Стратегическое значение Царицына не уступало, а пожалуй, и превосходило значение Казани. Ведь падение Царицына отрезало бы центральную Россию от последних источников хлеба и других продовольственных продуктов. Именно с целью обеспечить центр России питанием в этот город был направлен из Москвы И.В. Сталин. Кроме того, падение Царицына позволило бы белым с юга соединиться с белыми отрядами на востоке.
И.В. Сталин, которому было поручено осуществлять контроль за Южным фронтом от ЦК, К.Е. Ворошилов, командующий 10-й армией, оборонявшей Царицын, член РВС Южного фронта С.К. Минин прилагали усилия для того, чтобы остановить белые армии. Прибыв на Южный фронт в своем бронепоезде в разгар напряженных боев, Троцкий попытался, как и в Свияжске, командовать боевыми операциями, но получил отпор. Дело в том, что на Юге он имел дело не с частями, подобными тем, которые спешно формировал И.И. Вацетис летом 1918 года на Волге, а сложившимися военными организациями. Масштаб операций был также более крупным. Наконец, на Южном фронте присутствовал Сталин, который, будучи членом бюро ЦК партии и «внутреннего кабинета», мог противостоять действиям Троцкого. Как отмечал Дейчер, «Ворошилов отказывался реорганизовать свои войска в соответствии с порядком, установленным Троцким». Позицию Ворошилова поддержал Сталин.
Это было время самых напряженных боев на царицынском направлении. Изменения в руководстве, а тем более привлечение к трибуналу командования (на чем настаивал Троцкий), могло бы иметь катастрофические последствия для судьбы фронта.
В своей телеграмме Ленину от 3 октября 1918 года Сталин характеризовал «телеграфный приказ Троцкого» как документ, «написанный человеком, не имеющим никакого представления о Южном фронте». Сталин заявлял, что «выполнение приказов Троцкого считаем преступным» и требовал «обсудить в ЦК партии вопрос о поведении Троцкого, …о недопустимости издания Троцким единоличных приказов, совершенно не считающихся с условиями места и времени и грозящих фронту развалом».
В своем письме Ленину, направленном в тот же день, Сталин напоминал о том, что Троцкий чужак среди большевиков. Он писал: «Я уже не говорю о том, что Троцкий, вчера только вступивший в партию, старается учить меня партийной дисциплине, забыв, очевидно, что партийная дисциплина выражается не в формальных приказах, но прежде всего в классовых интересах пролетариата».
В свою очередь Троцкий настаивал на отзыве Сталина из Царицына в своей телеграмме Ленину от 4 октября. Одновременно он угрожал отдать Ворошилова и Минина под суд. Сталин был вынужден покинуть Царицын в разгар тяжелых боев S октября, но, оказавшись в Москве, получил поддержку со стороны Ленина. В результате 8 октября Сталин был введен в состав Реввоенсовета Республики. Об ослаблении позиций Троцкого в руководстве военными делами свидетельствовало и создание 30 ноября 1918 года Совета рабочей и крестьянской обороны, во главе которого встал В.И. Ленин. Троцкий вошел в состав этого Совета лишь в качестве одного из его членов, наряду со Сталиным, а также с наркомом путей сообщения В.И. Невским, замнаркома продовольствия Н.П. Брюхановым, председателем Чрезвычайной комиссии по снабжению Красной Армии Л.Н. Красиным.
Но Троцкий не прекратил борьбу против «царицынцев». В докладе на съезде Советов, посвященном первой годовщине Октября, Троцкий, по словам Дейчера, «не жалел черной краски для того, чтобы описать состояние 10-й армии». Казалось, что источником всех бед республики были 10-я армий и ее руководство. Разумеется, Царицынский фронт имел свои недостатки в организации, в том числе и порожденные самомнением «красных командиров». Однако вряд ли было бы справедливым столь низко оценивать действия армий, которые до сих пор успешно удерживали оборону города, игравшего ключевую роль в снабжении Центральной России хлебом. Преувеличение грехов «царицынцев» было необходимо Троцкому, чтобы подавить нараставшее сопротивление в Красной Армии его методам руководства.
