Ян Амос не только передает свою любовь к книгам, стремясь воспламенить ею своих учеников, он призывает учителей учить, как надо работать с книгами, делится своим опытом, дает советы и рекомендации. Он учит и различать книги, говоря, что надо читать прежде книги реальные, нежели наполненные пустыми словами, то есть те, что толкуют о вещах, нужных для жизни. Гимн Коменского книгам — это гимн человеческой мудрости, культуре, знаниям, постоянному стремлению к совершенствованию. Тем, кому не понравилась первая речь, вторая добавила масла в огонь. Коменский старается не замечать ни разговоров за спиной, ни косых взглядов. Он целиком отдается школьной работе. Пока он пользуется благосклонностью князя и княгини-матери, никто из недоброжелателей и прямых завистников не смеет открыто поднять против него голос.
Занимаясь школьными делами, Коменский одновременно работает над новым сочинением, которому суждено занять видное место среди его трудов. Уже из одного названия, если привести его полностью, очевидно, с какой целью пишется этот педагогический трактат: «Пансофическая школа, то есть школа всеобщей мудрости, — и затем более мелким шрифтом, — учреждение которой было желательно уже многие годы у всех народов и которая теперь под покровительством сиятельного господина Сигизмунда Ракоци счастливо призвана к жизни у Венгров в Шарош-Патаке в 1651 году спасения нашего». Чтобы построить такую школу на практике, Коменский в своем трактате создает проект этой новой пансофической школы второй ступени, дающей полное среднее образование. Он подробно разрабатывает все вопросы организации и работы школы, обосновывает ее цели и задачи, последовательно раскрывает содержание, методы и формы обучения, выдвигает требования к учителям и ученикам. Он предусматривает все, каждую мелочь, могущую иметь практическое значение. Коменский хочет, чтобы не осталось никаких сомнений, чтобы с полной верой в реальность проекта все принялись за дело.
Однако явные и скрытые противодействия Коменскому возрастают. Его противниками становятся даже кое-кто из кураторов школы, в ком он видел своих единомышленников, и среди них ректор школы сам Ян Толнай! И все-таки Ян Амос не сдается, хотя каждый следующий шаг дается со все большим напряжением. Открытую оппозицию среди некоторых влиятельных лиц родовитого дворянства вызывает, например, его требование предоставить равные права на обучение в школе мальчикам и девочкам, всем детям, независимо от происхождения. Совсем другого ждали они от Коменского! Невиданная раньше школа отпугивает демократизмом, новым духом обучения и воспитания, побуждающим учеников — и в их числе детей простонародья! — самостоятельно мыслить, ощущать свое человеческое достоинство! Во всем этом мерещится крамола, даже некая скрытая угроза.
Атмосфера недоброжелательства, сопротивление ректора школы Яна Толная и некоторых учителей заставляют Коменского думать об отъезде. К тому же прошел почти год пребывания в Шарош-Патаке, и Ян Амос получил напоминание из Лешно о возвращении. Он решает уехать и обращается с этой просьбой к Сигизмунду Ракоци. Но молодой князь не хочет об этом и слышать. Предстоит его свадьба с Генриеттой Пфальцской, дочерью последнего чешского короля, и он желает, чтобы венчал их только Коменский.
Бракосочетание состоялось в июне 1651 года. Глядя на Генриетту, стоящую перед ним рядом с Сигизмундом, Коменский вспоминает такой же солнечный летний день тридцать два года назад, когда ее отец Фридрих Пфальцский короновался в Праге, а он сам, молодой, полный сил и надежд, шел в рядах торжественной процессии, со всех сторон несся колокольный звон и толпа пражан приветствовала их радостными криками... Кто мог тогда предположить, что чехи вскоре потерпят это ужасное поражение под Белой Горой, которое ввергнет народ в пучину страданий и бедствий на целые десятилетия, а Фридрих, спасаясь паническим бегством, трусливо примет все условия победителей? Процарствовав лишь одну зиму, он и остался в народной памяти «зимним королем». Может быть, молодой Сигизмунд Ракоци, беря в жены дочь последнего чешского короля, так и не сумевшего вернуть себе власть, осуществит его миссию и явится спасителем чешского народа? С этой мыслью Ян Амос соединяет руки жениха и невесты.
Но надеждам Коменского не дано осуществиться: Сигизмунд не склонен бороться за чешскую корону. Молодому князю, влюбленному в свою жену, довольно богатств и власти, принадлежащим ему по праву рождения, он упивается своим счастьем и ни о чем ином не помышляет. Увы, счастье его кратковременно: через три месяца супружеской жизни от болезни Генриетта умирает. Сигизмунд неутешен. Об освободительном походе в Чехию он не желает и думать, а еще через несколько месяцев от эпидемии оспы, охватившей все княжество, погибает и он сам. А вместе с ним хоть и слабая, но все-таки реальная надежда на близкое освобождение Чехии.