Недруги распространяли всякого рода небылицы по поводу смерти Бориса, последовавшей 13 апреля 1605 г. Годунов будто бы принял яд ввиду безвыходности своего положения. По другой версии, он упал с трона во время посольского приема. Осведомленные современники описывают кончину Годунова совсем иначе: «Царю Борису, вставши из-за стола после кушанья, и внезапу прииде на нево болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, и два часа в той же болезни и скончась». Как записал автор Хронографа, Годунов умер после обеда, «по отшествии стола того, мало времени минувшю: царь же в постельной храмине сидяшу, и внезапу случися ему смерть». Борис умер скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастити» умирающего.
Члены английского посольства описали последние часы Годунова со слов лечивших его медиков. По обыкновению врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Борис любил плотно покушать и допускал излишества в еде. Убедившись в добром здравии государя, доктора разъехались по домам. Но через два часа после обеда Борис почувствовал дурноту, перешел в спальные хоромы и сам лег в постель, велев вызвать лекарей. Тем временем бояре, собравшиеся в спальне, спросили государя, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Умирающий, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Вслед за тем у Бориса отнялся язык, и духовные особы поспешно совершили над умирающим обряд пострижения. Близкий к царскому двору Я. Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.
Смерть Бориса дала толчок к дальнейшему развитию Смуты в Русском государстве. Незадолго до кончины Годунов решил вверить командование армией своему любимцу Петру Басманову, отличившемуся в первой кампании против самозванца. Молодому и не слишком знатному воеводе предназначалась роль спасителя династии. Последующие события показали, что Борис допустил роковой просчет.
Сын знаменитого опричного фаворита Грозного, Басманов был всецело поглощен собственной карьерой и плохо помнил благодеяния. Будучи принужден считаться с местническими традициями, Борис формально поставил во главе армии боярина князя Михаила Катырева-Ростовского, всецело обязанного своей карьере новому царю. Петр Басманов числился его помощником. После блистательного взлета в опричнине Басмановы надолго сошли со сцены, и Петру Басманову предстояла жестокая борьба, чтобы возродить былую «честь» фамилии. Явившись в армию уже после смерти Бориса, Басманов заявил резкий протест против назначения в его армию боярина Андрея Телятевского, которое, по его мнению, наносило ущерб его местническому положению.
«Потерька» фамильной чести беспокоила новоиспеченного главнокомандующего гораздо больше, чем тяжелое положение войска. В присутствии бояр он заявил, что Семен Годунов выдал его в «холопи» своему зятю Андрею Телятевскому, но он, Басманов, предпочитает смерть такому позору. Молодой воевода не мог сдержать чувств и, упав посреди «разрядного» шатра, «плакал с час, лежа на столе». Тяжба с зятем всесильного Семена Годунова привела Басманова в лагерь оппозиции, давно образовавшейся в действующей армии. Наибольшее недовольство выражали рязанские и северские дворяне, в большом числе уклонившиеся от присяги Федору Годунову. Во главе заговора недовольных дворян встали «большие» рязанские дворяне Ляпуновы. При Годунове они неоднократно подвергались наказаниям за участие в столичных беспорядках и незаконную продажу оружия казакам на Дон. Теперь Ляпуновы затеяли тайные переговоры с донцами, осажденными в Кромах.
Заговорщики подняли мятеж, едва к ним примкнули воеводы Басманов и братья Голицыны. По сигналу донские казаки произвели вылазку из Кром и ударили по царскому лагерю. Тем временем мятежники проникли в воеводский шатер посреди лагеря и связали воеводу Ивана Годунова. Из-за начавшейся паники верные воеводы князь Михаил Катырев-Ростовский и Телятевский не сумели организовать отпор кучке мятежников и бежали из лагеря.
Дворянское ополчение в массе не поддержало заговорщиков, но новгородцы и псковичи, преобладавшие в армии, не выказали большого желания сражаться за дело Годуновых. В течение трех дней остатки бежавших из лагеря полков шли через Москву на север. Правительство Федора Годунова не смогло провести новую мобилизацию, и его военная опора рухнула.
Присяга Федору Годунову прошла в Москве без затруднений. Казна раздала населению громадные суммы на помин души Бориса, на самом же деле " чтобы успокоить столичное население. Несмотря на это, волнения нарастали день ото дня. Знать спешила использовать междуцарствие, чтобы избавиться от неугодной ей династии. Вызванный из армии Федор Мстиславский вел себя столь двусмысленно, что Семен Годунов отдал приказ о его тайной казни, который, однако, не был исполнен. Лишившись поддержки дворянского ополчения, Годуновы утратили контроль за положением в столице. Боярская дума и народ добились указа об общей амнистии. В столицу вернулись многие опальные, которых Борис держал в ссылке. Самым опасным из них был Богдан Бельский.
Между тем Лжедмитрий медленно продвигался к Москве, посылая вперед гонцов с письмами к столичному населению. Когда разнесся слух о приближении «истинного» царя, Москва «загудела, как пчелиный улей»: кто спешил домой за оружием, кто готовился встречать «сына» Грозного. Федор Годунов, его мать и верные им бояре, «полумертвые от страха, затворились в Кремле» и усилили стражу. Военные меры имели своей целью «обуздать народ», ибо, по словам очевидцев, «в Москве более страшились жителей, нежели неприятеля или сторонников Дмитрия».
1 июня в село Красное под Москвой прибыл атаман Корела с казаками. При нем находился посланец Лжедмитрия Гаврила Пушкин. Появление казаков послужило толчком к давно назревавшему бунту. Красносельцы двинулись в столицу, где к ним присоединились москвичи. Толпа смела стражу, проникла в Китай-город и заполнила Красную площадь. Годуновы выслали против толпы стрельцов, но они оказались бессильны справиться с народом. С Лобного места Гаврила Пушкин прочитал «прелестные грамоты» самозванца с обещанием многих милостей всему столичному населению " от бояр до «черных людей».