Гьялсе Тхогме удалился в затвор в Нгулчу в возрасте сорока двух. Он оставался в нём до шестидесяти пяти, посвящая себя углублённой духовной практике и проявляя телом равно как речью и умом знаки совершенства. До конца своей жизни он редко ложился, а вместо этого сидел в ваджрной позе день и ночь. При этом его здоровье не страдало и его лицо всегда выглядело юным и сияющим.
Его внутреннее постижение проявлялось во многих чудесах и проявлениях сверхспособностей. Однажды, когда он с немногочисленными спутниками был на пути к Владыке Сонаму Тракпа, они подошли к сухому, пустынному месту, Шангда.
«Давайте перекусим здесь». – предложил он.
Его спутники возразили: «Здесь же нет воды».
Но Тхогме ответил: «Идите и собирите немного хвороста. А я позабочусь о воде».
Когда они вернулись, то обнаружили, что Тхогме сделал углубление в песке. И оно было полно воды. После еды вода еще была там, но уже через небольшое время – не осталось и следа..
В другой раз, когда он давал посвящение Амитаюса, Будды Долголетия, его лицо для некоторых представилось ослепительно белым как снежная вершина. В течение призывания благословения его лицо стало оранжево-красным, а во время изгнания препятствий – темно-красным и гневным, а волосы стали дыбом.
В другой раз его особенно преданные ученики увидели его как Одиннадцатиликого Авлокитешвару, Будду Сострадания.
Однажды, когда армия Центрального Тибета подходила к Нгулчу, Гьялсе Тхогме сказал всем жителям, что надо бежать. Но они не хотели слушать. Так как в последний раз победили северяне и ничего не плохого не произошло, то и в этот раз беспокоиться нечего.
Тхогме настаивал. «На этот раз вам надо бежать!» - сказал он.
Но они все равно не послушались. Северяне потерпели поражение и, когда армия Центрального Тибета вторглась в Нгулчу, все запаниковали и собрались вокруг Тхогме.
Также как пять ракшасов не могли причинить никому вреда в царстве Царя «Сила Любви», так и безжалостные солдаты, когда они вбежали, размахивая своими окровавленными мечами и пиками, только взглянув на лицо Владыки Дхармы, потеряли свою ненависть и исполнились веры. Простершись пред ним, они просили о защитных шнурах. Они хотели его благословения, но не осмеливались подойти.
«Мы – злые люди» – сказали они – «Мы можем тебя осквернить».
«Я с этим управлюсь» - ответил Гьялсе Тхогме и дал им свое благословение.
Некоторые не могли сдержать слёз и рыдали, раскаявшись до глубины души, принеся ему своё раскаяние. Все обрели сильную веру в его предвиденье и силу его благословения.
Не прилагая усилий он мог брать на себя болезни других, как случалось в нескольких случаях – в особенности, когда болели Будон Ринпоче и, Кхенчен Чангце.
У Гьялсе Тхогме были бесчисленные видения божеств таких как Тара и Авалокитешвара и других Будд и Бодхисаттв. От них он выслушивал Дхарму. Так же говорят, что он, как с людьми, беседовал и получал Учения от изображений Кацарпани в Несаре и Одинадцатликого Авалокитешвары в Чаго Шонг.
Он проводил дни и ночи, всем своим существом проникнувшись состраданием. Порой он выглядел слабеющим. Но в это время у него были видения Чистых Земель, где он делал подношения Буддам и приносил благо бесчисленным живым существам.
Полностью духовно созревший, он без труда приводил к созреванию других. Люди, лишь раз его встретивши, обретали веру, отречение, любовь и сострадание; и развивали бодхичитту – устремление привести всех существ к Пробуждению. Для тех же, кто оставался с ним надолго, и эффект был намного глубже и весомее.
Сверх того, его любовь к живым существам была такова, что он никогда не обращал внимания на испытания, физические лишения и даже угрозу жизни, если это могло принести хоть малейшую пользу другим.
Однажды, когда Гьялсе Тхогме было шестнадцать, один человек, помогавший ему материально, попросил сходить его в Сакья по некоему важному делу и на следующий день вернуться. На полпути в Сакья в пустынной долине молодой Тхогме наткнулся на умирающую от истощения суку. Она уже готова была съесть собственных щенков. Он почувствовал огромную жалость и, подумав как им помочь, решил отнести их обратно в Е, свой монастырь. А затем идти всю ночь, чтобы наверстать упущенное время. Так он и сделал, неся собак на своей спине. Это было очень тяжело. В конце концов он достиг Е и устроил собак там. И прежде чем вновь отправиться в путешествие, он решил глотнуть воды. И так случилось, что он наткнулся на человека, пославшего его в путь.