Таким образом, Кристина держала бразды правления герцогством в своих руках до самой смерти, занимаясь общими делами, перепиской и приёмом послов, так что Рикотти определяет этот период как «скрытое регентство». Единственным препятствием для её воли, как во внешней, так и во внутренней политике, оставался французский союз и продолжающееся вмешательство парижского двора в дела герцогства. Даже браки своих детей Кристина была вынуждена согласовывать с Мазарини.
Поручив Карла Эммануила с ранних лет заботам иезуита Луиджи Джулгариса, мать старалась всегда держать его подальше от политики. Благодаря своему наставнику, юный герцог неплохо разбирался в математике, однако остальные науки, литературу и историю знал поверхностно. Как утверждает Джемма Джованнини, «всё его образование и воспитание сводилось к некоторым упражнениям на мечах, в обращении с лошадью, в плавании, охоте, немного рисованию, праздникам и умению проектировать дворцы и виллы».
После возвращения Карла Эммануила в Турин необходимо было назначить ему нового гувернёра. Наверняка им бы стал Филиппо д’Алье, если бы у графа не было и так слишком много должностей. Поэтому Кристина решила доверить воспитание сына Пьянецце. Однако этому решительно воспротивился Мазарини, который, подобно своему преемнику Ришельё, недолюбливал маркиза за слишком самостоятельную позицию. В конце концов, кардинал уговорил Кристину назначить на это место более лояльного Эммануила Паллавичини. В данном случае свою роль сыграло также мнение принца Томаса, у которого были натянутые отношения с Пьянеццей.
Однажды гувернёр сделал юному герцогу замечание во время праздника:
-Вашему Королевскому Высочеству необходимо переодеться перед банкетом: неприлично садиться за стол в маскарадном костюме!
На что мальчик парировал:
-Матушка разрешила мне присутствовать здесь, но не разрешила есть!
Этот факт свидетельствует о том, что Карл Эммануил II был воспитан в покорности матери. Вскоре после этого маркиз Паллавичини скончался и Кристина, как и хотела, назначила гувернёром Пьянеццу. Но из двух фаворитов матери, как показали дальнейшие события, юному герцогу был ближе Филиппо д’Алье.
Во время первого заседания своего Совета Карл Эммануил II заявил, перемежая свою речь рыданиями:
-Давайте помолимся за нашу матушку, чтобы она и впредь помогала нам своими советами и добрыми чувствами, с помощью которых мы могли бы счастливо вести наши дела и управлять нашими подданными...
Таким образом, он добровольно передавал власть Кристине, ответ которой был ожидаем:
-Мы снизошли с нежностью материнской привязанности и с нашим усердием к просьбе нашего сына...
Однако, несмотря на союз с Францией, честолюбие королевской мадам заставило её сначала искать жену Карлу Эммануила II в противоположном лагере.
-Первый взгляд был обращён на Мадрид, - пишет Августо Баццони в книге «Регентство Марии Кристины, герцогини Савойской».
В 1646 году умерла королева Изабелла Бурбон, сестра Кристины, оставив только двух детей. Когда вслед за матерью вскоре скончался инфант Бальтазар Карлос, его сестра Мария Терезия считалась единственной наследницей престола до тех пор, пока вторая жена Филиппа IV не родила сына. Поэтому заполучить в жёны инфанту было мечтой каждого европейского принца. Но королевская мадам надеялась, что у Карла Эммануила есть немалое преимущество:
-Мой сын приходится кузеном инфанте, не говоря уже о том, что мой тесть был женат на её родной тётке. А Габсбурги предпочитают заключать браки между «своими».
Тем не менее, Филипп IV считал по-другому:
-Какой-то итальянский герцог не слишком подходящий жених для нашей единственной дочери.
Тогад королевская мадам подумала о Луизе Кристине Савойской-Кариньянской, единственной дочери Томаса. Но, во-первых, та была старше Карла Эммануила на семь лет, а, во-вторых, на неё положил глаз наследный принц Баденский, гостивший в Париже. Поэтому королевская мадам выступила здесь в роли свахи, а сына решила обручить с Марией Жанной Савойско-Немурской, которая принадлежала к Немурской ветви Савойского дома, обосновавшейся в ХVI веке во Франции. Семья потенциальной невесты была очень богата и владела многочисленными земельными владениями.
Теперь можно было подумать о младших дочерях, Маргарите Виоланте и Генриетте Аделаиде. Кристина мечтала выдать замуж одну из них за молодого французского короля Людовика ХIV и Мазарини вначале поддержал её матримониальные планы.