После смерти Кристины враги Филиппо д’Алье пытались добиться его опалы. Но герцог им ответил:
-Никто не посмеет прикоснуться к этому человеку, который, хотя и не является моим отцом, но близок мне, как отец.
Филиппо удалился оплакивать свою бывшую любовницу на виллу Сан-Дамиано, унаследованную им в 1646 году от дяди, Лодовико д‘Алье. Но двадцатидевятилетний Карл Эммануил II нуждался в советах графа, ибо при жизни матери мало интересовался государственными делами. В последние несколько лет Филиппо д’Алье испытывал сильные мучения от мочекаменной болезни и часто посещал также монастырь на горе Капуцинов под Турином, выразив желание в своём завещании быть похороненным «...в самом мрачном и мерзком месте монастыря». Граф пережил любимую герцогиню всего лишь на три с половиной года, скончавшись в шестидесятитрёхлетнем возрасте 19 июля 1667 года в своих покоях на первом этаже Палаццо Мадамы.
Тело покойного было выставлено для последнего прощания в семейном особняке Сан-Мартино, расположенном на площади Пьяцца Кастелло. А когда дело дошло до закрытия гроба, Октавиано, старший брат Филиппо, положил туда две маленькие курительные трубки, очень дорогие сердцу графа. Рано утром 21 июля похоронная процессия, без всяческих геральдических и военных отличий, двинулась с площади Кастелло не к церкви Сан-Франческо д'Ассизи, где находилась семейная усыпальница, а к монастырю Монте-деи-Капуцино. После мессы в церкви Санта-Мария-аль-Монте, разогнав толпу, немногие родственники опустили гроб в яму в огороде монастыря, неподалёку от свалки кухонных отбросов, и засыпали землёй. Со временем те немногие, кто знал о месте, где находилась могила Филиппо д’Алье, тоже умерли, унеся с собой тайну.
Сохранился только один его точно установленный прижизненный портрет. Изображение графа красуется на титульном листе гравюры работы Джакомо Пиччини, опубликованной в 1652 году, которая находится в Государственном архиве Турина. Хотя на шее Филиппо д’Алье можно видеть орден Пресвятой Богородицы, высшую награду герцогства Савойского, он, как и его любовница, предпочитал французскую моду. Об том свидетельствуют его одежда и тёмные завитые волосы, а также усы и французская бородка под нижней губой «а ля Муш» («Муха»), очень популярная в придворных кругах эпохи барокко. Тем не менее, в политике граф не всегда придерживался профранцузского курса, за что и поплатился заключением в Венсенском замке при жизни, в то время как после смерти его пытались предать забвению. Особенно когда регентшей герцогства стала Мария Жанна Савойско-Немурская, следовавшая в фарватере политики Людовика ХIV.
Что же касется Карло Пьянеццы, то он тоже сохранил место в Совете герцога, хотя уже не пользовался таким влиянием, как при жизни Кристины. В мае 1667 года, за месяц до смерти Филиппо д’Алье, он попросил разрешения покинуть двор и, передав свои должности сыну, удалился в монастырь. Карл Эммануил II продолжал консультироваться с ним по политическим вопросам, но всё реже. В какой-то момент герцог Савойский решил начать войну с Генуэзской республикой и сына Пьянеццы назначили одним из руководителей операции, но потом он был признан ответственным за поражение савойской армии. После его побега маркиза обвинили в соучастии и арестовали. Спустя три года Пьянеццу, правда, освободили, но суровое заключение подорвало его здоровье, и 3 июня 1677 года он умер в Турине. Бывшего фаворита Кристины похоронили в основанном им монастыре Сан-Панкрацио-ин-Пьянецца, где мемориальная доска до сих пор напоминает о вечной благодарности ему и его семье отцов-августинцев.
Прошли века, 31 июля 1989 года исследователи (антрополог Ренато Триггер, инженер Мауро Ланца и монах Лука Изелла), проводившие работы в монастыре на горе Капуцинов, случайно обнаружили в Верхнем саду мужской скелет, а рядом с ним – две курительные трубки. Именно по сердечку на одной из них, подаренной Кристиной, стало понятно, что это останки Филиппо д’Алье. После тщательных исследований личность графа была подтверждена (кстати, выяснилось, что он был ростом 165 см).
В 2010 году его останки были перенесены в монастырскую церковь. С тех пор, как считают окультисты, призрак графа бродит по горе Капуцинов и сверху смотрит на церковь Санта-Тереза, где покоится его любимая королевская мадам. Его самые известные балеты «Табак» и «Гриделино» – дань вечной любви к Кристине, ставятся до сих пор. Что же касается замка Алье, то он принадлежал семье Сан-Мартино до 1763 года, а потом перешёл в руки государства и сейчас там устраиваются экскурсии.