Подписав договор с Жолкевским, семибоярщина стала настаивать на сдаче Смоленска. Вслед за тем бояре впустили в Кремль польские наемные роты. Тем временем Лжедмитрий II был убит собственной Охраной в Калуге. С гибелью самозванца единственным царем в стране остался Владислав. Но москвичи не видели его в глаза. Сигизмунд III возобновил штурм Смоленска. Его отряды вела себя в России, как в завоеванной стране.
Вождь рязанских дворян П. Ляпунов бросил вызов боярскому правительству, обвинив его в предательстве. Собранные им отряды соединились с казаками, прибывшими из Калуги. Возникло Первое земское ополчение, поддержанное, помимо Рязани и Калуги, также Нижним Новгородом, Ярославлем, Владимиром, северными городами. Противники боярского правительства намеревались поднять восстание в Москве после подхода отрядов земского ополчения. Но восстание вспыхнуло преждевременно. Наемники не могли справиться с народом, и тогда по совету бояр они сожгли Москву. Поляки удержали Кремль и Китай-город. Зато подавляющая часть города, вернее, его пепелище было занято ополчением. В московском лагере действовало правительство " Совет всей земли. Впервые в истории Земский собор не включал ни официальную Боярскую думу, ни высшее духовенство. Решающий голос на нем принадлежал провинциальному дворянству и казакам. Однако эти силы были слишком разнородны, чтобы сохранить единство. Признанный вождь ополчения П. Ляпунов был заподозрен казаками в измене и зарублен без суда и следствия.
Тем временем внешнеполитическое положение России резко ухудшилось. Армия Сигизмунда III после 20месячной осады захватила Смоленск. Полтора месяца спустя бывшие союзники шведы захватили Новгород. Воеводы и митрополит Новгорода объявили о создании Новгородского государства и подписали со шведами договор об избрании царем сына Карла IX.
Земское освободительное движение стояло на пороге распада и крушения. Однако с призывом о спасении царства от иноверцев обратился к народу патриарх Гермоген. По приказу бояр и польских командиров патриарх был взят под стражу. Через несколько месяцев он умер в тюрьме. Но его призыв ободрил население. В Нижнем Новгороде купец Кузьма Минин и воевода князь Дмитрий Пожарский огранизовали Второе земское ополчение. В упорных многодневных боях под Москвой два ополчения, объединившие свои силы, разгромили польскую армию гетмана Яна Ходкевича, а в октябре 1612г. освободили Кремль.
Одержав победу в гражданской войне, земское ополчение получило возможность распорядиться троном. Но избрание царя не имело законной силы без участия высшего органа монархии Боярской думы. Между тем боярское правительство и дума, сидевшие вместе с польским гарнизоном в Кремле; были связаны присягой царю Владиславу. Главными претендентами на корону выступили фамилии, связанные с Тушинским лагерем: Трубецкие и Романовы. Д. Трубецкой получил в Тушине боярский чин и возглавил «воровскую думу». Филарет Романов был тушинским патриархом. Как самый знатный из руководителей земского освободительного движения, Трубецкой готовился занять трон. Но соперничество между вождями ополчения расстроило его планы.
Чтобы положить конец кровавой гражданской войне, нужен был человек, которого приняли бы оба враждующих стана, а главное, признал своим государем народ. Им стал Михаил Романов. Он унаследовал от отца и деда популярное в стране имя. Отец Михаила Филарет томился в польском плену. В народе его почитали как мученика за православную веру. Михаил разделил все тяготы, выпавшие на долю семьи. Детство он провел в изгнании и ссылке. Юность он встретил в осажденном Кремле. Но это нисколько не скомпрометировало Михаила ввиду его несовершеннолетия. Решающее значение для народа имело то обстоятельство, что Михаил в качестве племянника царя Федора представлял законную династию, счастливо правившую Россией триста лет.
В Москве был созван Земский собор, включавший представителей дворянства, городов и некоторых крестьянских волостей. Собор отверг предложение об избрании на трон Михаила, после чего сторонники Романова вышли к народу на Красную площадь. Стремясь помешать избранию Михаила, члены собора пригласили в Москву главных бояр, ранее высланных в провинцию. Бояре, включая дядю претендента, решительно воспротивились избранию Михаила. Тогда чернь и казаки ворвались в Кремль и осадили дворы Трубецкого и Пожарского, требуя немедленного избрания царя. 21 февраля 1613 г. Земский собор объявил царем Михаила Романова. Призрачная популярность угасшей династии вынесла наверх ничем не примечательного человека, спутав расчеты и прогнозы земского руководства. Избрание новой династии приостановило развал государства и создало предпосылки для преодоления состояния анархии и смуты в стране.
В течение нескольких лет царь Михаил пытался изгнать поляков и шведов с захваченных ими русских земель, но его полки терпели поражение. Тогда, используя посредничество англичан, Москва начала мирные переговоры со Швецией. В 1617 г. в деревне Столбово на границе был подписан договор о «вечном мире» между Россией и Швецией. Шведы вернули России Новгород, но удержали все течение реки Невы и Карелию.
Осенью 1618 г. царь Владислав подступил к Москве и пытался штурмовать город, намереваясь силой вернуть себе царство. Штурм не удался, и в конце 1618 г. Россия и Речь Посполитая заключили соглашение о четырнадцатилетнем перемирии. Россия лишилась Смоленска, Чернигова и тридцати других городов. Новая граница проходила на ближних подступах к Москве. Король Сигизмунд III посеял семена новой войны.
В конце XVI в. культурная жизнь России оживилась. Учреждение патриаршества послужило стимулом для развития книгопечатания на Руси. В 1589 " 1610 гг. Андроник Невежа, а затем его сын Иван издали 10 книг. Невзирая на бедствия Смутного времени, печатание книг в России с начала XVII в. практически стало непрерывным, чего не было в предыдущем столетии.
Подобно Ивану IV, Борис Годунов сознавал, сколь необходимы России торговые и культурные связи со странами Западной Европы, и деятельно хлопотал о расширении таких связей. В царствование Бориса в Москве возникли проекты развития просвещения в России. По свидетельству современников, Борис Годунов лелеял планы учреждения в Москве университета и школ, в которых преподавали бы ученые, приглашенные из-за рубежа. По словам Конрада Буссова, Годунов предполагал выписать знающих людей из всех главнейших европейских стран " Англии, Германии, Испании, Италии, Франции, с тем чтобы с их помощью наладить преподавание в Москве и обучить русских людей всем основным европейским языкам. Отпуская за рубеж разного рода иноземцев, царь нередко поручал им приискивать за границей ученых людей, согласных поехать в Москву.