Покинутый большей частью наемников, Отрепьев спешно сформировал армию из непрерывно стекавшихся к нему казаков, стрельцов и посадских людей. По словам очевидца Якова Маржарета, самозванец стал вооружать крестьян и включил их в свое войско. Новая армия Лжедмитрия была наголову разбита царскими воеводами в битве под Добрыничами 21 января 1605 г. При энергичном преследовании воеводы могли бы захватить самозванца или изгнать его из пределов страны, но они медлили и топтались на месте. Бояре не предали Бориса, но им пришлось действовать среди враждебного населения, восставшего против государя. Несмотря на поражение Лжедмитрия, его власть вскоре признали многие южные крепости. Казачьи отряды грозили коммуникациям царской армии. Полки были утомлены длительной кампанией, и дворяне самовольно разъезжались по домам. В течение почти полугода воеводы не сумели взять Кромы, в которых засел атаман Корела с донцами. Под обгорелыми стенами этой крепости, по образному выражению С. Ф. Платонова, решилась судьба династии.
Иван Грозный кончил тем, что издал особый указ против холопских доносов на господ. Борис стал возводить доносчиков-холопов в дворянское достоинство и жаловал их поместьями. О награждении доносчиков власти объявляли публично на площади перед Челобитным приказом. После смерти Бориса Лжедмитрий издал особый указ о конфискации поместий у новых дворян холопского происхождения, появившихся при Годунове. По словам современников, от холопских доносов в царстве началась «великая смута».
Некогда Годунов снискал поддержку страны, распустив «двор» " последыш опричнины " и тем самым покончив с политическим наследием Грозного. Правитель справился с боярской оппозицией, не прибегая к погромам и казням. Но все переменилось, едва в стране началась гражданская война. Тысячи казаков и комарицких мужиков, попавших в плен к воеводам после битвы под Добрыничами, были повешены. Множество мирных крестьян, их жен и детей в Комарицкой волости были перебиты без всякой вины с их стороны. Жестокость стала неизбежным спутником гражданской войны. Своими успехами Лжедмитрий был обязан более всего поддержке низов общества. Годунов сознавал, с какой стороны ему грозит смертельная опасность, и стремился силой подавить выступления черни. В конце концов правительство утратило популярность и лишилось поддержки большинства народа.
Отношение к дворянству было совсем иным. Борис щадил дворянскую кровь совершенно так же, каки самозванец. Крайние меры применялись лишь к немногим дворянам-перебежчикам, к лицам, захваченным на поле боя с оружием в руках, посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Последних вешали без суда на первом попавшемся дереве.
Нарастание репрессий привело к тому, что сыскное ведомство расширило свои политические функции. Сохранились сообщения о том, что глава этого ведомства Семен Годунов настаивал на казни заподозренных в измене руководителей Боярской думы. Между тем дума была высшим органом государства, а Сыскной приказ " лишь одной из ее многочисленных комиссий.
Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда Годунов охотно благоволил сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался на народе, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.
Фатальные неудачи порождали подозрительность, столь чуждую Борису в лучшие времена. Царь перестал доверять своим боярам, подозревал в интригах и кознях своих придворных и все чаще обращался за советами к прорицателям, астрологам, юродивым. Еще Горсей отмечал склонность Бориса к чернокнижию. Один из членов польского посольства в Москве в 1600 г. писал: «Годунов полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает…».
Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили многие странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах. Живя отшельником в кремлевском дворце, Борис по временам покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты ли и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые для съестных припасов. Скупость, по словам очевидцев, стала одной из причин утраты им популярности.
Многие признаки в поведении Годунова указывали на его преждевременно наступившее одряхление. На торжественной аудиенции во дворце в честь посла английского короля Якова I царь, говоря об умершей королеве Елизавете, ударился в слезы. В конце жизни Годунов, тревожась за будущее сына, держал его при себе неотступно, «при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия». Один из ученых иноземцев попытался убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения его ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако Борис неизменно отклонял такие советы, говоря, что "один сын « все равно, что ни одного сына», и он не может и на миг расстаться с ним.
В последние дни Годунова более всего мучили два вопроса. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, царь все же по временам впадал в сомнение, «почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер». Другой вопрос « сподобится ли он вечного блаженства на том свете» Ответ на этот вопрос Годунов искал в беседах не только со своим духовником, но и с учеными немцами. Невзирая на различие вер, царь просил их, «чтобы они за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед Борис нередко приходил к мысли, что для него «в будущей жизни нет блаженства».
Годунов занял трон, будучи тяжело больным человеком. Недуг едва не свел царя Бориса в могилу в 1600 г., когда по всей Москве распространилась весть о его кончине. После выздоровления он ходил, подволакивая ногу. Пользовали царя как европейские врачи, так и народные знахари. В письме к королеве Елизавете Борис писал, что присланный ею в Москву доктор Кристофер Рихтингер, «венгерец» родом, излечил его от опасной болезни. Одновременно с «венгерцем» Бориса лечил крестьянин Гриша Меркурьев, привезенный из глухих северных погостов в Заонежье. По случаю выздоровления царь в 1601 г. выдал знахарю грамоту, освободив его деревню от всех податей на веки вечные. В семье знахаря сохранилось предание, что тот «зализал раны на ноге Бориса». В последние годы жизни царь под влиянием неудач и по причине недомогания все чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.