В тот же день по Лондону разнёсся дикий слух, будто бы французский флот находится на пути в Англию, который собрал огромную толпу у здания палаты лордов, требующую крови Страффорда. Ещё два дня спустя Джон Пим раскрыл планы заговорщиков перед парламентом. Вслед за тем было немедленно принято решение о казни Чёрного Тома, а в Уайтхолл было направлено требование, чтобы королева и её придворные не смели покидать дворец. На что Генриетта Мария гордо ответила:
-Я – дочь Генриха IV. Мой отец никогда не убегал от опасности и я не собираюсь этого делать!
Однако её любимому Джермину теперь грозили арест, суд и казнь. Причём, в отличие от Чёрного Тома, в качестве пэра королевства имевшего привилегию быть обезглавленным, Генри должны были вздёрнуть на виселице на Тауэр-Хилл. В то время как гнев Генриетты Марии сменился безысходной скорбью, король быстро поставил свою подпись на специальном ордере, позволявшем конюшему его жены отправиться во Францию. Так, к ярости Джермина, закончился этот этап его карьеры.
Он отправился в Портсмут, где встретился с Горингом, который с удивлением спросил его:
-Зачем ты сюда приехал?
-Повинуясь приказам Его Величества, - ответил Джермин и, не зная о его предательстве, предупредил того, что заговор раскрыт.
Губернатор Портсмута печально посмотрел на своего друга.
-Тебе нечего бояться, - сказал он наконец, - ни за себя, ни за меня, поскольку у меня достаточно денег, чтобы спасти тебя. Я сожалею, что поступил неправильно, но я искуплю это по отношению к тебе, и я скорее умру, чем подведу тебя.
У Горинга хватило порядочности придержать приказ об аресте друга и посадить его 7 мая на маленькую лодку, доставившую Джермина во Францию, прежде чем сообощить посыльному парламента, что тот прибыл слишком поздно.
Джон Саклинг, Давенант и Генри Перси тоже сбежали, а Нортумберленд и Эссекс перешли на сторону оппозиции. Страффорд же из Тауэра убеждал короля не колеблясь принести его в жертву. В тот день, когда законопроект о казни графа был принят в третьем чтении, пришло сообщение о том, что французский флот захватил острова Гернси и Джерси. Это снова привело лондонцев в ярость. Услышав о том, что её с мужем тоже собираются заключить в Тауэр, Генриетта Мария приказала приготовить карету с намерением присоединиться к своим друзьям в Портсмуте, ещё не зная о предательстве Горинга. Однако французскому агенту Монтрейлю, епископу Ангулемскому, и её духовнику удалось отговорить королеву от бегства.
-Если Вы уедете сейчас, то убедите весь мир в том, что Вы – любовница Джермина, - прямо сказал Генриетте Марии отец Филипп.
Тем временем её враги подвергли дам опочивальни королевы допросу относительно её личных связей. Полуночные свидания Генриетты Марии с незнакомцами в пустых покоях не остались незамеченными при дворе, это, а также её предполагаемый отъезд в Портсмут способствовали распространению слухов о том, что Джермин был её любовником, что привело королеву в ярость.
Между тем, пока посланные парламентом люди допрашивали её дам, у ворот Уайтхола бесновалась толпа, готовая приступить к резне. Генриетта Мария вспоминала, что епископы убеждали её мужа:
-Ваше Величество, лучше погибнуть одному человеку, чем Англии и всей королевской семье!
После чего добавила, что «как только варварские революционеры получили подпись короля, они, не обращая внимания на королевский приказ об обратном, поторопились предать свою жертву смерти…» Ну, что же, Карл I поступил, как обычно: сначала принял решение, а потом отменил его, вероятно, чтобы снять с себя всякую ответственность.
В среду, 12 мая 1641 года, Страффорда доставили на Тауэр-хилл. Архиепископ Лод протянул ему сквозь тюремную решётку руку, чтобы дать графу последнее благословение, прежде чем потерять сознание. Храбро встретившись лицом к лицу с толпой в более 100 000 человек, Чёрный Том положил голову на плаху и топор палача опустился на его шею.
-Король испытал крайнее горе, - пишет Карола Оман, - королева пролила много слёз. Оба ожидали, что эта смерть рано или поздно лишит одного жизни, а другого – всякого утешения в этой жизни.
Тем временем парламент распустил королевский двор и уже во второй раз Генриетта Мария оказалась без слуг. Некоторые из тех, кому она больше всего доверяла, такие, как леди Карлайл и граф Холланд, выступили против неё, и ей пришлось увидеть, как католиков ненавидят и преследуют так, как никогда в истории Англии.