Уцелевшие бежали через горы в Словакию.
В Ютландию против самого Торстенсона отправился генерал Галлас.
Заслуженный ветеран, ценимый более за свою преданность династии, чем за скромные военные способности, некогда служил под командою Валленштейна и отошел от него в критические январские дни 1634 г. Позже Галлас принимал деятельное участие в разгроме шведов при Нердлингене. Теперь он настолько спился, что почти утратил способность руководить войсками. Солдаты рассказывали, что однажды Галлас и Пикколомини просидели за вином два дня и ночь, не произнося ни слова, кроме: "Пей, Галлас!", "Пей, Пикколомини!"
Действия Галласа были медлительны и нерешительны. Придя с огромным опозданием в Ютландию, он вместо того, чтобы запереть там Торстенсона, выпустил его, едва не оказался сам взаперти, бросился отступать и, теряя тысячи людей отставшими и умершими, вернулся с жалкими остатками своей еще недавно столь многочисленной армии в Чехию.
Торстенсон снова отправился разорять наследственные владения Габсбургов, а имперцы и баварцы с трудом собрали еще одну армию, чтобы бросить ее навстречу шведам. Сам император прибыл в Прагу, поближе к театру военных действий, надеясь воодушевить своим присутствием свои войска. В церквах состоялись торжественные молебны.
Решительное сражение произошло в Южной Чехии, близ Табора, у деревни Янков, 6 марта 1645 г. С обеих сторон в сражении участвовало равное число солдат, но шведы имели подавляющее превосходство в артиллерии (60 орудий против 26). У католиков был перевес в кавалерии, которой командовал Верт.
Генералы имперцев и баварцев действовали врозь. Отчаянная атака конницы Верта была отражена шведами. Тем не менее католические войска сражались чрезвычайно упорно, пока, наконец, шведы не окружили их центр и не уничтожили его. 4000 человек, в том числе фельдмаршал Гетц, два полковника, погибли. 4000 сложили оружие. Путь на Вену был открыт.
Население Вены, которое сначала говорило о приближающихся шведах с пренебрежением, как о кучке мародеров, пришло в смятение. Жители массами бежали из города, и магистрат объявил о запрещении эвакуации для мужчин от 16 до 60 лет. Наспех созданное городское ополчение вместе с добровольческими отрядами молодежи вступило в бой с авангардными частями шведов. Торстенсон, наткнувшись на такое сопротивление, решил не задерживать себя затяжными боями на опустошенной местности и стал отходить в Моравию.
Собственно австрийские земли пострадали от войны гораздо меньше, чем другие части Империи. Металлургическая промышленность, работавшая на войну, процветала, а общая численность населения не только не сократилась, а даже несколько выросла. Однако после Янковской битвы эти земли оставались все время открытыми для неприятеля, любое колебание военного счастья Приводило его к стенам столицы Империи. Фердинанд III почувствовал, что затягивать мирные переговоры опасно.
В Моравии шведам не везло. Чтобы стать хозяевами Моравии, они должны были овладеть ее столицей Брно. Город, правда, не был готов к обороне. Его укрепления были не закончены, боеприпасов не хватало, численность гарнизона не достигала нормы. Сначала никто из офицеров императора не брался руководить обороной Брно. Тогда за дело взялся бывший шведский офицер Людовик де Суш. Бедный французский дворянин-гугенот из-под Ла Рошели, де Суш, не надеясь на карьеру при дворе французского короля, отправился искать счастья по свету. По-видимому, он решил, что у шведов, среди множества блестящих генералов, новичку труднее выдвинуться, чем среди вечно битых имперских полководцев. Во всяком случае, де Суш успел к 1645 г. уже зарекомендовать себя в боях против шведов и принял участие в Янковской битве.
Назначенный комендантом Брно, де Суш 26 марта заверил императора, что не капитулирует ни при каких обстоятельствах (надо иметь в виду, что шведы и не дали бы пощады перебежчику). Мобилизовав жителей, де Суш закончил сооружение городских укреплений прежде, чем появился шведский авангард. Еще через день, 4 мая, подошел сам Торстенсон с главными силами. В приказе войскам он поставил задачу: овладеть городом в течение трех дней, цитаделью - в течение восьми дней.
