19 мая из Москвы в Углич прибыла комиссия боярина Василия Шуйского. С ним вместе приехал митрополит Геласий. В основу своих выводов комиссия положила подробные показания Василисы Волоховой. Фактически она была признана главным свидетелем. Объяснялось это достаточно просто. Василиса была хорошо известна при московском дворе. Она пользовалась полным доверием Ивана Грозного и много лет служила при нем постельницей. После его смерти она последовала за вдовой-царицей в Углич. При царевиче Дмитрии Волохова исполняла должность боярыни-мамки. В иерархии дворцовых чинов она стояла неизмеримо выше всех других лиц, непосредственных очевидцев происшествия.
Следователи выяснили, что возле Дмитрия в момент его смерти находились четверо жильцов. Титул «жилец» носили молодые дворяне, охранявшие покои и фактически исполнявшие службу телохранителей при особе монарха или княжича.
Во дворе Кремля при Дмитрии находились юноши Петрушка Колобов, сын постельницы, Баженко Тучков, сын кормилицы, Ивашка Красенский и Гриша Козловский. Когда они предстали перед судной комиссией, им задали вопрос: «Хто в те поры за царевичем были?» Они отвечали, что на дворе с царевичем были «только они, четыре человеки жильцов, да кормилица, да постельница».
Мария Нагая оставила сына с боярыней Волоховой, постельницей и кормилицей. Почему же мальчики не упомянули имени боярыни? Этот вопрос позволил исследователям усомниться в «доказательной силе» свидетельства очевидцев: «…если „жильцы“ не упомянули о Василисе, то они могли „забыть“ и о присутствии других лиц» (А.А. Зимин).
Предположение о том, что мальчики хитрили, не находит подтверждения в источнике. Они изложили то, что видели своими глазами. Если ребята не назвали боярыню, значит, в момент смерти Дмитрия ее не было во дворе. Она отлучилась либо на обед, либо по делам.
Слова мальчиков позволяют объяснить поведение царицы. Она передала сына на руки боярыне, которая несла всю ответственность за его жизнь. Волохова принадлежала к кругу самых близких к царице лиц. Но мамка покинула ребенка. За нерадивую службу, стоившую жизни питомцу, царица набросилась на мамку и, ухватив попавшееся под руку полено, стала бить по голове смертным боем.
Нагая не могла не чувствовать собственной вины за смерть сына. Незадолго до того, когда в руке у мальчика оказалась «свая», он во время припадка поколол мать. Казалось бы, само провидение предостерегло ее в тот момент. Царица не вняла предостережению. Избавиться от невыносимого чувства можно было лишь одним способом: переложить всю вину на кого-то другого. Кровь царевича требовала отмщения, и в голове у обезумевшей от горя женщины родилась идея мести. «Окаянная мамка» должна была испить ту же чашу — лишиться собственного сына. Нагая объявила, что Дмитрия зарезал Осип Волохов, что было равносильно смертному приговору.
По словам Волоховой, царица, избивая ее, приговаривала, «что будто се сын ее, Василисин, Осип с Михайловым сыном Битяговского, да Микита Качалов царевича Дмитрия зарезали».
Фактически главная свидетельница повторила окончательную версию обвинения, выдвинутого Нагими. Но, судя по «обыску», эта версия возникла не сразу.
Нагие повелели бить в набат, чтобы созвать народ и оповестить город о несчастье. Немолчный гул колокола поднял на ноги весь город. Возбужденная толпа запрудила площадь перед дворцом. Михаил Битяговский, заслышав звон, поспешил в Кремль. Но Нагие успели принять меры. Они запретили страже пускать в крепость главного дьяка. Наконец один из его приспешников отпер ворота. Битяговский сразу почуял неладное и стал хлопотать о наведении порядка. Его суета раздражала Нагих.
Никто не приглашал дьяка в княжие покои, но он и не ждал приглашения. Он, «взбежав на двор, да вверх побежал, а чаял того, что царевич вверху». Оттуда Битяговский бросился в церковь и мимо тела царевича взбежал на колокольню. Дьяк ломился в звонницу и требовал, чтобы прекратили бить в колокола, но звонарь, по его словам, «ся запер и в колокольню его не пустил».
Толпа перед дворцом прибывала. Посадские люди и казаки спешили вооружиться рогатинами, топорами и саблями. Ситуация осложнилась после того, как на площади появились Михаил Нагой с братом Григорием.
Нагие враждовали с Битяговским с того дня, как удельная семья утратила право распоряжаться доходами со своего княжества и стала получать деньги «на обиход» из его рук. Назначенное правительством содержание казалось царице мизерным, а зависимость от дьяка — унизительной. Стряпчий царицы и другие лица сообщили комиссии, что Михаил Нагой постоянно «прашивал вверх государева указу денег ис казны», а Битяговский «ему отказывал», из чего проистекали ссоры и брань. Последняя стычка между ними произошла утром 15 мая.