Алексей Иванович узнал об этом деле одним из первых. 9 февраля 1928 года заместитель председателя ОГПУ Генрих Ягода (все еще ориентировавшийся на Рыкова) доложил ему о раскрытии мощной контрреволюционной организации, несколько лет орудовавшей в шахтоуправлениях Шахтинского района и в «Донугле». Он рассказал, что ее деятельность направлялась и велась на средства Польши и Германии и что в зарубежных банках на имя главных персонажей открыты счета со значительными суммами как вознаграждение за контрреволюционную деятельность в СССР. Первоначально акцент делался именно на враждебные действия немецких специалистов.
Наконец 10 марта советская пресса сообщила, что в индустриальном, пропахшем пылью городе Шахты, что в Донбасском горнопромышленном районе, в городе со старыми производственными традициями, доблестным органам ГПУ удалось раскрыть контрреволюционный заговор технических специалистов (граждан СССР и зарубежных инженеров и техников), сотрудничавших с иностранными разведками. Общество, еще не перекормленное такими делами, не сомневалось в профессионализме органов. Больше пятидесяти человек подпали под обвинения, многие из них почти сразу сознались. Один из немцев оказался связан с националистической (и явно антикоммунистической) организацией «Стальной шлем», действовавшей в Германии. Это косвенно бросало тень на политику Рыкова — главного куратора всех «специалистов», славившегося умеренной позицией и, соответственно, потерявшего бдительность. Конечно, в первых публикациях о Шахтинском деле фамилия председателя Совнаркома не звучала, но он принял это дело и его широкую пропагандистскую трактовку как вызов.
Молотов, Андреев, Ворошилов, Бубнов, Рыков и др. в президиуме 1920-е годы [РГАКФД]
Еще до этих публикаций, 5 марта, Шахтинское дело обсуждали на заседании Политбюро. Зазвучали обвинения самые широкие — по адресу не только выявленных врагов, но и потенциальных. Рыков, как мог, защищал беспартийных специалистов, говорил об их необходимости для экономики, стремился деполитизировать шпионскую историю, не превращать ее в образец для других предприятий и партийных организаций, которые готовы утроить бдительность, обнаруживая все новых и новых вредителей. Впрочем, Председатель Совнаркома отстаивал свои интересы, планы главы правительства. При этом он не подвергал сомнениям обвинения, звучавшие по адресу шахтинцев. Не отрицал, что здесь речь идет о диверсии. Просто высказывал опасения, что теперь всех старых и иностранных специалистов будут причесывать под одну гребенку, а это вредно в первую очередь для индустриализации. Его точка зрения стала в те дни еще ближе к позициям Бухарина и Томского. Это не могло не вызывать раздражения сталинской группы: получалось, что во власти действует некая «тройка», некая опасная спайка влиятельных лидеров. Постепенно стало ясно, что Шахтинское дело — это серьезный рубеж, после которого политическая жизнь пойдет по новому курсу и в более напряженном ритме. Для Сталина шпионский скандал с разоблачением несоветизированных спецов ложился лыком в строку в систему доказательств о необходимости великого перелома — как в экономике, так и в политике.
Но будем иметь в виду, что ситуация и расклад сил во власти были намного сложнее прямолинейных представлений о борьбе двух групп. Например, непосредственно по «Делу об экономической контрреволюции в Донбассе» Томский — профсоюзный лидер СССР — на записку Ворошилова «Миша, скажи откровенно, не вляпаемся мы при открытии суда в „Шахтинском деле“? Нет ли перегиба в этом деле местных работников, в частности краевого ОГПУ?» ответил однозначно: «По шахтинскому и вообще по угольному делу такой опасности нет. Это картина ясная. Главные персонажи в сознании. Мое отношение таково, что не мешало бы еще полдюжины коммунистов посадить». Бухарин вошел в комиссию (вместе с Молотовым, Сталиным и другими), которая разрабатывала идеологию дела, работала над формулировками, которые «пошли в народ». Рыков в этой комиссии не работал. Но и он не спорил с товарищами и не позволил себе публично усомниться в политической подоплеке дела. 11 апреля на объединенном Пленуме ЦК и ЦКК ВКП(б) Рыков — именно он — сделал доклад «О практических мероприятиях по ликвидации недостатков, обнаруженных в связи с шахтинским делом», по которому партийный ареопаг и принял руководящую резолюцию. Рыков тогда заявил: «Полностью подтверждена связь всех этих „деятелей“ с польской разведкой, причем интересно, что они рассчитывали создать в результате вредительской работы кризис топливного хозяйства Союза к моменту завершения реорганизации польской армии, приблизительно к 1929–1931 гг.». Грозное заявление, вполне в духе тех, кто хотел «завинчивать гайки». Впрочем, Алексей Иванович выступал в своеём стиле — со множеством оговорок, как политический гроссмейстер, возможно, несколько заигравшийся: «Вообще говоря, политическая партия должна подчинять те или иные процессы вопросам политики, а вовсе не руководствоваться абстрактным принципом наказания виновных по справедливости. Если нам выгодно, то можно, конечно, и заведомых жуликов оставить на свободе. Ничего преступного с точки зрения интересов рабочего класса в этом нет».