Коменский предвидит надвигающуюся опасность. Он отсылает в Нюрнберг рукопись «Мира в картинках», в Гамбург — часть своих пансофических книг. Друзья настойчиво советуют ему покинуть город, даже сам шведский король Карл Густав предлагает переехать в безопасное место. Но Ян Амос считает себя не вправе оставить общину: в эти тяжелые дни он должен быть с братьями, чтобы разделить с ними общую судьбу. Он все еще не теряет надежды, что развитие событий приведет к столкновению Швеции с Габсбургами, союзниками Польши, и что тогда выступление Георга Ракоци освободит, наконец, Чехию.
Пока есть хотя бы какие-то реальные основания, он страстно хочет верить в осуществление этой многолетней мечты.
В конце апреля 1656 года под стенами Лешно показались отряды Яна Казимира. Становится известно, что солдаты намерены предать огню город, как гнездо ереси. Небольшой шведский гарнизон отваживается завязать бой за стенами города, но, кроме потерь, это ни к чему не приводит. Горожане из тех, кто способен держать оружие, давшие по требованию Шлихтинга присягу верности, сторожат бастионы, однако они не верят в возможность отстоять город. В королевских отрядах немало бывалых воинов, они хорошо вооружены, а за ними во второй линии расположились вооруженные крестьянские формирования. Сопротивление, полагают защитники, бессмысленно. В страхе и напряженном ожидании проходит ночь...
Наутро выясняется, что Шлихтинг тайно бежал из города. Сообщение вызывает повальное бегство. В несколько часов город пустеет. Ян Амос спустя много лет вспомнит: «...вся община, все охваченные паническим страхом, как будто все мы забыли обо всем, с единым помыслом остаться лишь только в живых бежали мы, куда кто мог, намереваясь искать спасение в соседней Силезии». Поляки, приготовившиеся к длительной осаде, отходят подальше — они уверены, что гарнизон будет сражаться до конца. Но вскоре разведчики доносят, что из города без конца тянутся телеги, кареты, верховые, пешие... А затем Лешно покидают шведы, стража, муниципалитет, уходят все, кто может. Коменский с семьей и несколькими братьями уходит последним. Он решается на это, чтобы спасти семью. Ян Амос успевает лишь спрятать наиболее ценные из оставшихся рукописей и книг в яме, вырытой в полу его спальни, и взять лишь самое необходимое из того, что можно унести. Ежеминутно рискуя жизнью, небольшая группа братьев вместе с семьей Коменского с трудом выбирается из города и затем по лесам и болотам выходит в относительно безопасные места. Их путь лежит в Силезию, где также живут братья и где Коменский вместе с семьей находит приют у Вацлава из Будова.
Ворвавшись в город, солдаты находят его почти безлюдным.
Три дня бушует пламя в Лешно, оставляя на месте домов груды развалин, обугленные камни, пепел.
Коменский, узнав, что город сгорел, в отчаянии: он знает, как ведут себя победители по отношению к жителям. Он думает и о том, сохранился ли его дом. Целы ли его рукописи? Вацлав Будовец через несколько дней после пожара посылает в Лешно всадников и телегу, чтобы увезти то, что осталось.
Страшная картина открывается перед ними, когда они въезжают в Лешно, — города не существует. Есть гигантское пепелище, страшное черное место смерти, над которым с криком лениво летает воронье. Правда, кое-где они встречают людей. Кто-то вернулся, надеясь, что осталась хотя бы крыша над головой, кого-то пощадил случай. Они видели над пепелищем застывшие фигуры. С трудом находят они то место, где стоял дом Коменского, и видят лишь обгоревшие развалины.
Пожар уничтожил дом до основания, а вместе с ним и все имущество, богатую библиотеку, собранную Яном Амосом за многие годы.
В яме они обнаруживают часть обгоревших рукописей, от других остался пепел...
Коменский дрожащими руками перебирает обгоревшие листы немногих сохранившихся рукописей. Он не верит своим глазам. Это все, что осталось? А «Метафизика»? А собрание проповедей более чем за сорок лет? А «Сокровища языка чешского и латинского»?
Сорок лет слово за словом собирал он эту сокровищницу для живущих и грядущих поколений — и все пошло прахом, все погибло!