Весна 1566 г. принесла с собой долгожданные перемены. Опричные казни прекратились, власти объявили о «прощении» опальных. Амнистия привела к радикальному изменению опричной земельной политики. Казна вынуждена была позаботиться о земельном обеспечении вернувшихся из ссылки княжат и взамен утраченных ими родовых вотчин стала отводить им новые земли. Но земель, хотя бы примерно равноценных княжеским вотчинам, оказалось недостаточно. И тогда сначала в отдельных случаях, а потом в более широких масштабах казна стала возвращать родовые земли, заметно запустевшие после изгнания их владельцев в Казань. Земельная политика опричнины утратила свою первоначальную антикняжескую направленность.
Ослабление княжеской знати неизбежно выдвигало на политическую авансцену слой правящего боярства, стоявший ступенью ниже. К нему принадлежали старомосковские боярские семьи Челядниных, Бутурлиных, Захарьиных, Морозовых.
Руководители земщины оказались в сложном положении. Роль, отведенная им опричными временщиками, явно не могла удовлетворить их. Грубая и мелочная опека со стороны опричной думы, установившийся в стране режим насилия и произвола с неизбежностью вели к новому конфликту между царем и боярством.
Опричные земельные перетасовки причинили ущерб тем земским дворянам, которые имели поместья в Суздале и Вязьме, но не были приняты на опричную службу. Эти дворяне потеряли земли «не в опале, а с городом вместе». Они должны были получить равноценные поместья в земских уездах, но власти не обладали ни достаточным фондом населенных земель, ни гибким аппаратом, чтобы компенсировать выселенным дворянам утраченные владения. Земских дворян особенно тревожило то обстоятельство, что царь в соответствии с указом мог в любой момент забрать в опричнину новые уезды, а это неизбежно привело бы к новым выселениям и конфискациям. Земщина негодовала на произвольные действия Грозного и его опричников. Учинив опричнину, повествует летописец, царь «грады также разделил и многих выслаша из городов, кои взял в опричнину, и из вотчин и из поместий старинных… И бысть в людях ненависть на царя от всех людей…».
Старомосковское боярство и верхи дворянства составляли самую широкую политическую опору монархии. Когда эти слои втянулись в конфликт, стал неизбежен переход от ограниченных репрессий к массовому террору. Но весной 1566 г. подобная перспектива не казалась еще близкой. Прекращение казней и уступки со стороны опричных властей ободрили недовольных и породили повсеместно надежду на полную отмену опричнины. Оппозицию поддержало влиятельное духовенство. 19 мая 1566 г. митрополит Афанасий в отсутствие царя демонстративно сложил с себя сан и удалился в Чудов монастырь.
Грозный поспешил в столицу и после совета с земцами предложил занять митрополичью кафедру Герману Полеву, казанскому архиепископу. Рассказывают, что Полев переехал на митрополичий двор, но пробыл там всего два дня. Будучи противником опричнины, архиепископ пытался воздействовать на царя, «тихими и кроткими словесы его наказующе». Когда содержание бесед стало известно членам опричной думы, те настояли на немедленном изгнании Полева с митрополичьего двора. Бояре и земщина были возмущены бесцеремонным вмешательством опричников в церковные дела.
Распри с духовными властями, обладавшими большим авторитетом, поставили царя в трудное положение, и он должен был пойти на уступки в выборе нового кандидата в митрополиты. В Москву был спешно вызван игумен Соловецкого монастыря Филипп (в миру Федор Степанович Колычев). Филипп происходил из очень знатного старомосковского рода и обладал прочными связями в боярской среде. Его выдвинула, по-видимому, та группировка, которую возглавлял конюший И. П. Челяднин и которая пользовалась в то время наибольшим влиянием в земщине. Соловецкий игумен состоял в отдаленном родстве с конюшим. Как бы то ни было, с момента избрания в митрополиты Филипп полностью связал свою судьбу с судьбой боярина Челяднина. Колычев изъявил согласие занять митрополичий престол, но при этом категорически потребовал распустить опричнину. Поведение соловецкого игумена привело Грозного в ярость. Царь мог бы поступить с Филиппом так же, как и с архиепископом Германом. Но он не сделал этого, понимая, что духовенство до крайности раздражено изгнанием Полева. На исход дела повлияло, возможно, и то обстоятельство, что в опричной думе заседал двоюродный брат Колычева. 20 июля 1566 г. Филипп вынужден был публично отречься от своих требований и обязался «не вступаться» в опричнину и в царский «домовой обиход» и не оставлять митрополию из-за опричнины. Множество признаков указывало на то, что выступление Полева и Колычева не было единичным явлением и что за спиной церковной оппозиции стояли более могущественные политические силы. По крайней мере два источника различного происхождения содержат одинаковые сведения о том, что в разгар опричнины земские служилые люди обратились к царю с требованием об отмене опричного режима. Согласно московской летописи, царь навлек на себя проклятие «земли» «и биша ему челом и даша ему челобитную за руками о опришнине, что не достоит сему быти». По словам переводчика царского лейб-медика Альберта Шлихтинга, земцы выразили протест против произвола опричных телохранителей, причинявших земщине нестерпимые обиды. Дворяне потребовали немедленного упразднения опричных порядков. Выступление служилых людей носило внушительный характер. В нем участвовало более 300 знатных лиц земщины, в том числе некоторые бояре-придворные. Протест против насилий опричнины исходил от членов созванного в Москве Земского собора.
По свидетельству А. Шлихтинга, царь отклонил ходатайство земских дворян и использовал чрезвычайные полномочия, предоставленные ему указом об опричнине, чтобы покарать земщину. 300 челобитчиков попали в тюрьму. Правительство, однако, не могло держать в заключении цвет столичного дворянства, и уже на шестой день почти все узники получили свободу. 50 человек, признанных зачинщиками, подверглись торговой казни: их поколотили палками на рыночной площади. Нескольким урезали языки, а трех дворян обезглавили. Все трое казненных " князь В. Пронский, И. Карамышев и К. Бундов " незадолго до гибели участвовали в работе Земского собора.
Антиправительственное выступление дворян в Москве произвело столь внушительное впечатление, что царские дипломаты вынуждены были выступить со специальными разъяснениями за рубежом. По поводу казни членов Земского собора они заявили следующее: про тех лихих людей «государь сыскал, что они мыслили над государем и над государскою землею лихо, и государь, сыскав по их вине, потому и казнити их велел». Такова была официальная версия: требования земских служилых людей об отмене опричнины власти квалифицировали как покушение на безопасность царя и его «земли».