27 декабря 1663 года в возрасте 57 лет Кристина Мария Французская после непродолжительной болезни покинула этот мир (возможно, из-за слишком рьяного умервщления плоти). Хотя она не хотела пышных похорон, Эммануил Тессарио, её бывший проповедник, и архитектор Амадео ди Кастелламонте по поручению Карла Эммануила II устроили целый «театр скорби». Тело королевской мадам было выставлено на катафалке в Туринском соборе, который по этому случаю был украшен изображениями лилий, скелетов, плачущих женщин и прочей траурной символикой. А все приписываемые ей добродетели были проиллюстрированы картинами с определёнными событиями из её жизни и перечислены в речах ораторов, в том числе, от разных городов герцогства. Кроме сравнений с Минервой, Юноной и прочими богинями, в одной из речей её назвали «лилией из всех лилий Франции, самой благоуханной и самой прекрасной».
Наконец, в одежде кармелитки она упокоилась под алтарём церкви Санта-Кристина в Турине, где обычно хоронили монахинь. Однако в период наполеоновской оккупации Савойи 21 сентября 1802 года её останки перенесли в соседнюю церковь Санта-Тереза (тоже построенную на средства Кристины) в часовню Святого Эразма, где они находятся по сей день. Говорят, что в Палаццо Мадама время от времени появляется призрак Кристины и поглаживает рукой стены бального зала, где при жизни она так любила танцевать.
Франсуаза Мадлен была очень опечалена смертью свекрови, однако в начале 1654 года она сама неожиданно умерла в королевском дворце в Турине в возрасте пятнадцати лет. Убитый горем герцог похоронил жену в Туринском соборе. Людовик ХIV пытался устроить его брак с Великой мадемуазель, но Карл Эммануил II предпочёл попросить руки Марии Жанны Савойско-Немурской, которую в Турине тоже прозвали «королевской мадам». То, что Кристина всегда позиционировала Савойю как королевство, позволило её внуку герцогу Виктору Амадею II действительно стать королём Сардинии.
Кристина инициировала большие изменения в государстве: провела различные административные и налоговые реформы и, способствовала становлению государственной аристократии, вдохновлённая французской моделью. Позволив продажу наследственных должностей, она обеспечила восхождение буржуазных семей на высшие административные должности, чтобы сформировать новую элиту Савойи, которая будет поддерживать герцога в случае необходимости, поскольку она обязана ему своим положением.
Восстанавив большую часть территорий, потерянных во время войны, королевская мадам нашла способ расширить их, поскольку герцог Мантуанский был вынужден уступить ей большую часть Монферрато.
С самого начала своего второго регентства Кристина начала действовать как посредник между малыми итальянскими государствами и великими державами. Она также возобновила в 1652 году дипломатические отношения с Венецией, которая находилась в конфликте с Савойей более двадцати лет, а также со швейцарскими кантонами, с которыми подписала оборонительный союз в 1653 году. Таким образом, после двадцати шести лет пребывания у власти Кристина оставила своему сыну герцогство в мире с великими державами, менее зависимым от Франции и с новыми союзами, в том числе, с Баварией, обеспечивающими его процветание.
Желая поднять престиж династии, она заказала французскому историку Сэмюэлу Гишенону «Генеалогическую историю королевского дома Савойи». В 1650 году он приехал в Турин и был назначен придворным историографом. Однако его работа затянулась сначала из-за болезни, потом - из-за невыплаты ему жалованья и, наконец, из-за недовольства Кристины тем, что он опроверг претензии герцогов савойских на некоторые территории, в том числе, на Кипр. Наконец, под давлением Гишенон признал их саксонское происхождение и династические связи с императором Священной Римской империи. За что получил щедрый подарок от королевской мадам, как мы узнаём из его письма от 6 января 1656 года:
-Я в долгу перед Вашим Королевским Высочеством не только за восторг, с которым Вы так высоко оценили работу, сделанную мной для Королевского дома Савойи, но и за драгоценные бриллианты, любезно подаренные мне Вашим Королевским Высочеством с такой щедростью, что её можно принять за вымысел, если не знать, что она исходит от дочери Генриха IV, вдовы Виктора Амадея и матери Карла Эммануила, с королевским великолепием которой никогда не сможет сравниться никто другой… Но, мадам, чем я могу отплатить Вашему Королевскому Высочеству за столь очевидные блага? если не …бумагой, которая является платой историков и поэтов?