояре привели новгородцев к присяге на верность Ивану III. Московские власти не решились упразднить в Новгороде вечевой строй. Последующие события обнаружили несовместимость республиканских и монархических порядков.
Осенью 1475 г; Иван III явился в Новгород «миром», но его сопровождала внушительная военная сила. По традиции новгородских должностных лиц могли судить лишь Совет господ и вече Новгорода. Великий князь пренебрег традицией. Поводов для вмешательства во внутренние дела Новгорода было более чем достаточно.
В обычных условиях вечевой строй «республики» обеспечивал участие населения в управлении государством при сохранении правопорядка. В обстановке острого кризиса вече, унаследовавшее от древнего народоправства архаические черты, неизменно обнаруживало теневую сторону. Когда жители разных «концов» города не могли прийти к согласованному решению, они пускали в ход силу. Одержавшие верх на вече подвергали прямому грабежу своих противников. Население Новгорода не могло простить сторонникам Москвы Шелонского побоища. Бояре Неревского «конца», ориентировавшиеся на союз с королем, использовали народные настроения для расправы с жителями Славенского «конца», тяготевшего к Москве. Они напали на Славкову улицу и подвергли ее жителей грабежу. В жалобе на имя Ивана III пострадавшие перечислили имена 25 лиц, повинных в грабеже. По прибытии в Новгород государь велел арестовать четырех бояр. Наказания избежали некоторые из главных инициаторов разбоя, зато под стражу угодил известный противник Москвы, имя которого не фигурировало ни в каких жалобах.
Добиваясь полного подчинения Новгорода, Иван III задался целью упразднить особый новгородский суд, заменив его великокняжеским. Вопрос о ликвидации вечевого строя был отложен на будущее.
Появление второй власти в Новгороде имело важные последствия. Жители, потерпевшие неудачу в суде «республики», немедленно обращались со своими исками к Ивану III. К весне 1477 г. в Москве собралась целая толпа новгородских жалобщиков, принадлежавших к различным слоям общества. Среди других во дворец явились двое мелких чиновником " подвойский Назар и дьяк новгородского веча Захарий. Кто снарядил их в Москву, невозможно установить. Домогаясь милости, эти лица употребили в своем обращении к Ивану III титул «государь». Официальные послы Новгорода неизменно именовали великого князя «господином». «Господин Великий Новгород» вел переговоры с «господином Великим князем». Такое обращение символизировало равенство сторон. Московские власти поспешили использовать обмолвку, чтобы предъявить «республике» новые требования. Бояре Ф. Д. ХромойЧеляднин и И. Б. Тучко-Морозов прибыли в Новгород и потребовали признания за Иваном III титула государя и упразднения новгородского суда.