Верхняя Австрия находилась тогда под управлением баварского наместника Герберсдорфа; повсюду хозяйничали баварские солдаты. В одной деревне у них произошла стычка с крестьянами ударил набат, передавая (сигнал сбора из деревни в деревню, и вся область вспыхнула, как сухой костер. Герберсдорф двинулся для усмирения мятежа с тысячей солдат, ведя с собой палача, но ему навстречу выступили 16 тыс. крестьян, и, потеряв в бою половину солдат и три пушки, он принужден был укрыться в главном городе Верхней Австрии Линце и предложить крестьянам мирные переговоры. Они отказались, выдвинули талантливого вождя Стефана Фадингера, сорганизовались в настоящую армию, на знамени которой были начертаны слова: «Дело идет о спасении и о жизни; дай нам, боже, смелость героев!» Особым манифестом Фадингер объявил войну всем дворянам и чиновникам, которые не подчиняются восставшим крестьянам. Были разгромлены многие замки и монастыри; армия восставших, скоро достигшая 60 тыс. человек, захватила почти все верхнеавстрийские города. В Чехию, Нижнюю Австрию, Штирию были посланы революционные эмиссары поднимать там восстание против князей и императора. Фердинанд II в конце концов послал к крестьянам посредников. Но, арестовав их в качестве заложников, восставшие сами направили депутатов в Вену для мирных переговоров и изложения своих требований. Они потребовали отмены новых налогов и барщин, удаления баварцев из Австрии, свободы вероисповедания, введения сословного представительства от крестьян и полной амнистии. Однако, узнав, что император отказался лично принять депутатов, поручив это канцлеру, Фадингер отозвал их и возобновил военные действия. Герберсдорф был осажден и отрезан крестьянской армией в Линце, где уже царили голод и эпидемии, а часть жителей готова была открыть ворота осаждавшим, когда обстановка несколько изменилась благодаря, с одной стороны, гибели Фадингера и замене его менее способным руководителем из дворян, с другой — прибытию войск с артиллерией из Нижней Австрии и от Максимилиана Баварского.
Дважды штурмовали крестьяне Линц и дважды были отбиты от городских стен, потеряв несчетное множество убитыми, обваренными кипящей смолой, обгоревшими от подожженных Герберсдорфом фашин, которыми они завалили рвы. После этого почти трехмесячная блокада Линца была снята и обессиленные крестьяне согласились на перемирие.
Движение уже шло на убыль и затухало, когда осенью того же, 1626 г. в Верхней Австрии появилось войско герцога Голштинского, двигавшееся в действующую армию на помощь Тилли, но остановившееся тут, может быть по просьбе баварского наместника, для наказания крестьян. Но войско герцога Голштинского, захваченное врасплох, было разбито крестьянами, сам он едва спасся бегством. Восстание запылало с новой силой. Крестьяне, уже в большинстве сдавшие оружие по условию перемирия, обзавелись новым, для борьбы с конницей были, в частности, изготовлены особые длинные шесты с косой и множеством шипов на конце, которыми крестьяне орудовали группами по шесть — восемь человек. Максимилиан Баварский поспешил прислать новый отряд, но и он был разгромлен крестьянами. И только одному из видных немецких полководцев эпохи Тридцатилетней войны, Паппенхейму, объединившему имперские и баварские военные силы (общей численностью более 8,5 тыс. человек), удалось наконец в ожесточенных сражениях разбить главные крестьянские силы. Остатки их бежали в соседние области, разнося с собою дух мятежа. Для наказания захваченных вождей в следующем, 1627 г. в Линце был устроен торжественный суд, на котором разыгралась любопытная ссора между судьями, назначенными императором Фердинандом II, и курфюрстом Максимилианом Баварским: баварцы требовали, чтобы имущество восставших было конфисковано в пользу Максимилиана Баварского, а имперские судьи возражали, что конфискация имущества полагается по закону только за оскорбление величества и, следовательно, вообще не может иметь места, если считать, что восстание было направлено не против императора, а против курфюрста. Многочисленные кровавые казни последовали в Линце только в марте — апреле 1627 г.