Примерно 5–6 тыс. наиболее подготовленных солдат и офицеров, следуя инструкциям Наполеона, Жюно разместил по французским дивизиям, а затем группами по 1000 чел. отправил через Саламанку и Вальядолид во Францию. Таким образом, была сформирована основа так называемого Португальского Легиона, официально оформленного декретом от 18 мая 1808 г. и просуществовавшего до 1812 г.
С португальской стороны эту реорганизацию возглавили профранцузски настроенные португальские генералы Педру Алорна, ставший впоследствии командиром Португальского Легиона, и Гомиш Фрейре де Андраде, ставший его заместителем.
Педру Алорна родился в Лиссабоне в 1755 г., и судьба его достойна того, чтобы остановиться на ней поподробнее. В 1793 г. он был адъютантом командующего португальским войсками, сражавшимися в составе испанской армии против революционной Франции в Восточных Пиренеях. В 1799 г. Алорна получил чин бригадного генерала. Обвиненный в 1806 г. в заговоре против регентши Карлотты Бурбонской, он был изгнан регентом Жуаном из столицы и отправился с семьей в провинцию Алентежу, где некоторое время он выполнял функции губернатора. Когда испанские войска под командованием генерала Солано подошли к Элвашу, Алорна с 3-тысячным отрядом закрылся в крепости и приготовился к обороне. Одновременно с этим он запросил Лиссабон, что ему делать. Последовал приказ открыть ворота и впустить испанцев. Разъяренный этим предательством Алорна помчался в столицу, но там узнал о позорном бегстве королевской семьи и большинства придворных. Тогда он явился к Жюно и попросился к нему на службу, а 22 декабря 1807 г. получил должность генерала-инспектора и командование над всеми португальскими войсками расположенными в провинциях Бейра, Тразуш-Монтиш и Эштемадура.
15 февраля 1808 г. Алорна был назначен генералом-инспектором всех португальских сил, находящихся в Португалии. С марта по июнь 1808 г. он сражался в Испании, а 1 августа 1808 г. был представлен к чину генерала французской службы.
Генерал Гомиш Фрейре де Андраде родился в столице Австрии в семье португальского дипломата. Вернувшись в Португалию, будущий генерал поступил на военную службу, участвовал в нескольких кампаниях, в том числе и в составе русской армии князя Потемкина. В 1791 г. он уже был полковником, а в 1795 г. — генералом.
Первоначально планировалось, что Португальский Легион будет состоять из шести пехотных полков и двух конно-егерских, однако большое количество португальских солдат, отобранных для службы в Легионе, дезертировало, не желая воевать вообще и под французскими знаменами, в частности. Недостаток в людях пришлось компенсировать за счет старого проверенного метода всех времен и народов — за счет вербовки среди военнопленных различных национальностей.
В конечном итоге, удалось сформировать всего пять пехотных полков и один кавалерийский.
Став командиром Португальского Легиона, генерал Алорна привлек на свою сторону в качестве начальника штаба и своего помощника генерала Мануэла Инасиу Мартинша Памплону.
Мануэл Инасиу Мартинш Памплона, будущий граф де Субсерра, также был уникальной личностью. Он родился в 1760 г., обучался математике в университете Коимбры и даже получил там ученую степень бакалавра. Затем он резко изменил свою жизнь и поступил кадетом в Сантаремский кавалерийский полк. В 1788 г. Памплона в качестве волонтера на стороне России участвовал в войне с Турцией, где и познакомился с Гомишем Фрейре де Андраде. В составе португальской вспомогательной дивизии Памплона принял участие в боях с французскими революционными армиями в Каталонии и под Руссильоном. Вернувшись в Португалию, в 1801 г. Памплона стал командиром 9-го кавалерийского полка, а в 1806 г. — бригадным генералом. Боевые заслуги генерала Памплоны были отмечены многими наградами: португальским орденом Христа, британским большим крестом Башни и Меча, российскими орденами Святого Александра Невского и Святого Владимира, испанским большим крестом Карлоса III и т.д.
Португальский Легион состоял из двух пехотных бригад под командованием генералов Жозе Каркоме Лобу и Жуана де Бриту Моузинью.
Все эти португальские генералы обладали достаточным боевым опытом. Алорне было 52 года, Гомишу Фрейре — 50 лет, Памплоне — 47 лет, Моузинью — 40 лет и т.д. У каждого из них были веские причины ненавидеть разоривших страну и сбежавших в Бразилию представителей рода Браганса, а также разваливших армию великовозрастных эмигрантов (в основном пруссаков), что, собственно, и стало главной причиной их перехода на сторону французов.