Давно уже эрцгерцоги австрийские, братья императора, взирали с молчаливым недовольством на упадок своей династии. Это последнее событие окончательно определило их решение. Эрцгерцог Матвей, второй сын Максимилиана, наместник Венгрии и вероятный наследник Рудольфа, взял на себя роль спасителя гибнущего дома Габсбургов. Соблазняемый обманчивой жаждой славы, этот принц ещё в юности, вопреки интересам своего дома, внял призыву нескольких нидерландских мятежников, призвавших его в своё отечество на защиту народных вольностей против его же родича, Филиппа II. В ответ на этот призыв Матвей, ошибочно приняв голос одной из политических партий за голос всего нидерландского народа, появился в Нидерландах. Но успех так же мало соответствовал желаниям брабантцев, как и его собственным ожиданиям, и он бесславно отказался от своего неразумного замысла. Тем почётнее было его новое появление на политической арене.
После того как многократные обращения Матвея к императору остались тщетными, он созвал эрцгерцогов, своих братьев и родичей, в Пресбург держать совет, что предпринять ввиду возрастающей опасности для их дома. Братья единогласно вверили ему, как старшему, защиту их наследия, расточаемого скудоумным братом. Всю свою власть и все свои права отдали они в руки этого старшего, дав ему неограниченные полномочия распоряжаться всем по своему усмотрению во имя общего блага. Матвей тотчас вступил в переговоры с Портой и венгерскими мятежниками, и благодаря его ловкости удалось заключением мира с турками сохранить остатки Венгрии, а соглашением с мятежниками — права Австрии на потерянные земли. Но Рудольф, столь же дороживший своей верховной властью, сколь вяло её защищавший, замедляет утверждение мира, в котором видит преступное покушение на свои державные права. Он обвиняет эрцгерцога в соглашении с врагом и в предательских расчётах на венгерскую корону.
Деятельность Матвея была менее всего свободна от своекорыстных намерений, но поведение императора ускорило выполнение этих намерений. Убеждённый в преданности благодарных венгров, которым он даровал недавно мир, убеждённый своими уполномоченными в верности дворянства и опираясь в самой Австрии на значительное число приверженцев, он решается более широко огласить свои замыслы и с оружием в руках выступить против императора. Австрийские и моравские протестанты, уже готовые к восстанию и соблазняемые свободой совести, обещанной эрцгерцогом, прямо и открыто принимают его сторону, и давно задуманный союз их с мятежными венграми осуществляется. Сразу образуется страшный заговор против императора. Слишком поздно решается он исправить свою ошибку; напрасно силится он расстроить этот пагубный союз. Уже все взялись за оружие. Венгрия, Австрия и Моравия принесли присягу Матвею, который уже находится на пути в Чехию, чтобы здесь настигнуть императора в его замке и сразу перерезать жизненный нерв его могущества.
Королевство Чешское было для Австрии не более спокойным владением, чем Венгрия, с той только разницей, что в Венгрии в основе распри лежали причины более политического, а в Чехии — более религиозного свойства. В Чехии за сто лет до Лютера загорелось впервые пламя религиозной войны, в Чехии спустя сто лет после Лютера вспыхнул пожар Тридцатилетней войны. Секта, созданная Иоганном Гусом, всё ещё жила с тех пор в Чехии, согласная с римской церковью в обрядах и вероучении, за исключением только вопроса о причастии, которое гуситы принимали под обоими видами; это право предоставлено было на Базельском соборе последователям Гуса особым договором (чешские компактаты), и хотя папы впоследствии не признавали его, гуситы продолжали всё-таки пользоваться им под охраной законов. Так как употребление чаши было единственным важным отличительным признаком этой секты, то приверженцы её были известны под именем утраквистов (принимающих причастие под обоими видами), и они охотно носили это имя, напоминавшее им дорогое для них право. Но под этим именем скрывалась также гораздо более крайняя секта чешских и моравских братьев, которые расходились с господствующей церковью в гораздо более существенных пунктах и имели много общего с немецкими протестантами. У тех и других немецкие и швейцарские вероисповедные новшества быстро возымели успех, а название утраквистов, под которым они всё ещё умело скрывали свои изменённые догматы, спасало их от преследований.
