Оно каждый раз получало все новые жестокие удары, валившие его с ног. Как велика была сила сопротивления Чехии, видно из того, что только в 1627 г. император Фердинанд решился объявить недействительной хартию государственной независимости Чехии— «Грамоту величества» 1609 г. и приступить к превращению Чехии в простую провинцию австрийской монархии (введение в 1627 г. так называемого «Обновленного земского устройства»). Во многих районах Чехии (особенно центральных) население к концу Тридцатилетней войны сократилось на 50 %; этот процесс обезлюдения в основном совершился именно в первое десятилетие войны. Усмирители сочетали террор и опустошение Чехии с онемечиванием оставшегося населения, лишением его права даже на национальные обычаи и обряды, на славянскую письменность. Ставились всевозможные препятствия изданию книг на чешском языке, уничтожались памятники национальной чешской культуры, вся «недозволенная» (антигабсбургская, антикатолическая) литература сжигалась. Чешский язык вытеснялся немецким. Протестантское богослужение уничтожалось методически в течение 1622 и 1623 гг. — сначала утраквистское, затем кальвинистское, наконец, лютеранское. В 1624 г. в Чехии было окончательно запрещено всякое богослужение, кроме католического. Непокорные эмигрировали из Чехии, оставшихся «обращала» в католицизм торжествующая разнузданная солдатчина. Несметные толпы монахов всех мастей — иезуиты, августинцы, доминиканцы, францисканцы, кармелиты, капуцины, варнавиты — рыскали по стране, проникали в каждый дом, вынюхивали дух Реформации и чешского патриотизма. Иезуиты шли во главе всех монахов, но солдаты шли впереди иезуитов. Один капуцин сказал позже папе Урбану VIII, когда иезуиты стали хвастать обращением всей Чехии в католицизм, что с такими солдатами, какие были у иезуитов в Чехии, он взялся бы обратить весь мир. Однако и для хода контрреформации в Чехии характерна заминка между 1624 и 1627 гг.: только в июле 1627 г., вместе с отменой «Грамоты величества», было издано окончательное предписание некатоликам панского, шляхетского и городского сословий покинуть пределы страны.
Чехия, осмелившаяся своими слабыми силами прикрыть мир от напора габсбургско-католической агрессии, испытала контрреформацию в наиболее тяжелых формах, но не была исключением. Примерно то же происходило и в других областях в 1622–1623 гг. и позже. Пфальц стал ареной ужасных оргий католической реакции в испанском стиле. В Моравии контрреформация была безжалостно и методично проведена немецким кардиналом Дитрихштейном. В Силезии, захваченной курфюрстом Саксонским, он выговорил было за свою поддержку императора сохранение остатков прав протестантов, но затем не сумел охранить эти права, и силезские протестанты подверглись жестоким религиозным гонениям. В Австрии Фердинанд II, опираясь на баварского наместника Герберсдорфа, осуществил «обращение» населения в католицизм в обратном порядке, чем некогда в Штирии: в первую очередь было предписано обратиться или выехать из пределов страны дворянам и горожанам, а крестьянам-протестантам была предоставлена отсрочка, ибо австрийское крестьянство было настроено грозно и его надо было изолировать от других классов; первый этап затянулся благодаря взяткам и вымогательствам чиновников, когда же дошло до второго этапа — в Австрии разразилась крестьянская война 1626 г.; контрреформация в Австрии завершилась только в 1628 г.