Борис отказался исполнить волю царя относительно пострижения вдовы-царицы. Он попытался закрепить за сестрой трон, но потерпел неудачу. Царице Ирине пришлось принять иноческий чин и удалиться в Новодевичий монастырь.
Среди претендентов на трон современники называли Федора и Александра Никитичей Романовых, двоюродных братьев умершего царя, а также главу Боярской думы князя Федора Мстиславского.
Борьба за власть расколола Боярскую думу. Романовы считали свои позиции столь прочными, что выступили с открытыми нападками на правителя. В столице толковали, будто Годунов отравил царя Федора. В Боярской думе старший из братьев Романовых якобы обвинил Бориса в убийстве царевича Дмитрия и пытался собственноручно покарать злодея.
Опасаясь за свою жизнь, Годунов перестал ездить в Боярскую думу и укрылся в стенах хорошо укрепленного Новодевичьего монастыря. Бегство Годунова из Кремля предвещало его немедленную отставку с поста правителя.
17 февраля истекло время траура по Федору, и Москва тотчас же приступила к выборам нового царя. Патриарх созвал на своем подворье родню и сторонников Бориса Годунова. Они единодушно решили избрать на трон Бориса. В это же время руководство думы созвало особое совещание в Кремле. Боярская дума была высшим органом государственной власти в России, и только этот орган мог решить вопрос о престолонаследии. Но в думе царил раздор. Не только Мстиславский и Романов, но и другие великородные бояре метили на трон. Спорам не было конца. Наконец бояре пришли к компромиссному решению. Лучший оратор думы дьяк Щелкалов вышел на Красное крыльцо и предложил народу присягнуть Боярской думе. Однако попытка ввести в стране боярское правление не встретила поддержки у населения.
Раскол в верхах привел к тому, что вопрос о престолонаследии был перенесен из думных и патриарших палат на площадь. Противоборствующие партии пускали в ход все возможные средства — от агитации до подкупа, — стараясь заручиться поддержкой столичного населения.
В феврале патриарху удалось организовать шествие в Новодевичий монастырь. Выйдя к толпе, Борис Годунов со слезами на глазах клялся, что и не мыслил посягнуть на «превысочайший царский чин». На следующий день, после всенощной, народ вновь двинулся на Новодевичье поле. Духовенство вынесло из храмов самые почитаемые иконы.
На этот раз Годунов, выйдя к народу, обернул шею тканым платком, давая понять, что скорее удавится, чем согласится принять корону. Выждав некоторое время, правитель сделал вид, что не может более противиться воле народа, и объявил о своем согласии. Без промедления он был отведен в ближайший собор и наречен патриархом на царство.
В апреле Борис переехал из Новодевичьего монастыря в Кремль. Дьяки Годунова изготовили грамоту о его избрании на трон, но члены Боярской думы отказались скрепить грамоту своими подписями.
Бояре поняли, что им не удастся остановить Годунова, если они не примут немедленных мер. Выступление боярской оппозиции возглавили Богдан Бельский и Романовы. Они попытались склонить Боярскую думу к тому, чтобы временно передать трон Симеону Бекбулатовичу. По прихоти Грозного хан некогда занимал московский трон. Цель оппозиции сводилась к тому, чтобы ввести боярское правление, на этот раз при помощи подставного лица.
Борис не осмелился возражать думе, но постарался помешать ее деятельности. Он объявил, что стране угрожает вторжение Крымской орды, и лично возглавил выступление на южную границу. На воеводские посты он назначил своих самых опасных противников. Бояре были поставлены перед выбором: либо занять высшие командные должности, либо отказаться от участия в обороне границ и навлечь на себя обвинения в измене. Они подчинились.
Отдав приказ о сборе под Москвой всего дворянского ополчения, Годунов в начале мая выехал в Серпухов. Армии не пришлось отражать нападение татар. На Оке православное воинство провело два месяца в пирах.
После похода Годунов венчался на царство в Успенском соборе Кремля. Патриарх Иов возложил на его голову шапку Мономаха. Новый государь дал пир на всю Москву. Торжества продолжались двенадцать дней. Служилые люди вновь получили денежное жалованье. Особых милостей удостоились Романовы и Бельские. Бояре получили гарантии против возобновления казней. Государь дал тайный обет не проливать крови в течение пяти лет. Обет не был ни для кого секретом.
Через полгода после коронации правительство созвало в столице новый Земский собор. Его участникам предложили подписать утвержденную грамоту об избрании Бориса царем.