Вождем мятежа в России стал казачий атаман Иван Болотников. Он побывал в турецком плену, был освобожден итальянцами и по пути из Италии на родину побывал в Самборе, где удостоился аудиенции у «Дмитрия». (Скорее всего, роль царя сыграл Молчанов). В Самборе Болотников получил царскую грамоту о назначении главным воеводой в путивльском войске.
Мятежники двинулись на Москву, казня по пути сторонников Василия Шуйского, Они разгромили правительственную армию и пять недель осаждали столицу, после чего ушли в Калугу. Согласно концепции, утвердившейся в советской историографии, первая Крестьянская война достигла апогея в дни восстания Болотникова. Вождь восстания не только привел под Москву «сермяжную» (крестьянскую) рать, но и выдвинул антикрепостническую, антифеодальную программу (В. И. Корецкий). Указанная схема относится к области историографических мифов. «Классовая» схема не выдерживает столкновения с фактами. Разгромив Болотникова под Москвой, царь Василий в обращении к городам признал, что в мятеже участвовали дворяне из Рязани, Тулы и 11 других южных городов. Девять из мятежных городов находились в полосе наступления Болотникова. Дворяне из этих городов составили боевое ядро мятежного войска. Воевода «доброго» царя Дмитрия Болотников убивал приверженцев царя-узурпатора Василия Шуйского. Такого рода казни не были показателем того, что у мятежников была «антикрепостническая программа». Болотников тщетно посылал грамоты в Самбор с призывом к «Дмитрию» немедленно ехать в Россию. Воевода и жители Путивля, не дождавшись «царя» из Польши, призвали на помощь самозванца с Дона, принявшего имя «царевича Петра», сына царя Федора Ивановича. «Царевич» потребовал присяги от дворян, находившихся в путивльских тюрьмах. Но большинство пленников отказались признать «обманщика». Тогда казаки учинили кровавую расправу над дворянами. Наспех собрав войска, Петр выступил в Тулу, где к нему присоединился Болотников.
Между тем, самозванческая интрига получила дальнейшее развитие: в Литве появился Лжедмитрий II. Ходило множество слухов о его происхождении. Но наиболее достоверные сведения о нем сообщают иностранцы, наблюдавшие в Литве за первыми шагами претендента или же расследовавшие дело по свежим следам. Польские иезуиты дознались, что под маской Лжедмитрия II скрывался некто Богданко, крещеный еврей. Романовы хорошо знали «вора», так как Филарет Романов служил при его дворе. После избрания на трон Романовы подтвердили версию иезуитов.
Лжедмитрия II считают ставленником польских магнатов. Но это неверно. Инициаторами новой самозванческой интриги были Болотников и «царевич Петр». Их помощниками выступили белорусские шляхтичи, участвовавшие в походе Отрепьева на Москву. Они заприметили в Могилеве низкорослого бедняка, фигурой напоминавшего убитого в Москве самозванца. Им оказался бродячий учитель из Шклова. Когда шляхтичи попытались убедить учителя, что он " спасшийся царь, тот поспешил скрыться из Могилева. Его нашли и бросили в тюрьму. Лишь после этого учитель поневоле согласился взять имя «царевича Дмитрия». Его тотчас переправили через границу в Стародуб, где болотниковцы признали его своим государем. Идя по стопам Отрепьева, Лжедмитрий II двинулся к Москве, но занять город не смог и разбил лагерь в Тушине под Москвой, К тому времени в стране появилось не менее десятка самозваных царевичей. Лжедмитрий II нуждался в помощи и поначалу охотно принимал «родственников», возглавлявших повстанческие отряды. Но с тех пор как в его лагере появились дворяне и знать, положение переменилось. Лжедмитрий II велел повесить двух «царевичей». Власть перешла в руки тушинской Боярской думы. Патриархом в Тушине стал Филарет Романов, самый опасный из противников Шуйского. Значительную роль в Тушинском лагере играли наемные отряды из Польши. Положение Лжедмитрия II упрочилось после того, как в Тушино прибыла венчанная царица Марина Мнишек, отпущенная из русского плена Василием Шуйским. Самозванец встретил «супругу» при большом стечении народа, и та узнала в нем спасшегося мужа.
Лжедмитрий II осаждал Москву почти два года. В течение этого времени у империи было два царя. По временам владения самозванца не уступали по территории владениям властителя Кремля. Наличие двух царей полностью парализовало государственную власть и сделало Россию легкой добычей для соседей.
Осенью 1609 г. Сигизмунд III нарушил договор о перемирии и осадил Смоленск. Шуйский использовал для воины с тушинцами и поляками наемные отряды, присланные в Россию его союзником шведским королем. В марте 1610 г. воевода М. Скопин-Шуйский с русскими и шведскими войсками освободил Москву. Тушинский лагерь распался. Скопин готовился выступить на выручку смоленскому гарнизону, но внезапно умер в возрасте 23 лет. Командование огромной армией принял бездарный брат царя Дмитрий Шуйский. В битве под Смоленском поляки одержали верх над русской и шведской армиями. Поражению союзников способствовал мятеж среди наемников. Тщетно Василий Шуйский пытался вновь собрать полки. Народ отвернулся от него. «Ты нам больше не царь!» " кричала толпа под окнами дворца. 17 июля 1610 г. Боярская дума и войска свергли Шуйского с престола, а через два дня он был насильно пострижен в монахи. Власть перешла в руки комиссии из семи бояр. Когда войска польские подступили к Москве, бояре заключили мирный договор с их предводителем гетманом Жолкевским. В соответствии с договором Москва признала царем королевича Владислава, сына польского короля. Столица поспешила принести присягу принцу до того, как договор был передан на утверждение королю и его сенаторам.
По настоянию Жолковского в лагерь под Смоленск выехали «великие послы» " князь Василий Голицын и митрополит Филарет Романов вместе с представителями всех сословий. Но мирные переговоры не удались. Сигизмунд твердо решил взять Смоленск и присоединить его к коронным владениям. Он не желал отпускать в Россию сына и рассчитывал сам занять царский трон.