Де Суш резко отверг предложение сдаться, и шведы приступили к осадным работам. В штурмах и вылазках, в закладке мин и контрмин прошло не восемь дней, а четыре месяца. Осаждающим с каждой неделей становилось труднее добывать продовольствие и топливо в разоренных окрестностях Брно. Лето выпало на редкость холодное и дождливое. Солдаты, не имевшие подчас возможности обсушиться и поесть горячей пищи, жестоко страдали и заболевали. Осень обещала принести новые невзгоды.
Трансильванский союзник французов и шведов князь Ракоци, тревоживший Габсбургов с востока, получил этим летом грозное распоряжение турецкого султана оставить германского императора в покое. Венгерские войска стали покидать шведские позиции под Брно. 15 августа Торстенсон предпринял генеральный штурм и, потерпев снова неудачу, снял через пять дней осаду. Император тем временем произвел новый набор в свою армию, и в течение осени и зимы 1645-1646 гг. большая часть территории Чехии и Моравии снова перешла в его руки. Лишь в нескольких укрепленных пунктах Моравии остались шведские гарнизоны. Торстенсон отступил через Чехию на северо-запад, а в декабре 1645 г. усилившееся недомогание заставило его отказаться от командования. На его место был назначен Карл Густав Врангель.
В Вестфалии же не спешили. Назначенный на 25 марта 1642 г. мирный конгресс был отсрочен, и участники мирных переговоров стали съезжаться в Мюнстер и Оснабрюк только в начале 1643 г.
Целые месяцы ушли на обсуждение вопросов, имевших, казалось, весьма отдаленное отношение к условиям мирного договора: кто и в каком порядке будет выступать на конгрессе, какие почести приличествуют той или иной делегации и т. п. Оживленную дискуссию вызывали, например, такие вопросы: называть ли французского представителя герцога Лонгвиля высочеством, а представителей курфюрстов - превосходительствами. Затем начались долгие споры по поводу полномочий делегатов. Французы, несмотря на первоначальные возражения со стороны имперской делегации, настояли на том, чтобы на конгресс были допущены представители немецких князей и городов. Тем самым признавалась их самостоятельность и, в известной мере, равноправие по отношению к великим державам и даже к главе Империи.
4 декабря 1644 г. торжественно открылся конгресс в Мюнстере, где обсуждались взаимоотношения между Империей и Францией, а во второй половине 1645 г, - конгресс в Оснабрюке, занимавшийся шведско-германским вопросом. Делегаты, прибыв из разоренных войной стран и областей, где население умирало тысячами от голода, старались показной роскошью подчеркнуть, что ресурсы представляемых ими государств далеко не исчерпаны. Многочисленные свиты, богатые одежды, обилие драгоценностей, вино, бьющее из фонтанов, бычьи туши, зажаренные прямо на улицах для угощения каждого желающего, создавали нелепую и фантастическую в условиях 20-летней войны картину изобилия.
Переговоры продвигались крайне медленно. Каждый из участников пытался извлечь максимально возможную выгоду для себя, испробовать все варианты, все комбинации прежде, чем идти на соглашение по тому или иному вопросу. Между союзниками и даже между членами одной и той же делегации нередко вспыхивали раздоры. Например, среди шведских представителей сторонники королевы Христины, настаивавшей на прекращении войны и соглашавшейся на уступки, боролись с воинственными приверженцами канцлера Оксеншерны. Граф д'Аво, много лет осуществлявший политику Франции в Германии, не ладил с Сервиеном, ставленником Мазарини.
В декабре 1645 г. в Мюнстер прибыл первый министр императора граф Максимилиан Траутманнсдорф, взявший в свои руки руководство имперской делегацией. Бывший протестант и сторонник Валленштейна, он, несмотря на все это, пользовался полным доверием Фердинанда III. По общему признанию, Траутманнсдорф был самым выдающимся из дипломатов, принимавших участие в вестфальских переговорах. Соединявший твердую решимость с деликатностью в обращении, он осторожно и гибко, но в то же время последовательно и настойчиво старался ограничить аппетиты шведов и французов, умерить противоречивые претензии князей и отстоять, насколько возможно, притязания австрийской Габсбургской династии. При всем этом глава имперской делегации стремился не допустить срыва переговоров, так как был давно и глубоко убежден, что мир является жизненной необходимостью для Империи и Австрийского государства.