Недовольство деятельностью Троцкого на посту руководителя Красной Армии привело к созданию «военной оппозиции», которая объединила людей, выступавших против курса Предреввоенсовета по самым разным причинам, а потому носила рыхлый и противоречивый характер. Один из ее лидеров, В.М. Смирнов, отстаивал принципы коллегиальности, характерные для партизанского стиля боевых действий. Активную роль в «военной оппозиции» играли «царицынцы» (Ворошилов и Минин), осуждавшие практику «чрезмерного» использования военных специалистов.
В статьях В.Г. Сорина «Командиры и комиссары в действующей армии» и «царицынца» А. Каменского «Давно пора», опубликованных в «Правде» в ноябре – декабре 1918 года, оспаривался курс на активное привлечение военных специалистов на командные посты. Публикация этих статей в «Правде» свидетельствовала о поддержке главным редактором этой газеты Н.И. Бухариным и другими бывшими «левыми коммунистами» критического отношения к использованию военных специалистов. Против Троцкого выступили член ЦК И.Г. Смилга и руководитель военного отдела ЦК М.М. Лашевич, распространившие письмо к членам ЦК, в котором выражалось возмущение расстрелами комиссаров и командиров по приказу Троцкого.
Троцкий вынужден был объяснять свои действия в специальном письме членам ЦК. Он доказывал справедливость своих приказов о расстрелах. Особо Троцкий остановился на системе использования родственников военных специалистов в качестве заложников. Он объяснял, что «в соответствии с его приказом комиссары должны иметь список семей офицеров для того, чтобы те знали, что, если они изменят, их родственники подвергнутся преследованиям». Когда один из военспецов перешел к белым, то выяснилось, что «комиссары не позаботились приготовить списки своих семей». Тогда Троцкий написал, что «коммунистов, виновных в такой беспечности, следует расстреливать». Троцкий не отрицал этого высказывания и не отказывался от своих слов. Он лишь пояснял, что, предлагая новые расстрелы, он не имел в виду лично Смилгу и Лашевича.
Несмотря на попытки Троцкого ослабить накал выступлений против его политики, «военная оппозиция» подготовила свою платформу (тезисы доклада В.М. Смирнова) к очередному VIII съезду партии. Выступление видных деятелей партии и военных командиров против руководства вооруженных сил в разгар Гражданской войны перед началом активного наступления белых армий грозило крупными внутриполитическими потрясениями для партии и страны. К тому же накануне открытия съезда скоропостижно скончался председатель ВЦИК Я.М. Свердлов. Бюро ЦК партии теперь состояло из трех человек (Ленин, Сталин, Троцкий), двое из которых придерживались крайне противоположных взглядов по отношению к «царицынской» группе, стоявшей в авангарде «военной оппозиции».
Не исключено, что не без участия Ленина были приняты меры для «локализации» внутрипартийного конфликта. На первых порах было предложено, чтобы военные руководители (многие из которых входили в «военную оппозицию») не покидали фронта на время съезда. Однако это предложение вызвало бурное недовольство. Тогда за два дня до начала съезда Троцкий по решению ЦК выехал на Восточный фронт. Позже он с негодованием писал, что «Сталины и Ворошиловы рассказывали недавно, будто я не решился даже появиться на VIII съезд, чтобы не выслушивать критики. Как это чудовищно далеко от того, что было на самом деле». Троцкий приводил выписку из протокола заседания ЦК РКП(б) от 16 марта 1919 года: «Тов. Троцкий протестует против толкования распоряжений ЦК как «трюка» и указывает на крайне серьезное положение в связи с наступлением от Уфы и далее на запад, и настаивает на своем отъезде». В своей постановляющей части протокол фиксировал решение: «Тов. Троцкому немедленно ехать на фронт».
Хотя это и не следует из текста протокола, но не исключено, что Троцкий был вынужден покинуть Москву за день до открытия съезда, чтобы не обострять конфликта. Видимо, это было обусловлено компромиссом, который был достигнут на высшем уровне перед открытием съезда. Об этом свидетельствует не только удаление Троцкого от возможных бурных объяснении с делегатами, недовольными его политикой, но и изменение в позиции Сталина, который решительно выступил против «военной оппозиции», заявив: «Либо создадим настоящую рабоче-крестьянскую, строго дисциплинированную регулярную армию и защитим Республику, либо мы этого не сделаем, и тогда дело будет загублено… Проект, представленный Смирновым, неприемлем, так как он может лишь подорвать дисциплину в армии и исключает возможность создания регулярной армии».