9 апреля 1941 г. на заседании Политбюро ЦК ВКП (б) было принято Постановление ЦК ВКП (б) и СНК СССР «Об авариях и катастрофах в авиации Красной Армии», в соответствии с которым П. Рычагов снимался со своего поста, «как недисциплинированный и не справившийся с обязанностью руководителя ВВС», а начальник отделения оперативных перелетов штаба ВВС РККА полковник В.М. Миронов — предавался суду «за явно преступное распоряжение, нарушающее элементарные правила летной службы».[71] Затем последовали аресты. Они продолжались с апреля по июль 1941 года. Одними из первых подверглись арестам начальники управлений ВВС РККА диввоенинженер И.Ф. Сакриер (21 апреля), военные инженеры 1 ранга П. Никонов (арестован 22 апреля), Г. Михно (арестован 27 апреля), начальник 4 отдела НИИ ВВС РККА комбриг А. Залевский (арестован 8 мая, по другим данным — 18 мая)[72] и другие.
Затем пришла очередь фигур более крупного калибра. 10 мая 1941 г. в связи с неудовлетворительной боевой подготовкой Политбюро ЦК ВКП (б) приняло решения о командующих ВВС Московского и Орловского военных округов Герое Советского Союза генерал-лейтенанте авиации П. Пумпуре и генерал-майоре авиации П. Котове.[73] Генералы были сняты с должностей. 27 мая 1941 г., уже после события, о котором мы скажем чуть позже, Политбюро вновь вернулось к вопросу о Пумпуре, обвинив его в неправильном подборе кадров и протаскивании на должность своего помощника Героя Советского Союза генерал-майора авиации Э. Шахта, который «не может пользоваться доверием и является подозрительным человеком». Шахт был арестован 30 мая 1941 г.,[74] Пумпур — на следующий день.
4 июня 1941 г. начальник Управления кадров ВВС В.П. Белов был лишен звания генерал-майор авиации «за нарушение порядка в подборе кадров и протаскивание на руководящие посты… непроверенных и политически сомнительных людей».
Генерала А. Филина,[75] арестованного 23 мая 1941 г. обвинили в том, что он «засорил НИИ ВВС рядом непригодных как в деловом, так и политическом отношении работников». В секретном постановлении Политбюро по этому вопросу отмечалось, что «Филин должен быть привлечен к судебной ответственности за то, что он своими действиями как руководитель НИИ тормозил и срывал дело вооружения ВВС и тем самым нанес ущерб делу обороны страны».
Генерал-майора авиации А. Левина, длительное время возглавлявшего Управление военно-учебных заведений ВВС, перевели на должность заместителя командующего ВВС Ленинградского военного округа и 7 июня (по другим данным — 9 июня) 1941 г. арестовали, поскольку, работая с «врагами народа», он не разоблачил их. В этот же день арестовали начальника Курсов усовершенствования командного состава ВВС комбрига И. Черния и генерал-полковника Г. Штерна. На постановлении об аресте последнего первый заместитель наркома обороны СССР маршал С. Буденный наложил резолюцию о своем согласии на арест.[76] К постановлению прилагалась справка, датированная мартом 1941 г. В ней утверждалось, что Штерн еще «в 1918 г. на Украине во время гетьманщины был связан с левыми эсерами и в 1924–1925 гг. примыкал к троцкизму». В последующие годы, как свидетельствовали оперативные материалы, Штерн стал центральной фигурой антисоветского троцкистского заговора, что подкреплялось выдержками из показаний ранее репрессированных военачальников Якира, Белова, Примакова, Урицкого и других. Аналогичное досье завели практически на всех военных авиаторов высшего эшелона.
Одного из первых довоенных дважды Героев Советского Союза генерала-лейтенанта авиации[77] Я. Смушкевича, обвиненного в связях с «врагом народа Уборевичем», арестовали 8 июня. К нему даже враги относились с уважением,[78] а родные чекисты «взяли» прямо в госпитале, где он лежал с переломами ног после авиапроисшествия. Дважды Героя вынесли из госпиталя на носилках. И на тех же на носилках тащили к месту расстрела.
На тюремных нарах оказались перед самой войной заместитель начальника штаба ВВС РККА генерал-майор авиации П. Юсупов (арестован 17 июня),[79] начальник Главного управления авиационного снабжения РККА, а затем заместитель командующего ВВС ПриВО генерал-лейтенант авиации П. Алексеев (арестован — 19 июня), командующий ВВС Дальневосточного фронта генерал-лейтенант авиации К. Гусев (арестован 17 июня), командир авиадивизии Ленинградского военного округа комбриг А. Орловский (арестован — 12 июня), помощник главного инспектора ВВС РККА комдив Н. Васильченко (арестован 1 июня), руководители управлений ВВС РККА военные инженеры 1 ранга С. Онисько и В. Цилов (арестованы 6 июня) и ряд других военачальников.