В отличие от мужа, Мария Медичи терпеть не могла эти «воскресные» посещения Сен-Жермена. Возможно, потому, что ещё в 1604 году её муж принял удивительное решение: отныне его законные дети будут воспитываться вместе с его бастардами. Таким образом, в Сен-Жермен переселились ещё его трое детей от Габриэль д’Эстре: Сезар, Екатерина Генриетта и Александр Вандомы; двое от Генриетты д’Антраг: Гастон Анри и Габриэль Анжелика де Верней; и ещё один ребёнок от Жаклин де Бёй: Антуан де Море.
Однако вернёмся к супруге короля. Дочь Великого герцога Тосканы, Мария Медичи провела свою молодость во Флоренции и получила типичное итальянское образование: неплохо рисовала, любила танцы, театр, придворные развлечения, прекрасно разбиралась в драгоценных камнях, занималась ботаникой, химией и арифметикой. При этом была благочестива, но лишена сентиментальности и не испытывала любви к своим детям, кроме, пожалуй, младшего сына Гастона.
Мать королевским детям заменила их воспитательница Франсуаза де Лонгжу, которая вышла замуж за Роберта де Арле, барона де Монгла. Этот бывший товарищ Генриха по оружию принадлежал к семье, члены которой с пятнадцатого века из поколения в поколение служили королям Франции, и сменил своего старшего брата на посту первого королевского дворецкого.
Дети Генриха IV были очень привязаны к своей гувернантке и называли её «Маманга». Если им случалось разлучаться со своей воспитательницей, они забрасывали её письмами. Сохранилось послание семилетней Елизаветы, в котором принцесса спрашивала Мамангу, когда ей позволят надеть её самое «красивое платье» и шляпку. А Людовик продолжал писать баронессе де Монгла и после того, как вышел из-под её опеки. Даже став взрослым, он во время осады города Монтобана не забыл черкнуть ей несколько строк:
-Мама, я надеюсь, что Вам понравятся эти две строчки… потому что они дают Вам уверенность в том, что Вы всегда будете пользоваться моей доброй милостью…
До самой своей смерти в 1633 году Маманга будет получать весточки от своих воспитанников, в том числе, из Испании, Италии и Англии.
Одна из целей воспитания королевских детей состояла в том, чтобы, став взрослыми, они сохранили между собой тёплые отношения. Им также настоятельно рекомендовалось писать друг другу, когда они находились в разлуке. Таким образом, сохранилось множество их писем.
Наиболее близкие отношения у Елизаветы сложились с Людовиком. Принцесса терпеливо выслушивала все жалобы брата и, как могла, утешала его. Очень рано у них вошло в привычку дарить рубашки друг другу. Поэтому дофина очень беспокоило то, что его сестра должна будет выйти замуж. Так, его личный врач Эроар в своём дневнике рассказывает, что в апреле 1605 года, когда во Франции заговорили о возможном браке старшей дочери короля с принцем Уэльским или испанским инфантом, Людовик заплакал:
-Я не хочу, чтобы сестра уезжала!
Елизавету крестили 14 ноября 1606 года в Овальном дворе замка Фонтенбло вместе со старшим братом и сестрой Кристиной. Крёстным отцом принцессы должен был стать король Англии Яков I Стюарт, но он не смог прислать своего представителя на церемонию из-за разногласий с папой римским. А крёстную мать Елизаветы на церемонии крещения представляла Диана Ангулемская, внебрачная дочь короля Франции Генриха II Валуа.
Как и её сёстры и братья, Елизавета владела основными навыками чтения, письма и арифметики. Благодаря Эроару известно, что принцесса начала учиться письму в четыре года, и очень хорошо справлялась с этой задачей. Успехи сестры расстраивали Людовика, которому эти упражнения давались с трудом и он завидовал тому, что она «учится быстрее и лучше, чем он». В отличие от матери, полностью лишённой воображения, Елизавета интересовалась литературой, особенно стихами. И почерк у неё, как видно из писем, был более ровным и разборчивым, чем у её младших сестёр. Дочери короля получили также религиозное образование, умели вышивать и рисовать, любили музыку и танцы, но не играли на музыкальных инструментах. К услугам Елизаветы и Людовика был скрипач Антуан Бойло, который обучал их танцам и организовал «бал сестёр короля» в 1609 году. Неизвестно, преподавали ли принцессам латынь, но иностранные языки они точно не изучали. Зато дочери Генриха IV рано научились ездить верхом и принимали участие в охоте. Особенно увлекалась конными прогулками Елизавета.
Также девочки учились вести домашнее хозяйство и осваивали придворные манеры, соответствующие их рангу. В первую очередь их старались подготовить к роли жены и матери королей. С этой целью они участвовали во всех публичных торжествах королевской семьи и придворных церемониях.