Годуновы могли засесть в Кремле «в осаде», что не раз спасало Бориса. Но их противники позаботились о том, чтобы крепостные ворота не были заперты. Вышедшие к народу бояре одни открыто, а другие под рукой агитировали против Федора Борисовича. Бывший опекун Дмитрия, Богдан Бельский, использовал момент, чтобы свести давние счеты с Годуновыми. Народ ворвался в Кремль и принялся громить дворы Годуновых. Мятеж дал выход недовольству низов. Посадские люди разнесли дворы многих состоятельных людей и торговцев, нажившихся на голоде.
Водворившись в Кремле, Богдан Бельский пытался править именем Дмитрия. Но самозванцу он казался слишком опасной фигурой. Свергнутая царица была сестрой Вольского, и Отрепьев не мог поручить ему казнь борисовой семьи. Бельский вынужден был уступить место боярину Василию Голицыну, присланному в Москву самозванцем.
Лжедмитрий медлил и откладывал въезд в Москву до той поры, пока не убрал все препятствия со своего пути. Его посланцы арестовали патриарха Иова и с позором сослали его в монастырь. Иова устранили не только за преданность Годуновым. Отрепьева страшило другое. В бытность дьяконом самозванец служил патриарху и был хорошо ему известен. После низложения Иова князь Василий Голицын со стрельцами явился на подворье к Годуновым и велел задушить царевича Федора Борисовича и его мать. Бояре не оставили в покое и прах Бориса. Они извлекли его труп из Архангельского собора и закопали вместе с останками жены и сына в ограде женского Варсунофьева монастыря.
Боярская дума заключила соглашение с самозванцем. Ему пришлось распустить отряды казаков и наемных солдат, которые привели его в Кремль. Лишь после этого дума короновала мнимого сына Грозного царской короной. Отрепьев не решился внести какие бы то ни было перемены в сложный и громоздкий механизм управления государством. По-прежнему высшим органом в государстве оставалась Боярская дума. В ее составе заседали как старые бояре Федора Ивановича и царя Бориса, так и «новодельные господа», получившие чины от самозванца.
Опасаясь происков князей Шуйских, фактически руководивших Боярской думой, Лжедмитрий устроил судилище над ними. Боярин Василий Шуйский был приговорен к смертной казни и помилован лишь в последний момент. Вместе с братьями его отправили в ссылку, но пробыл он там недолго.
Назвавшись сыном Грозного, Отрепьев невольно воскресил тень опричнины. Ближние люди царя принадлежали в основном к хорошо известным опричным фамилиям (Басманов, Нагие, Хворостинин, Молчанов и др.). Но время опричных кровопролитий миновало, и Отрепьев достаточно четко улавливал настроения народа, уставшего от гражданской войны. В Москве много говорили, что Шуйский был обязан помилованием ходатайству польских советников Бучинских и вдовствующей царицы Марфы Нагой. На самом деле Марфа вернулась в Москву через много дней после отмены казни. Что касается польских советников, то они как люди просвещенные не одобряли кровопролития. Но одновременно они выступали за твердую политику в отношении боярства.
Курс на общее примирение подвергся подлинному испытанию через несколько месяцев после коронации, когда Боярская дума, вдова-царица и духовенство обратились к самодержцу с ходатайством о прощении Шуйских. Обращение вызвало бурные дебаты в «верхних комнатах», где царь совещался обычно с ближними советниками. На этот раз не только бывшие опричники, но и польские секретари возражали против новых послаблений в пользу бояр. Однако Отрепьев интуитивно понял, что не удержит корону на голове, если будет следовать тираническим методам управления мнимого отца. Самозванец предпочел забыть о людях, казненных им во время похода на Москву. Все это отошло в прошлое. На троне Отрепьев вынужден был вести себя иначе, чем в повстанческом лагере.
Возвращение Шуйских в Москву явилось символом окончательного примирения между «законным государем» и знатью.
Лжедмитрий старался снискать в народе славу строгого и справедливого государя. Он объявил о том, что намерен водворить в государстве правопорядок и справедливость, запретил взятки в приказах. Приказных, изобличенных в лихоимстве и мошенничестве, публично били палками.
Манифесты Лжедмитрия способствовали формированию в народе образа «доброго царя». По всей столице, как записал служилый немец Конрад Буссов, было объявлено, что великий государь и самодержец будет два раза в неделю, по средам и субботам, принимать жалобы у населения на Красном крыльце в Кремле, чтобы все обиженные могли без всякой волокиты добиться справедливости.
Пробыв на троне несколько месяцев, Лжедмитрий вполне уразумел, что его власть будет прочной лишь тогда, когда он заручится поддержкой всего дворянства. Выходец из мелкопоместной семьи, Отрепьев хорошо понимал нужды российского дворянского сословия. Даже обличители «мерзкого еретика» изумлялись его любви к «воинству». На приемах во дворце Лжедмитрий не раз громогласно заявлял, что «по примеру отца» он рад жаловать дворян, ибо "все государи славны воинами и рыцарями: ими они держатся, ими государство расширяется, они « врагам гроза».
За рубежом советники Лжедмитрия уверяли короля Сигизмунда, будто за шесть месяцев правления тот роздал из казны семь с половиной миллионов злотых, или два с половиной миллиона рублей. Они явно переусердствовали, восхваляя щедрость своего господина. Московская казна была опустошена трехлетним неурожаем и голодом, а равно изнурительной и кровавой гражданской войной. На заседании Боярской думы М. И. Татищев объявил в присутствии польских послов, что после смерти Бориса в казне осталось всего 200 тыс. рублей. Отрепьев не мог израсходовать больше того, что было в казне. Текущие поступления должны были дать еще 150 тыс. Несколько десятков тысяч Лжедмитрий заимствовал у богатых монастырей. Следовательно, в распоряжение Отрепьева поступило около полумиллиона рублей, которые и были им полностью истрачены. После переворота русские приставы заявляли арестованным полякам: «В казне было 500 тысяч рублей, и все это черт его знает куда расстрига раскидал за один год». Большие суммы Отрепьев обещал своей невесте Марине Мнишек и ее отцу, но послал едва пятую часть обещанного. Львиная доля денег ушла на уплату жалованья русским дворянам и знати.