Новгородское вече выслушало послов и категорически отвергло их домогательства. Лица, давшие Москве повод для враждебных действий, были объявлены вне закона. Распри между сторонниками и противниками Москвы фактически привели к падению боярского правительства. Боярин В. Никифоров, который втайне от Новгорода поступил на службу к Ивану III и принес ему присягу, был убит на вече. В страхе перед разбушевавшейся толпой прочие бояре разбежались.
9 октября 1477 г. Иван III с войском выступил в поход на Новгород. В пути к нему присоединилась тверская рать. В ноябре московские, тверские и псковские отряды окружили Новгород со всех сторон. Новгородцы деятельно готовились к обороне. Городские укрепления включали Детинец (Кремль) и «город» с мощным поясом укреплений. Чтобы не допустить штурма со стороны реки, воевода В. Гребенка-Шуйский и жители спешно соорудили деревянную стену на судах, перегородив Волхов. Новгородцы рассчитывали на то, что многочисленная неприятельская армия, собранная в одном месте, не сможет обеспечить себя продовольствием и рано или поздно отступит, спасаясь от голода и сильных морозов. Расчеты новгородцев оправдались лишь отчасти. Ивану III пришлось распустить половину войска, чтобы воины могли добыть продовольствие грабежом. Исключительную услугу Москве оказал Псков, доставивший в лагерь великого князя обозы со съестными припасами.
Новгород имел возможность выдержать осаду. Но его мощь подтачивали распри. Боярское правительство разделилось. Сторонники Москвы, помня о недавних казнях на вече, спешили покинуть город, чтобы предупредить государя, что «новгородцы не хотят здати Новгород».
Самые решительные защитники новгородских вольностей были давно казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и вече не сумели организовать оборону города. "Людям, " записал псковский летописец, « мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, а иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имела позиция архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода. Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хотим быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем московские бояре продиктовали послам волю государя: «Вечю колоколу в отчине нашей в Новегороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многие брани». «Всташа чернь на бояр и бояри на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».
Оказавшись между молотом и наковальней, посадники пытались достичь соглашения с московскими боярами. Последние заверили послов, что Иван III не будет высылать новгородцев «на Низ», не будет «вступаться» (конфисковать) в их земли. Заверения положили конец колебаниям правителей республиканского Новгорода. Стремясь получить гарантии неприкосновенности своих имуществ, бояре просили, чтобы монарх лично подтвердил соглашение и принес клятву на кресте. Но им грубо отказали в этом.
Видя «неустроение» и «великий мятеж» в городе, князь В. Гребенка-Шуйский сложил крестное целование Новгороду и перешел на службу к Ивану III. Лишившись военного предводителя, новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.
15 января 1478 г. Патрикеев с другими боярами въехал в Новгород и привел -к присяге жителей. Вече в городе более не созывалось. Наиболее важные документы из архива Новгорода, а также вечевой колокол были увезены в Москву, выборные должности, вечевые порядки, древний суд упразднены. Новгородская «республика», просуществовавшая несколько веков, пала. Автор московского свода 1497 г. не скрыл своего удивления по поводу неслыханного нарушения «правды» и старины в Новгороде. "А как и стал Новгород " Русская земля, " записал он, « таково позволенье на них не бывало ни от которого великого князя, да ни от иного ни от кого». Иван III обязался «не вступаться» в вотчины новгородцев, но очень скоро нарушил свои обязательства. Уже в феврале 1478 г. он приказал арестовать вдову Марфу Борецкую с внуком Василием и нескольких других лиц, возглавлявших пролитовскую партию. Под стражу был взят также архиепископский наместник. Всех арестованных Иван III приказал отправить в Москву, а "животы их (вотчины и прочее имущество. « Р.С.) велел отписать на себя».
Арест архиепископа Феофила в 1480 г. развязал руки московским властям. Посадник Василий Александрович Казимир, его брат Яков Александрович Короб, Лука Федоров и Михаил Берденев принесли присягу государю и были приняты на московскую службу. Однако в 1481 г. они подверглись аресту и в опале лишились всех своих земель. Зимой 1483 " 1484 гг. гонения на бояр приобрели еще более широкий размах. В Москву поступил донос «на новгородци от самих же новгородцев» по поводу нового заговора бояр и их «ссылки» с Литвой. Иван III был встревожен и направил в Новгород воинскую «заставу ратную», которая стояла там четыре месяца. Главной фигурой открывшегося «заговора» был посадник Иван Кузьмич Савелков, тридцать других бояр и житьих людей. Неизвестно, кто из них тайно сносился с Литвой. Одно несомненно. По делу о заговоре аресту подверглись крупнейшие землевладельцы Новгорода.
В конце 1480-х годов наместником в Новгород был назначен боярин Яков Захарьин-Кошкин. Он обвинил в измене разом весь Новгород. Грандиозный процесс, организованный им, был последним, так как судить больше было некого. Древнее новгородское боярство было искоренено. Одних изменников наместник Яков Захарьин «пересече и перевешал», остальных отправил под стражей в Москву. По словам современников, конфликт возник на почве злоупотреблений и лихоимства властей. Наместник Захарьин не церемонился с опальным городом, облагал жителей штрафами, ставил на правеж. Обиженные и ограбленные новгородцы искали защиты у Ивана III. В свою очередь Захарьин обвинил своих обличителей в государственной измене " покушении на жизнь наместника. Иван III и его дума приняли версию Захарьина. Подлинной причиной экстраординарных мер Москвы было то, что «республиканские» порядки Новгорода были живучими. Даже после московского завоевания народ повиновался прежним правителям-боярам и не проявлял уважения к московским наместникам. Чтобы покончить со старыми порядками, Москва экспроприировала всех новгородских землевладельцев. Летописи Москвы и КириллоБелозерского монастыря сохранили записи о том, что в 1488 " 1489 гг. Иван III свел из Новгорода Великого «тысячу голов» бояр и гостей. Писцовые книги Новгорода конца XV в. подтверждают достоверность этой цифры. В книгах упоминаются имения по крайней мере 1045 старых новгородских землевладельцев, лишившихся вотчин в основном в 1488 " 1489 гг. Противники Москвы были уничтожены в первые годы после завоевания Новгорода. Немногие из них уцелели до 1488 г. Всей тяжестью новые репрессии обрушились на людей, лояльных по отношению к Москве. Иван III не пощадил промосковскую партию Новгорода, вожди которой помогли ему подчинить Новгород. Сторонников Москвы отправили в ссылку заодно с противниками. По авторитетному свидетельству ростовской летописи, всего из Новгорода на Москву привели «боле седми тысячи житьих людей». Очевидно, бояр и житьих людей изгнали из города вместе с чадами и домочадцами. Помимо бояр, житьих людей и купцов, принадлежавших к слою землевладельцев, в московский плен отправились многие богатые и зажиточные горожане и ремесленники, не владевшие никакими землями. Лишь считанные единицы из ссыльных новгородцев получили землю в московских уездах и превратились в московских служилых людей.