Собственно говоря, с настоящими утраквистами у них не было ничего общего, кроме названия: по существу они были подлинными протестантами. В твёрдой надежде на поддержку своих могущественных единоверцев и на терпимость императора, они решились в правление Максимилиана открыто выступить со своими истинными воззрениями. По примеру немцев они изложили своё вероучение, в котором как лютеране, так и реформаты усматривали большое сходство со своими верованиями, и потребовали, чтобы это новое вероучение получило все привилегии прежней утраквистской церкви. Эта просьба встретила сопротивление со стороны их католических сограждан, и они вынуждены были удовлетвориться одним лишь устным обещанием императора.
Пока был жив Максимилиан, их вероучение пользовалось полной свободой и в новом своём виде; при его преемниках дело изменилось. Был издан императорский указ, которым отменялась свобода вероисповедания для так называемых чешских братьев. «Чешские братья» ни в чём не отличались от остальных утраквистов; стало быть, суровый эдикт должен был быть распространён на всех чешских единоверцев. Поэтому все выступили в ландтаге против императорского повеления, но не имели возможности бороться с ним. Император и католические чины опирались на компактаты и на чешское земское право, где, разумеется, не было никаких оговорок в пользу религии, за которую тогда ещё не высказался голос народа. Но как много изменилось с тех пор! То, что было тогда лишь незначительной сектой, стало теперь господствующей церковью; и, разумеется, желание держать новую религию под гнётом старых узаконений было не чем иным, как злостной придиркой. Чешские протестанты ссылались на устное обещание Максимилиана и на религиозную свободу немцев, ниже которых они ни в чём не хотели стоять. Всё было напрасно: они получили отказ.
Таково было положение в Чехии, когда Матвей, уже властелин Венгрии, Австрии и Моравии, появился у Колина, чтобы возмутить и чешских чинов против императора. Положение последнего стало до крайности критическим. Покинутый прочими своими наследственными провинциями, он возлагал последнюю надежду на чехов, которые, как можно было с уверенностью предвидеть, не преминули бы воспользоваться его трудным положением для удовлетворения своих давних требований. После многолетнего промежутка он вновь появился на сейме в Праге; для того чтобы показать народу, что он действительно ещё жив, пришлось настежь открыть ставни всех окон дворцовой галереи, по которой он шествовал: лучшее свидетельство того, как обстояли его дела. Случилось то, чего он опасался: чешские чины, почувствовав свою силу, ни на что не соглашались, пока им полностью не обеспечат их сословные привилегии и религиозную свободу. Напрасны были попытки увернуться путём старых уловок; судьба императора была в руках чинов, и он вынужден был подчиниться необходимости. Но они добились его согласия только на все прочие свои требования; религиозные дела он отложил до ближайшего сейма.
Теперь чехи взялись за оружие для защиты императора, и кровавая усобица должна была вспыхнуть между двумя братьями. Однако Рудольф, который ничего так не боялся, как этой рабской зависимости от своих чинов, поспешил, не дожидаясь войны, покончить миром с эрцгерцогом, своим братом. По акту формального отречения он отдал ему всё, чего всё равно не мог получить обратно, — Австрию и королевство Венгерское, — и признал его своим наследником на чешском престоле.
Выйдя столь дорогой ценой из величайших затруднений, император тотчас же запутался снова. Религиозные дела чехов были отложены до ближайшего сейма; этот сейм был созван в 1609 году. Они потребовали той же свободы совести, что и при прежнем императоре, собственной консистории, передачи протестантам Пражской академии и разрешения выбирать из своей среды дефензоров, или защитников свободы. Ответ оставался всё тот же, ибо католическая сторона сковывала решимость робкого императора. Сколько ни возобновляли чины свои требования, сопровождая их угрозами, Рудольф упорно держался своего прежнего решения — не давать ничего сверх установленного старыми договорами. Сейм разошёлся, не добившись ничего, и чины, возмущённые императором, решили самовольно устроить съезд в Праге, чтобы помочь себе собственными силами.