Следователи не только записывали допросные речи, но и заставляли свидетелей ставить свои подписи на обороте листа. В тексте обыска имеется по крайней мере 20 подписей угличан. Все подписи строго индивидуализированы и отражают разную степень грамотности писавших. Бисерный почерк Андрея Нагова нисколько не похож на почерк полуграмотных дворцовых служителей или же на изысканные подписи двух угличских игуменов.
Комиссия провела огромную работу в течение примерно десяти дней, и ей некогда было изготовлять черновики, потом копировать их на беловики, меняя содержание в нужном духе, повторно отбирать подписи у свидетелей.
Следственные материалы свидетельствовали о непричастности Бориса к смерти царевича. Именно поэтому историки отказывались верить в их истинность. Гибель Дмитрия была актом большого политического значения. Вопрос «кому выгодно?» служит проверкой любого крупного события. Непоколебимая уверенность в том, что устранение последнего отпрыска московской династии было выгодно одному Борису, начисто обесценивала угличский «обыск». Есть основания утверждать, что угличское дело стало жертвой ретроспективной оценки событий.
К моменту смерти царевича не исчезла полностью возможность рождения законного наследника в семье Федора. Никто не мог точно предсказать, кому достанется трон. Из ближних родственников царя наибольшими шансами обладал не Годунов, а Романовы.
Ситуация, сложившаяся в Москве к моменту трагедии, носила критический для правительства характер. Над страной нависла непосредственная угроза вторжения шведских войск и татар. Власти готовились к борьбе не только с внешними, но и с внутренними врагами. За одну-две недели до смерти Дмитрия они разместили на улицах столицы усиленные военные наряды и осуществили другие полицейские меры на случай народных волнений. Достаточно было малейшего толчка, чтобы народ поднялся на восстание, которое для Годунова могло кончиться катастрофой.
В такой обстановке гибель Дмитрия явилась для Бориса событием нежелательным и, более того, крайне опасным. Факты опровергают привычное представление, будто устранение младшего сына Грозного было для Годунова политической необходимостью. Вместе с тем рушится предвзятая оценка угличского «обыска».
Следственные материалы сохранили по крайней мере две версии гибели Дмитрия.
Версия насильственной смерти всплыла в первый же день дознания. Ее выдвинули дядья царицы Нагие. Но среди них не было полного согласия.
Андрей Нагой сидел с царицей за столом, когда произошло несчастье. Он живо описал, как «закричали на дворе, что царевича не стало». Нагая сбежала «сверху», и он, Андрей, «прибежал туто ж к царице», а «царевич лежит у кормилицы на руках мертв, а сказывают, что его зарезали, а он того не видел, хто его зарезал».
Безо всякой паузы Андрей рассказал далее о припадках «черной болезни» у царевича и о том, что тот играл перед смертью ножом. Тем самым он косвенно подтвердил версию о нечаянной смерти Дмитрия. Показания Андрея принадлежали к числу самых важных: он видел мертвого царевича одним из первых и «был у царевичева тела безотступно и тело он царевича внес в церковь».
Дядья царицы, Михаил и Григорий Нагие, обедали у себя на подворье и не сразу явились к месту происшествия.
По словам Григория, они «прибежали на двор, ажно царевич Дмитрей лежит, набрушился сам ножем в падучей болезни… и на двор прибежали многие люди… и почали говорить, неведомо хто, что будто зарезали царевича». Таким образом, Григорий прямо подтвердил версию нечаянной смерти внучатого племянника.
Показания Григория только в одном пункте расходились с показаниями Андрея. По словам Григория, когда он с братом прискакал ко дворцу, «царевич ещо жив был и при них преставился». Неточность в его показаниях может быть объяснена. Очевидцы говорили, что Михаил Нагой был «мертв пиан», «прискочил на двор пиян на коне». Григорий же пил за обедом вместе с Михаилом.
Из всех Нагих один Михаил категорически настаивал на том, что царевича убили: прибежал он «к царевичю на двор, а царевича зарезали» Волохов, Качалов и Битяговский-сын.
Однако Михаил не мог подтвердить свою версию ни одним свидетельским показанием.
Нагие напрасно отговаривались тем, что они не знают, кто первый заговорил об убийстве Дмитрия. Этим человеком, без сомнения, была мать мальчика. Ее слова подхватил Михаил Нагой.
По понятным причинам Нагие не хотели признать, что версию насильственной гибели княжича выдвинули они сами, не имея в своем распоряжении никаких тому доказательств.