Опричный разгром не затронул толщи сельского населения Новгорода. Разорение новгородской деревни началось задолго до нашествия опричников. Погром усугубил бедствие, но сам по себе он не мог быть причиной упадка Новгородской земли.
Санкции против церкви и богатой торгово-промышленной верхушки Новгорода продиктованы были скорее всего корыстными интересами опричной казны. Непрекращавшаяся война и дорогостоящие опричные затеи требовали огромных средств. Государственная казна была между тем пуста. Испытывая финансовую нужду, власти все чаще обращали взоры в сторону обладателя самых крупных богатств " церкви. «Изменное дело» послужило удобным предлогом для ограбления новгородско-псковского архиепископства. Но опричнина вовсе не ставила целью подорвать влияние церкви: она не осмелилась наложить руку на главное богатство церкви " ее земли.
Полагают, что погром Новгорода был связан с необходимостью для государства покончить с последними форпостами удельной децентрализации (А. А. Зимин). Едва ли это справедливо. В период ликвидации Новгородской «республики», в конце XV в. московское правительство экспроприировало земли всех местных феодалов (бояр, купцов и «житьих людей») и водворило на их место московских дворян-помещиков. Ко времени опричнины в Новгородской земле прочно утвердились московские порядки. Москва постоянно назначала и сменяла всю приказную и церковную администрацию Новгорода, распоряжалась всем фондом новгородских поместных земель. Влияние бюрократии на местное управление значительно усилилось после упразднения новгородского наместничества в начале 60-х гг. Местный приказной аппарат, целиком зависевший от центральной власти, служил верной опорой монархии. То же самое можно сказать и относительно новгородской церкви. В годы опричнины новгородский архиепископ Пимен оказал много важных услуг царю и его приспешникам. Однако, несмотря на безусловную лояльность новгородской администрации по отношению к опричнине, царь Иван и его сподвижники не очень доверяли новгородцам и недолюбливали Новгород, что объяснялось разными причинами.
По мере того как углублялся раскол между опричниной и земщиной, опричная дума с растущим беспокойством следила за настроениями новгородской «кованой рати» " поместного ополчения, по численности вдвое превосходившего всю опричную армию. Политическое влияние новгородского дворянства было столь значительным, что при любом кризисе боровшиеся за власть группировки старались добиться его поддержки.
В годы боярского правления новгородцы в массе не поддержали Старицкого, и его мятеж был подавлен. Несколько лет спустя новгородцы «всем городом» выступили на стороне бояр Шуйских, которые смогли осуществить переворот и захватить в свои руки бразды правления. Царь закрыл новгородцам доступ на опричную службу, и они испытали на себе произвол опричнины. Неудивительно, что уже в первых опричных процессах замелькали имена новгородцев.
Одной из причин антиновгородских мероприятий опричнины было давнее торговое и культурное соперничество между Москвой и Новгородом. Но несравненно более важное значение имело обострение социальных противоречий в Новгородской земле, связанное с экономическим упадком конца 60-х гг. В жизни некогда независимых феодальных «республик» Новгорода и Пскова социальные контрасты проявлялись в особенно резкой форме. Московские выселения конца XV в. вовсе не затронули основной толщи местного посадского населения, «меньших» людей, оставшихся живыми носителями демократических традиций новгородской старины. В этой среде сохранился изрядный запас антимосковских настроений, питаемых и поддерживаемых злоупотреблениями власть имущих. «Сказание о градех», известный памятник новгородского происхождения XV в., сообщает о всевозможных непорядках, самый большой их коих " непослушание и буйство «меньших» людей: бояре в Новгороде «меньшими людми наряжати не могут, а меньшие их не слушают, а люди сквернословы, плохы, а пьют много и лихо, только их бог блюдет за их глупость». Подобные обличения не утратили актуальности и ко времени опричнины. Голод, охвативший Новгородскую землю накануне опричного нашествия, усилил повсюду элементы недовольства. Опричные власти, сознавая опасность положения, обрушили на низы террор.
В дни новгородского разгрома Грозный уведомил митрополита Кирилла об «измене» новгородского архиепископа. Митрополит и епископы поспешили публично осудить жертву опричнины. Они отправили царю сообщение, что приговорили «на соборе новгородцкому архиепископу Пимену против государевы грамоты за его бесчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине головой. Но высшее духовенство переусердствовало, угождая светским властям. В новом послании Кириллу царь предложил не лишать Пимена архиепископского сана «до подлинного сыску и до соборного уложения».
Хотя Иван IV и не ждал противодействия со стороны напуганного духовенства, все же накануне суда он предпринял шаги, которые послужили предостережением для недовольных церковников. Опричники обезглавили рязанского архимандрита и взяли под стражу еще несколько членов священного собора. Всем памятно было, что Пимен председательствовал на соборе, осудившем Филиппа. Теперь он разделил участь своей жертвы. Покорно следуя воле царя, высшие иерархи церкви лишили новгородского архиепископа сана и заточили в небольшом монастыре под Тулой, где он вскоре же умер.
Арестованные в Новгороде «сообщники» Пимена в течение нескольких месяцев томились в Александровской слободе. Розыск шел полным ходом. Царь делил труды с Малютой Скуратовым, проводя дни и ночи в тюремных застенках. Опальные подвергались мучительным пыткам и признавались в любых преступлениях. Как значилось в следственных материалах, «в том деле с пыток (!) многие (опальные) про ту измену на новгородского архиепископа Пимена и на его советников и на себя говорили».