Старания Годунова не увенчались успехом. Раздор с боярами, прямо и косвенно, готовил почву для смуты.
Самым крупным политическим процессом времен Годунова стало дело об «измене» Романовых и Черкасских. Они стали жертвами колдовского процесса. Их обвинили в намерении «испортить» царскую семью с помощью волшебных корешков.
Из записей польского посольства следует, что отряд царских стрельцов совершил вооруженное нападение на подворье Романовых 26 октября 1600 г. Братья Романовы были арестованы. Боярская комиссия во главе с Салтыковым произвела обыск на захваченном подворье и обнаружила коренья. Суд признал Романовых виновными в покушении на жизнь царя и государственной измене. Наказанием за такое преступление могла быть только смертная казнь. Борис долго колебался, не зная, как поступить с Романовыми. В конце концов Федор Никитич Романов был насильственно пострижен в монахи под именем Филарета, а его братья Александр, Михаил, Василий, Иван и зятья князья Черкасские и Сицкие отправлены в ссылку.
Причиной расправы с Романовыми и Черкасскими явился не столько «боярский заговор», сколько болезнь царя Бориса. Один из современников Бориса заметил, что тот находился на троне шесть лет, «не царствуя, а всегда болезнуя». К осени 1600 г. состояние здоровья Годунова резко ухудшилось. В Москве ждали его кончины со дня на день. В столице поднялась тревога. Тогда Борис распорядился отнести себя на носилках из дворца в Успенский собор, чтобы покончить со слухами о своей кончине. Романовы поспешили вызвать в Москву многочисленную вооруженную свиту. Они надеялись вскоре вновь вступить в борьбу за обладание короной. Малолетний наследник Бориса царевич Федор имел совсем мало шансов удержать трон после смерти отца. Новая династия не укоренилась, и у больного самодержца оставалось единственное средство ее спасения: он постарался избавиться от претендентов на трон и отдал приказ о штурме романовского подворья.
Вооруженная боярская свита оказала стрельцам отчаянное сопротивление. Под стенами романовского подворья произошло форменное сражение.
Опала на Романовых едва не погубила Юшку Отрепьева. Царь Иван поголовно истреблял дворню опальных бояр. Однако Годунов не хотел следовать его примеру. Он ограничился тем, что подверг пыткам и казни ближних слуг опальных Романовых. Подобная участь грозила и Юрию Отрепьеву. По словам патриарха, Отрепьев постригся в монахи, спасаясь «от смертные казни». Царь Борис выражался еще более определенно. Боярского слугу ждала виселица!
Не благочестивая беседа с вятским игуменом, а страх перед виселицей привел Отрепьева в монастырь. Двадцатилетнему дворянину, полному сил и надежд, пришлось покинуть свет и забыть свое мирское имя. Отныне он стал смиренным чернецом Григорием.
После пострижения Отрепьев побоялся остаться в столице и скрылся в провинции. Из посольской справки 1606 г. следует, что Отрепьев побывал в Суздальском Спасо-Ефимьевом монастыре и в монастыре Иоанна Предтечи в Галиче. Оба монастыря лежат на одной прямой, связывавшей Москву с имением семьи Отрепьевых в Галичском уезде. Итак, чернец Отрепьев посетил названные монастыри не для жительства в них, а как места временного пристанища во время бегства из Москвы в свое имение.
Искал ли Отрепьев спасения в романовской вотчине близ Железного Борка? Или вернее будет другое предположение, что слуга опальных бояр искал спасения в родных краях?
Сохранились отрывочные сведения, будто во время пребывания Отрепьева в Суздальском Спасо-Ефимьевом монастыре тамошний игумен, видя его «юна суща», отдал «под начал» духовному отцу. Жизнь «под началом» оказалась стеснительной, и чернец поспешил проститься со спасскими монахами. В прочих обителях Отрепьев задерживался и вовсе ненадолго.
Переход от жизни в боярских теремах к прозябанию в монашеских кельях был разительным. Очень скоро чернец Григорий решил вернуться в столицу. Как мог опальный инок попасть в аристократический кремлевский монастырь? Поступление в такую обитель обычно сопровождалось крупными денежными вкладами.
Дьяки Шуйского дознались, что при поступлении в Чудов монастырь Гришка Отрепьев воспользовался протекцией: «…бил челом об нем в Чюдове монастыре архимандриту Пафнотию… (что ныне Крутицкой митрополит, добавили от себя дьяки. — Р.С.) богородицкой протопоп Еуфимий, чтоб его велел взяти в монастырь и велел бы ему жити в келье у деда у своего у Замятни».
Дед Григория Елизарий Замятня был примечательной фигурой. Полгода спустя после коронации Бориса Годунова он получил самое ответственное в своей жизни поручение. Новый царь назначил его «объезжим головой» в Москве. Замятня должен был охранять порядок в «меньшой» половине Белого города — от Неглинной реки до Алексеевской башни. «Объезжими головами» в столице служили обычно дворяне, хорошо зарекомендовавшие себя по службе и лично известные государю. Вскоре после московской службы Замятня, по-видимому по старости, удалился на покой в Чудов монастырь. Неизвестно, в каких отношениях находился Замятня с протопопом Кремлевского Успенского собора Евфимием. Но именно помощь Евфимия помогла Замятне определить внука Григория в Чудов.