Навязав посадникам свою волю, Василий III без промедления отправил в Псков дьяка. Псковское вече собралось в последний раз. Дьяк потребовал снять вечевой колокол, упразднить выборные должности и принять в городе двух наместников. При этом он ни словом не упомянул о гарантиях, полученных псковскими боярами в Новгороде. Вече выразило полную покорность государю. На рассвете 13 января 1510 г. вечевой колокол был сброшен на землю. Наблюдая эту сцену, псковичи «начаша плакати по своей старине и по своей воли».
Прибыв в Псков, Василий III объявил боярам, купцам и житьим людям, что они должны немедленно покинуть город из-за «многих жалоб» на них со стороны псковичей. Выселению подверглось 300 семей. Конфискованные у них вотчины были розданы в поместье московским служилым людям. Псковичи были изгнаны из Среднего города, где было более 1500 дворов. В опустевших дворах поселилась тысяча новгородских помещиков. Цитадель, опоясанная мощной крепостной стеной, превратилась в оплот московского владычества. Псковичи помогли Москве сокрушить Новгород. Теперь им пришлось разделить ту же долю. Цветущий город пережил трудные дни. Многие горожане разбрелись по деревням в поиская пропитания. Прошло немало времени, прежде чем скитальцы возвратились в родные места: «начаша кои отколе копитися во Пскове, как были разошлися».
Разгром крымцами сыновей Ахмат-хана изменил ситуацию на южных русских границах. С исчезновением Большой орды союз между Россией и Крымом лишился почвы. Крымское ханство пыталось распространить свое влияние на мусульманские юрты Нижнего Поволжья. Польский король Сигизмунд начал войну с Россией в союзе с Крымом, Казанью и Ливонским орденом. Война была недолгой и завершилась заключением в 1508 г. «вечного мира». Продолжавшиеся вторжения крымцев в русские пределы дали Василию III повод возобновить войну с Польшей. В 1512 " 1513 гг. московские воеводы дважды безуспешно осаждали Смоленск. В 1514 г. осада Смоленска возобновилась. Походу русской армии на этот раз предшествовали тайные переговоры с русским население Смоленска и командованием наемных рот, оборонявших крепость. Инициатива переговоров принадлежала литовскому магнату князю М. Глинскому. Он бежал в Москву после неудачного восстания против короля Сигизмунда в 1508 г. С небольшим отрядом Глинский прибыл в окрестности Смоленска в апреле 1514 г., за месяц до подхода главных сил. Тяжелая артиллерия приступила к обстрелу крепости 29 июля, а уже 30 июля город выкинул белый флаг. Смоленский наместник Г. Сологуб и епископ явились в шатер великого князя для переговоров. Но там их тотчас арестовали и посадили «за сторожи». Тем временем Глинский закончил переговоры с командирами наемников. Им были предложены почетные условия сдачи. Наконец, к Василию III явился смоленский боярин М.Пивов с делегацией, включавшей смоленских бояр, мещан и черных людей. Заблаговременно 10 июля самодержец утвердил текст жалованной грамоты Смоленску. Депутация Смоленска ознакомилась с грамотой и заявила о переходе в московское подданство. Жалованная грамота 1514 г. закрепила за смоленскими боярами их вотчины и привилегии. Смоленские мещане традиционно платили в литовскую казну налог в сто рублей. Грамота гарантировала отмену этого побора.
30 июля крепость открыла ворота перед московскими воеводами. Жители Смоленска были переписаны и приведены к присяге, жолнеры вознаграждены и отпущены в Польшу. Василий III обязался передать Смоленск в вотчину Глинскому, но не выполнил обещания. Тогда Глинский затеял секретные переговоры с королем и посулил ему вернуть город. По совету Глинского Сигизмунд направил гетмана К. Острожского с главными силами к Орше. Сам Глинский готовился перейти в королевский лагерь для участия в литовском походе на Смоленск. В битве под Оршей двое знатных московских воевод заместничали и проиграли сражение. Успех Острожского ободрил противников Москвы в Смоленске. Местный епископ уведомил литовцев, что откроет им ворота крепости, как только они предпримут штурм. Однако заговор не удался. Первым был арестован Глинский, которому так и не удалось добраться до Орши. Затем был взят под стражу епископ. Его сообщники " смоленские бояре были повешены на стенах крепости. Имея 6 тысяч воинов, Острожский не решился на приступ.
«Смута» в Смоленске привела к тому, что жалованная грамота утратила силу. Всякие упоминания о ней были старательно вычеркнуты из московских документов и летописей. Многие смоленские бояре и шляхтичи, вовсе не причастные к заговору, лишились вотчин и были переселены в замосковные уезды, где получили поместья.
Затяжная война между Россией и Польшей чрезвычайно усилила военные позиций Крыма. После смерти Менгли-Гирея, давнего союзника Ивана III, на троне утвердился Мухаммед-Гирей. Орда стала проводить более активную внешнюю политику. Крымские вторжения причиняли большие опустошения русским и литовским землям. В 1519 г. Крымская орда разгромила армию гетмана К. Острожского. Через год Крым и Польша договорились о совместном военном выступлении против России.
В течение трех лет казанский трон занимал Шигалей. Весной 1521 г. местная знать свергла его, передав трон крымским Гиреям. Московский воевода был ограблен и выслан из Казани, многие из его слуг перебиты. Переворот в Казани ускорил последующие события. Мухаммед-Гирей не получил помощи от турок. Но в крымском набеге на Русь принял участие опытный литовский воевода с отрядом.
Летом 1521 г. хан обошел русские полки, собранные на Оке в Серпухове, и прорвался в окрестности Москвы.
Нашествие застигло Василия III врасплох. Поручив оборону Москвы зятю, татарскому царевичу Петру, великий князь бежал в Волоколамск. В пути, как писал австрийский посланник, ему пришлось прятаться в стоге сена. Дожидаясь подхода войск из Новгорода и Пскова, великий князь приказал начать переговоры с крымским ханом. Казначей Ю. Д. Траханиот, находившийся с сокровищницей в столице, отправил крымскому хану богатые подарки. Приняв дары, Мухаммед-Гирей обещал снять осаду и уйти в Орду, "если Василий грамотой обяжется быть вечным данником царя (крымского хана. « Р.С.), какими были его отец и предки». Крымцы стояли под Москвой две недели, и за это время требуемая грамота была доставлена «царю». Достоверность приведенного известия С.Герберштейна не вызывает сомнений. В русских Разрядных записях отмечено, что при нападении татар на Москву «взял тогды царь крымской на великаго князя грамоту данную, как де великому князю дань и выход давать ему».