Однако постепенное исчерпание феодальным строем своего потенциала вело к нарастанию кризиса. Возрастание налогового бремени на податные сословия вызывали их возмущение. Рост налогов и усиление крепостного строя вызывали массовые волнения крестьян и горожан в 1648 и 1662 гг. в Москве, в 1648–1650 гг. в Новгороде и Пскове, массовое и широкое восстание С.Т. Разина в 1670–1671 гг.
Экономика страны сильно зависела от импорта. Вывозили за границу лишь сырье, причем своих грузовых судов большого водоизмещения не хватало, да и имелся лишь один порт в Архангельске. Россия была отрезана от Балтийского и Черного морей. Попытки выйти на их берега при Иване Грозном и Крымских походов оказались неудачными. Русская армия не могла вернуть земли, захваченные поляками и шведами, она терпела поражения и от войск Речи Посполитой, и даже от крымско-татарских отрядов. Русь оставалась слабой окраинной периферией Европы. Показательно, что Русское государство до 1704 г. выплачивало дань крымскому хану, который сам являлся вассалом османского султана.
Но кризис был вызван не только материальными причинами. Русское государство оказалось отрезанным от бурно развивавшегося европейского мира, его культуры, науки и экономики.
Митрополит Киевский Петр Могила (1596–1647) заботился о возрождении церковного образования и книжности. Но Катехизис, «Православное исповедание кафолической и апостольской Церкви Восточной», он был вынужден написать в 1640 г. на латинском языке с использованием катехизисов католической церкви. В то же время ослабли и связи с православным Востоком, где после падения Византийской империи в 1453 г. христианские церкви боролись за выживание, не развивался потенциал православной культуры, более того, «вера у греков пошатнулась» вследствие заключения союза с католиками (уния) на Ферраро-Флорентийском соборе в 1439 г. Уния, на которую вынужденно пошла Византия, привела к активному взаимообщению с Западом, но также побудила Русь к необходимости искать ответы на его вызовы.
Внутри страны авторитет государства и царской власти был сильно ослаблен борьбой в царской семье между группировками Милославских и Нарышкиных, а также церковным расколом, возникшим вследствие мер патриарха Никона по исправлению церковных книг и обрядов, поддержанных царем. Но действия раскольников (сторонников верности «старым», как они считали, церковным обрядам) пошатнули монопольное положение правящей православной церкви в духовной жизни русского общества. За старину были низший клир и часть народных масс, за реформы Никона – высшая церковная иерархия, по сути, отвергавшая старый уклад русской жизни и предлагавшая по выражению прот. Павла Хондзинского «выход из замкнутости культа к открытости культуры».
Смута начала века настолько сильно потрясла русское общество и государство, что оказывалось невозможным вернуться к первоначальному состоянию. И хотя в политическом плане поляки были изгнаны, польское влияние в культуре оказалось сильным на протяжении всего века. Такого рода вестернизация проявлялось как в богословии через книжников Киево-Могилянской академии, так и в бытовой культуре (польская мода, мебель в польском стиле, вплоть до обыкновения писать русские слова латинскими буквами).
Все это можно назвать проявлениями кризиса системы, из которого видны были два выхода: дальнейшая стагнация, хаос и распад государства на отдельные части или проведение коренных реформ, замена старой общественной системы на новую.
Сознание неблагополучия в стране, усиление внешнего давления с Юга и Запада, побуждали власть к действиям, которые, однако, не выходили за рамки существовавшей системы. Налоговые и административные реформы (введение подворного обложения в 1679 г., уничтожение местничества в 1682 г., дальнейшая централизация аппарата управления) или создание первого высшего общеобразовательного учебного заведения в 1680 г. Славяно-греко-латинской академии не могли ликвидировать нараставшее отставание России от передовых стран.
Дальше в осмыслении задач развития России пошел князь В.В. Голицын (1643–1714 гг.). Видный государственный деятель и «ближний друг» царевны Софьи Алексеевны был по духу европейцем. Его план «о поправлении всех дел, яже надлежит обще народу» основывался на опыте западноевропейских держав, прежде всего Англии, Голландии и Франции. Принципиальное отличие голицынского плана от намерений его предшественников состояло в том, что предлагались уже не отдельные реформы внутри системы, а реформа самой системы.