К этому времени флотилия насчитывала 23 бронекатера, 20 тральщиков, 13 сторожевых катеров, 10 катеров противовоздушной обороны, 26 полуглиссеров, одну 100-мм плавучую батарею, два зенитных артиллерийских дивизиона и другие отдельные сухопутные части и подразделения.
Значительную роль перед началом и в ходе операции «Багратион» должны были сыграть многочисленные партизанские отряды и соединения (1108 отрядов и 199 бригад), действовавшие на территории Белоруссии. На оккупированной врагом территории были целые зоны, находившиеся под контролем партизан: Полоцко-Лепельская, Бегомльско-Борисовская, Кличевская, Сененско-Оршанская, Ивенецко-Налибокская, Россонско-Освейская, Сурожская и др. В захваченных врагом городах и поселках действовала и целая армия подпольщиков, насчитывавшая около 70 000 человек.
Активные действия партизан вынудили командование группы армий «Центр» направить для борьбы с ними и охраны своих коммуникаций восемь охранных и учебно-полевых дивизий. Эти соединения были расположены в следующих районах: 281-я од – Полоцк, 201-я од – Лепель, 286-я од – Толочин, 221-я од – Вилейка, 203-я од – Давид-Городок, 52-я упд – Барановичи, 390-я упд – Столбцы, 391-я од – Глубокое. Кроме того, для этих целей было задействовано и значительное количество охранных и полицейских батальонов и тыловых подразделений группы армий «Центр», что было неоценимой помощью войскам Красной Армии, готовящимся перейти в наступление.
Учитывая многочисленность партизанских отрядов на территории Белоруссии, Ставка ВГК перед проведением операции «Багратион» поставила перед ними задачу дезорганизовать оперативный тыл войск группы армий «Центр», нарушив передислокацию имевшихся резервов. От партизан требовалось усилить разведывательную работу в тылу противника, постоянно докладывая в Москву получаемые данные о передвижении вражеских эшелонов с войсками и боевой техникой, о характере военных объектов и оборонительных сооружениях.
8 июня 1944 года узел связи ЦК КП(б)Б по радио передал зашифрованным текстом в партизанские бригады и отряды указание о проведении в ночь на 20 июня 1944 года одновременных диверсий на железнодорожных коммуникациях противника, одновременно разрушив и проводные средства связи. В дальнейшем предполагалось систематически воздействовать по этим коммуникациям, добиваясь полного срыва перевозок и нарушения управления германскими войсками.
Кроме так называемой «рельсовой войны» предусматривалось тесное взаимодействие между партизанами и наступавшими войсками Красной Армии, заключававшееся в совместных действиях по взлому обороны и захвате узлов и пунктов сопротивления противника. В интересах фронтов партизаны постоянно вели разведку расположения и передвижения вражеских войск, состояние их узлов обороны, передавая эти сведения на Большую землю.
В преддверии крупной наступательной операции в Белоруссии Генеральный штаб и Ставка приступили к значительному усилению силами и средствами всех четырех участвующих в ней фронтов. В строжайшей секретности в выжидательные районы запланированной операции уже с марта 1944 года начали прибывать все новые и новые соединения и части. Для проведения наступательных операций в близлежащих к фронтам районах шло сосредоточение больших сил артиллерийских соединений и частей РВГК. Только для проведения Бобруйской операции в лесах под Речицей с марта 1944 года находились 6-я артиллерийская дивизия, части 4-го артиллерийского корпуса прорыва, 122-я и 124-я гаубичные бригады БМ, 86-я тяжелая гаубичная бригада, несколько противотанковых бригад. Позднее эта группировка была усилена 12-й артиллерийской дивизией прорыва, 26-й артиллерийской дивизией, 3-й и 4-й артиллерийскими бригадами, имевшими на вооружении 100-мм пушки и 152-мм тяжелые гаубицы.
В районы, расположенные вблизи линии фронта, скрытно перемещались и танковые и механизированные корпуса и бригады, передаваемые в подчинение командующих фронтами и армиями. В состав 1-го Прибалтийского фронта был передан 1-й танковый корпус, 3-го Белорусского – 2-й гвардейский танковый, 3-й гвардейский механизированный и 3-й гвардейский кавалерийский корпуса. В подчинение командования 6-й гвардейской армии были дополнительно переданы 103-й стрелковый и 22-й гвардейский корпуса, 12-я артиллерийская и одна танковая бригады, зенитно-артиллерийская дивизия, несколько артиллерийских полков. Это позволило значительно увеличить ударную мощь объединения, в котором теперь насчитывалось 2485 орудий и минометов, 120 танков, 50 самоходных орудий, 160 зениток.