Суд состоялся 2–3 декабря 1939 года. Приговором военного трибунала Ленинградского военного округа А. Лизюков был оправдан.
После выхода на свободу его назначили преподавателем Военной академии механизации и моторизации РККА. А с началом войны полковник Лизюков стал заместителем командира 36-й танковой дивизии…
Писатель К. Симонов встречался с Лизюковым в первые дни войны и правдиво написал о том, как геройски действовал в боевой обстановке этот мужественный человек. В отличие от некоторых других командиров, оказавшихся в самом пекле, он не дрогнул перед всесокрушающей мощью наступающего врага, не паниковал, не был растерян. Полковник занимался своим делом — энергично наводил порядок в отступающих к г. Борисову частях. Своим мужеством и распорядительностью он спас тогда немало людей и боевой техники.
В наградном листе А.И. Лизюкова отмечалось: «С 26 июня по 8 июля 1941 года работал начальником штаба группы войск по обороне города Борисова. Несмотря на то, что штаб пришлось сформировать из командиров, отставших от своих частей, в момент беспорядочного отхода подразделений от города Минск товарищ Лизюков проявил максимум энергии, настойчивости, инициативы. Буквально под непрерывной бомбежкой со стороны противника, не имея средств управления, товарищ Лизюков своей настойчивой работой обеспечил управление частями, лично проявил мужество и храбрость. Достоин представления к правительственной награде орденом Красного Знамени».
В конце июля — начале августа 1941 года полковник Лизюков проявил себя на Соловьевой переправе через Днепр. Очевидцы вспоминают, что на этой переправе творилось что-то невообразимое. И в этом кромешном аду, в течение почти двух недель, под непрерывными бомбежками и атаками врага, А. И. Лизюков со своим сводным, наспех сформированным отрядом, наводил порядок и обеспечивал переправу через Днепр отходивших от Смоленска войск 16-й и 20-й армий. Без сна и отдыха, почерневший от копоти и охрипший от крика.
Отличился А. Лизюков и в оборонительных боях за столицу. В этих боях покрыли свои знамена неувядаемой славой многие части и соединения. Но в первую очередь выделяют три дивизии, оказавшие упорное, героическое сопротивление врагу: 316-ю стрелковую дивизию генерал-майора И. В. Панфилова, отличившуюся в боях у Волоколамска; 32-ю стрелковую дивизию полковника В. И. Полосухина, державшую оборону на Бородинском поле и 1-ю Московскую мотострелковую дивизию полковника А. И. Лизюкова, остановившую противника у г. Наро-Фоминска. 18 сентября 1941 г. эта дивизия одной из первых была преобразована в гвардейскую. Сейчас в этих местах на берегу Нары мемориальный комплекс: могила Неизвестного солдата, вечный огонь, танк на гранитном постаменте. И надпись на надгробии — «Люди, пока бьются ваши сердца, помните, какой ценой завоевано счастье!».
Лизюков погиб позже, приняв под свое начало только сформированную 5-ю танковую армию. Об обстоятельствах гибели храброго танкиста К. Симонов написал следующее: «Полковник Лизюков, на моих глазах наводивший порядок под Борисовом, погиб через тринадцать месяцев после этого, в июле 1942 года, в районе Большой Верейки,[128] в сорока километрах северо-западнее Воронежа, в должности командующего только что сформированной танковой армии. Он погиб в тяжелых и неудачных для нас боях, пытаясь ударом во фланг остановить наступление немцев и облегчить наше положение на Воронежском направлении.
Его гибель носит на себе трагический отпечаток и произошла при обстоятельствах, не до конца известных».[129]
О причинах неудачи, постигшей 5-ю танковую армию, и о самом Лизюкове, маршал А. Василевский довольно подробно рассказал в своих мемуарах:
«Тех сил и средств, которыми он (Брянский фронт — авт.) располагал, было достаточно не только для того, чтобы отразить начавшееся наступление врага на курско-воронежском направлении, но и вообще разбить действовавшие здесь войска Вейхса. И если, к сожалению, этого не произошло, то только потому, что командование фронта не сумело своевременно организовать массированный удар по флангам основной группировки противника, а Ставка и Генеральный штаб, по-видимому, ему в этом плохо помогали…
К исходу 2 июля обстановка на воронежском направлении резко ухудшилась. Оборона на стыке Брянского и Юго-Западного фронтов оказалась прорванной на глубину до 80 км. Фронтовые резервы, имевшиеся на этом направлении, были втянуты в сражение. Ударная группировка врага грозила прорваться к Дону и захватить Воронеж. Чтобы помешать этому, Ставка передала из своего резерва командующему Брянским фронтом генерал-лейтенанту Ф. И. Голикову две общевойсковые армии, приказав развернуть их по правому берегу Дона на участке Задонск — Павловск и обязав Голикова взять на себя руководство боевыми действиями в районе Воронежа. Одновременно в распоряжение этого фронта передавали 5-ю танковую армию. Вместе с танковыми соединениями фронта она должна была нанести контрудар по флангу и тылу группировки немецко-фашистских войск, наступавшей на Воронеж.