Оправдывая такой стиль руководства, Гусев писал: «Жесткие методы тов. Троцкого для эпохи партизанщины и недисциплинированности… были прежде всего целесообразны и необходимы. Уговором ничего нельзя было сделать, да и времени для этого не было».
По-иному оценивал деятельность Троцкого другой член РВСР К.Х. Данишевский, который писал в своих мемуарах: «Не помню, в какой из моих приездов в Москву из Арзамаса и свиданий с Владимиром Ильичем зашел разговор о Троцком и его роли на фронте. Я передавал общее недовольство фронтовых политработников партизанскими наскоками поездов Троцкого на тот или другой боевой участок. Недовольно было и командование, ибо часто при проездах и во время пребывания поездов Троцкого на фронте создавалось двоевластие, путались действия, планы, потому что Троцкий часто о своих распоряжениях и действиях не ставил в известность ни командование, ни Реввоенсовет.
Особенно это было отмечено под Свияжском. Пребывание Троцкого на этом фронтовом участке буквально внесло дезорганизацию в руководство операциями. Иногда приходилось выделять специальные части, чтобы защитить Троцкого или выручить его (как это имело место, когда белогвардейцы прорвались к Казанской железной дороге и заперли поезд Троцкого). При этом Троцкий пытался и непосредственно командовать. Все это вносило путаницу на фронте, нервировало и политработников, и командование».
Прорыв белых отрядов к бронепоезду Троцкого под Свияжском (о чем упоминал Данишевский) имел тяжкие последствия для многих красноармейцев. После того как войска противника, прорвавшиеся к бронепоезду, были отброшены, военный трибунал стал вершить суд над теми частями, которые не обеспечили обороны бронепоезда. В этом были обвинены необстрелянные солдаты 2-го Петроградского полка. Трибунал приговорил каждого десятого к расстрелу, в том числе коммунистов, командира и комиссара полка.
Троцкий постарался, чтобы этот расстрел послужил примером в назидание остальным, опубликовав по этому поводу приказ, в котором говорилось: «Солдаты Красной Армии не трусы и не подлецы. Они хотят сражаться за свободу рабочего класса. Если они отступают или плохо сражаются, то виновны в этом командиры и комиссары. Я издаю предупреждение: если какое-либо подразделение отступает без приказа, первым будет расстрелян комиссар, следующим – командир… Трусы, подлецы и предатели не избегнут пули – я это обещаю перед всей Красной Армией». В своих воспоминаниях Троцкий объяснял свои действия так: «К загнившей ране было приложено каленое железо».
Расстрелы на Восточном фронте совпали с началом «красного террора», который был провозглашен после покушения 30 августа 1918 года эсерки Фанни Каплан на жизнь Ленина и убийства председателя Петроградского ЧК Урицкого эсером А. Канегиссером. В Петрограде и Москве были расстреляны сотни видных деятелей царского строя, включая ряд бывших министров. Но еще раньше, за несколько дней до начала «красного террора», в Екатеринбурге был расстрелян Николай II вместе со своей семьей. Поскольку до этого Троцкий собирался стать государственным обвинителем на процессе против Николая II, Дейчер, комментируя расстрел в Екатеринбурге, лишь сожалел о том, что «мир был лишен зрелища драматичного процесса, в котором Троцкий и царь стояли бы лицом к лицу».
Узнав о покушении на Ленина, Троцкий тут же выехал в Москву. Троцкий мог убедиться в том, что, несмотря на серьезное ранение, жизнь Ленина вне опасности, стало быть, никаких изменений в руководстве страны не будет. За несколько дней пребывания в Москве он добился решения о создании Реввоенсовета Республики (РВСР) – новой структуры, сильно укреплявшей позиции наркома по военным делам. (Официально об этом было объявлено 6 сентября 1918 года). А 4 сентября 1918 года было объявлено об учреждении поста Главнокомандующего вооруженными силами Республики. Им был назначен И.И. Вацетис, с которым Л.Д. Троцкий сблизился в дни подготовки наступления на Казань.
