Всего за день до того конфедеративные государства Чехия, Лаузиц (Лужицы), Силезия и Моравия объявили недействительным избрание Фердинанда и отказались долее признавать его своим королем. Курфюрст Фридрих одним из первых услышал эту новость. Он лично не поехал во Франкфурт-на-Майне, но недоверчиво остался в Верхнем Пфальце близ чешской границы. Безмятежная уверенность, в которой он пребывал три недели, развеялась, и теперь он ворчливо писал жене, что мятежники свергли Фердинанда и теперь он не знает, что предпринять. Курфюрст поздновато засомневался; Христиан Анхальтский же не знал колебаний.
26 августа чехи наконец-то собрались, чтобы избрать себе нового короля. Из пяти заявленных кандидатов серьезно рассматривались только два – курфюрсты Саксонский и Пфальцский. Граф Шлик, стремясь склонить соотечественников к менее опасному варианту, призывал их выбрать Иоганна-Георга Саксонского. Курфюрст не проявил особого сочувствия к восстанию, однако его авторитетом и мудростью нельзя было пренебрегать; в случае опасности он, может быть, сумеет договориться с Фердинандом. Избрание Фридриха будет означать войну не на жизнь, а на смерть, и смерть может ожидать не Фердинанда, а Чехию. Сдержанные советы Шлика снова отмели; Габор Бетлен был уже в пути, а Фердинанд удачно находился далеко во Франкфурте-на-Майне, и экстремисты снова одержали верх. Фридриха избрали королем сто сорока шестью голосами против семи.
Два дня спустя, в атмосфере мрачных предчувствий, во Франкфурте-на-Майне состоялись выборы императора. Вести из Чехии еще не достигли Майна, но пчелы роились перед ратушей, и народ посчитал это дурным предзнаменованием, и, когда Фердинанд занял свое место среди курфюрстов в качестве короля Чехии, депутаты-мятежники запротестовали, и их пришлось утихомиривать, прежде чем заседание смогло продолжиться. На Фердинанде был новый, наспех сработанный венец, ибо исконная корона Чехии находилась в руках повстанцев.
Трое курфюрстов-католиков без колебаний отдали голоса за Фердинанда, так же поступил и представитель курфюрста Саксонского. У него не было иного выхода, ведь хозяин послал его во Франкфурт-на-Майне с таким обескураживающим напутствием: «Ничего путного из этого не выйдет, я знаю Фердинанда», но не назвал никого другого. Говорили, что курфюрст тогда был пьян; но он мог сказать то же самое и на трезвую голову. Представитель курфюрста Бранденбургского последовал общему примеру. Затем долго и утомительно разглагольствовал депутат курфюрста Пфальцского, который получил указание ни в коем случае не голосовать за Фердинанда. Забраковав семерых прочих кандидатов, таких же негодных, он отдал голос за герцога Баварского. Архиепископ Майнцский тактично указал, что герцог Баварский отказался от всех своих голосов в пользу Фердинанда. Депутату Пфальца не осталось ничего иного, кроме как отозвать свой голос и подать его за Фердинанда.
Затем Фердинанду вручили увесистый свод конституционных прав, которые каждый новый император обязывался защищать, и тот, бегло перелистав его, что не внушало никаких надежд на будущее, поднялся с таким несерьезным видом, как будто собирался не приносить присягу, а пуститься в пляс. Снаружи собралась огромная толпа, чтобы приветствовать нового императора, когда он по обычаю выйдет на балкон, но перед самым его появлением в толпу просочились слухи о новостях из Праги. Набирая силу, они переходили по возбужденному люду из уст в уста: в Чехии низложили Фердинанда. И пока взволнованный гомон становился все громче, наверху распахнулись огромные окна, и на балкон ступил Фердинанд собственной персоной – низложенный король Чехии, но бесповоротно избранный и приведенный к присяге император Священной Римской империи германской нации.