Благодаря вмешательству духовенства конфликт был потушен. По-видимому, Филипп выхлопотал у царя помилование для подавляющего большинства тех, кто подписал челобитную грамоту. После недолгого тюремного заключения они были выпущены на свободу без всякого наказания. Однако, сообщая обо всем этом, Шлихтинг делает важную оговорку: по прошествии непродолжительного времени царь вспомнил о тех, кто был отпущен на свободу, и подверг их опале. Это сообщение позволяет уточнить состав земской оппозиции, выступившей на соборе, поскольку вскоре после роспуска собора многие из его членов действительно подверглись казням и гонениям. В числе их оказался конюший боярин И. П. Челяднин-Федоров, к началу опричнины ставший одним из главных руководителей земской думы. По свидетельству современников, царь признавал его самым благоразумным среди бояр и вверял ему управление Москвой в свое отсутствие. На первом году опричнины Челяднин возглавил московскую семибоярщину. Боярин был одним из самых богатых людей своего времени, отличался честностью и не брал взяток, благодаря чему его любили в народе. Можно проследить за службой Челяднина месяц за месяцем, неделя за неделей вплоть до роковых дней роспуска Земского собора, когда в его судьбе наступил решительный перелом. Конюшего отстранили от руководства земщиной и отправили на воеводство в пограничную крепость Полоцк. Именно в этот момент польско-литовское правительство тайно предложило конюшему убежище, указывая на то, что царь желал над ним «кровопроливство вчинити». Участие конюшего в выступлении против опричнины едва не стоило ему головы.
Царь был поражен не только масштабами земской оппозиции, но и тем, что протест исходил от наиболее лояльной части думы и руководства церкви. Грозный должен был наконец отдать себе отчет в том, что все попытки стабилизировать положение путем уступок потерпели неудачу. Социальная база правительства продолжала неуклонно сужаться.
Попытки политического компромисса не удались. Надежды на трансформацию опричных порядков умерли, едва родившись. Но эпоха компромисса оставила глубокий след в политическом развитии России. Озабоченное финансовыми проблемами, правительство пригласило на собор дворян, приказных и, наконец, купцов " подлинных представителей «земли». Собор впервые приобрел черты Земского собора. Члены собора пошли навстречу пожеланиям властей и утвердили введение чрезвычайных налогов для продолжения войны. Однако взамен они потребовали от царя политических уступок " отмены опричнины.
Челобитье земских дворян разрушило все расчеты правительства. Новые насилия опричнины положили конец дальнейшему развитию практики земских соборов. После выступления членов собора власти не только не отменили опричнину, но и постарались укрепить ее изнутри. Царь забрал в опричнину Костромской уезд и устроил здесь перебор «людишек», в результате которого примерно 2/3 местных дворян попало на опричную службу. Численность опричного охранного корпуса сразу увеличилась с 1 до 1,5 тыс. человек.
Правительство не только расширяло границы опричнины, но и с лихорадочной поспешностью укрепляло важнейшие опричные центры, строило замки и крепости. Сначала царь Иван задумал выстроить «особый» опричный двор внутри Кремля, но затем счел более благоразумным перенести свою резиденцию в опричную половину столицы, «за город», как тогда говорили. В течение полугода на расстоянии ружейного выстрела от кремлевской стены, за Неглинной, вырос мощный замок. Его окружали каменные стены высотою в три сажени. Выходившие к Кремлю ворота, окованные железом, украшала фигура льва, раскрытая пасть которого была обращена в сторону земщины. Шпили замка венчали черные двуглавые орлы. Днем и ночью несколько сот опричных стрелков несли караулы на его стенах.
Замок на Неглинной недолго казался царю надежным убежищем. В Москве он чувствовал себя неуютно. В его голове родился план основания собственной опричной столицы в Вологде. Там он задумал выстроить мощную каменную крепость наподобие московского Кремля. Опричные власти приступили к немедленному осуществлению этого плана. За несколько лет была возведена главная юго-восточная стена крепости с десятью каменными башнями. Внутри крепости вырос грандиозный Успенский собор. Около 300 пушек, отлитых на московском пушечном дворе, доставлены были в Вологду и свалены там в кучу. 500 опричных стрельцов круглосуточно стерегли стены опричной столицы.
Наборы дворян в опричную армию, строительство замка у стен Кремля, сооружение грандиозной крепости в лесном вологодском краю на наибольшем удалении от границ и прочие военные приготовления не имели цели укрепления обороны страны от внешних врагов. Все дело заключалось в том, что царь и опричники боялись внутренней смуты и готовились силой подавить мятеж земских бояр.
Будущее не внушало уверенности мнительному самодержцу. Призрак смуты породил в его душе тревогу за собственную безопасность. Перспектива вынужденного отречения казалась все более реальной, и царь должен был взвесить свои шансы на спасение в случае неблагоприятного развития событий. В частности, Иван стал подумывать о монашеском клобуке. Будучи в Кириллове на богомолье, царь пригласил в уединенную келью нескольких старцев и в глубокой тайне поведал им о своих сокровенных помыслах. Через семь лет царь сам напомнил монахам об этом удивительном дне. Вы ведь помните, святые отцы, писал он, как некогда случилось мне прийти в вашу обитель и как я обрел среди темных и мрачных мыслей малую зарю света Божьего и повелел неким из вас, братии, тайно собраться в одной из келий, куда и сам я явился, уйдя от мятежа и смятения мирского; и в долгой беседе «аз грешный» вам возвестил желание свое о пострижении: тут «возрадовася скверное мое сердце со окаянною моею душой, яко обретох узду помощи Божия своему невоздержанию и пристанище спасения». Гордый самодержец пал в ноги игумену, и тот благословил его намерения. «И мне мнится, окаянному, что наполовину я уже чернец», " так закончил царь Иван рассказ о своем посещении Кириллова.