После доклада 2 сентября на заседании ВЦИК о положении на Восточном фронте Троцкий вернулся в бронепоезде в Свияжск, где принял участие в подготовке штурма Казани. Впервые после 1552 года войско московского правительства, подвергнув Казань, как и 366 лет назад, продолжительному артобстрелу, 10 сентября 1918 года захватило город, выбив из него 4 тысячи чехословаков и белых, которые при отступлении бросили два бронепоезда и 12 орудий, но захватили с собой золотой запас России.
Троцкий категорически отказался удовлетворить просьбу Ленина и дать делегации Международного Красного Креста разрешение посетить Казань. Он не хотел, чтобы делегация увидела последствия артиллерийского обстрела «буржуазного квартала» Казани. Возможно, он не желал пускать лишних свидетелей в город, где вскоре стал издаваться журнал «Красный террор» с использованием материалов об опыте искоренения контрреволюции в Казани.
Вступление Красной Армии на территорию, до этого занятую белыми, сопровождалось жестокими мерами по борьбе со сторонниками прежней власти. Жертвами репрессий нередко становились мирные жители, огульно обвиненные в пособничестве белым.
Так, запугивая донских казаков в своем приказе от 10 декабря 1918 года, Троцкий писал: «Последнее вам предупреждение, казаки! Преступление Краснова и его союзников ожесточили сердца рабочих и крестьян. Ненависть к Краснову нередко переносится на казаков вообще. Все чаще раздаются голоса рабочих и крестьян: «Нужно истребить всех казаков, тогда наступит мир и спокойствие в южной России!» Это, конечно, неверно и несправедливо. Но чем дольше будут казаки оставаться слепым орудием в руках Краснова, тем суровее будут расправляться с ними солдаты Красной Армии».
Население Дона вскоре узнало на собственном опыте, что означали эти угрозы, в ходе осуществления так называемого расказачивания. 24 января 1919 года Я.М. Свердлов, Н.Н. Крестинский и М.Ф. Владимирский подготовили циркулярное письмо ЦК, в котором говорилось: «Необходимо, учитывая опыт Гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления». Как подчеркивают В. Краснов и В. Дайнес, «авторы письма требовали «провести массовый террор… против богатых казаков» и «беспощадный массовый террор по отношению ко всем вообще казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью». Предписывалось конфисковывать хлеб, переселить «пришлую бедноту» на казачьи земли, уравнять пришлых «иногородних» с казаками в земельном отношении, провести полное разоружение, расстреливая каждого у кого будет обнаружено оружие после указанного срока сдачи». Говоря о «расказачивании», Краснов и Дайнес писали: «Днем и ночью на территории Донской области, занятой частями Красной Армии, работала карательная машина, отправляя на тот свет по 40—60 человек в сутки».
Впрочем, подобные массовые репрессии обрушивались и на население территорий, обвиненное в поддержке Советской власти после вступления туда белых армий. Не менее тяжелые испытания выпадали и на долю тех, кто оказывался в зоне безвластия или под контролем «зеленых» банд или всевозможных местных правителей. Бедствия населения страны продолжались по мере продолжения братоубийственной войны.
Троцкий постарался создать впечатление, что победа под Казанью была эпохальным событием, но взятие красными войсками этого города на Волге не привело к перелому в Гражданской войне. Правда, отсутствие значительных контрреволюционных сил на Восточном фронте позволило Красной Армии развернуть наступление, но уже в ноябре 1918 года белые армии возобновили наступление на Восточном фронте более внушительными силами. Численность наступавших армий под командованием Колчака составляла 143 тысячи человек и у них было 210 орудий. Им противостояли войска красного Восточного фронта, насчитывавшие 100 тысяч человек и имевшие 334 орудия. Это примерно соответствовало численности противостоящих группировок в сражении 1905 г. под Ляояном (152 тысячи у русской армии и 130 тысяч у японской) при ином соотношении орудий (606 – у русских, 508 – у японцев). И все же, несмотря на возросшую, по сравнению с боями под Казанью, численность противоборствующих войск, следует учесть, что длина фронта под Ляояном составляла 60 километров, а Восточный фронт растянулся на 1400 километров.