Трудности усугубились начавшимся в мае наступлением Юденича на Петроград. Для организации отпора войскам Юденича в Петроград в середине мая был направлен Сталин. 10 июня ЦК признал «Питерский фронт первым по важности». Директива ЦК гласила: «Из дивизии, снимаемой с Востфронта, дать 2/3 Питеру, 1/3 Южфронту». 21 июня Красная Армия перешла в наступление и угроза Петрограду была устранена.
Троцкий с мая 1919 г. находился на Южном фронте. Как отмечает историк Андреа Грациози в своем исследовании «Большевики и крестьяне на Украине. 1918—1919 годы», «прибытие Троцкого повлекло за собой резкое ужесточение мер, направленных на превращение Красной Армии и ее партизанских отрядов в регулярную армию». Однако, по мнению историка, «грубое и механическое применение» этой установки игнорировало специфику Украины.
В результате действий Троцкого против «партизанщины», «количество восстаний, охвативших целые районы, росло». Политика Троцкого привела к обострению отношений с отрядами Махно, которые до этого были союзниками Красной Армии. «Решение о ликвидации Махно», считает Грациози, «очистило дорогу Деникину… 26 мая, несмотря на протесты Антонова-Овсеенко и на сообщения о наступлении Деникина, часть самого надежного воинского контингента была брошена на подавление махновщины… Деникин… получил возможность закрепить и развить успех».
Во второй половине июня войска Деникина подступили к Харькову. Выступив на пленуме Харьковского Совета рабочих, казачьих и крестьянских депутатов, Троцкий призвал превратить Харьков «и подступы к нему в укрепленный район», расширить и углубить мобилизацию харьковского пролетариата и поставить во главе Харьковского крепостного района Реввоенсовет. Однако, как отмечал Н.Е. Какурин, «эти мероприятия не дали желаемого результата, поскольку, по существу, они являлись чистой импровизацией». 25 июня Добровольческая армия под командованием В.З. Май-Маевского вошла в Харьков.
30 июня 1919 г. белые взяли Екатеринослав и Царицын, развертывая стремительное наступление на фронте от Днепра до Волги.
В своей телеграмме от 1 июля Троцкий признавал развал фронта и бессилие обычных для него методов управления войсками: «Ни агитация, ни репрессии не могут сделать боеспособной босую, раздетую, голодную, вшивую армию». Через пару дней Троцкий прибыл в Москву. «Это была самая низкая точка его падения в ходе Гражданской войны. Он признавал, что он ошибся в оценке Восточного фронта, когда он выступил против преследования Колчака. Теперь он должен был ответить на упреки за плохое руководство Украинским фронтом», – писал Дейчер.
По мнению историков Грациози и Адамса, «роль Троцкого в прорыве Денинкина, и, в любом случае, провал его миссии на Украине… можно считать одной из причин его разрыва с Лениным в июле 1919 года, имевшим важнейшие последствия в событиях последующих трех лет. Вполне допустимо, что Ленин считал тогда Троцкого в какой-то мере ответственным за поражение и все больше склонялся к мнению Сталина».
Вернувшись в Москву, Троцкий узнал, что Сталин предложил заменить С.С. Каменевым И.И Вацетиса на посту главнокомандующего вооруженными силами Республики. Это предложение было принято 8 июля. Оценивая ситуацию глазами Троцкого, Дейчер отмечал: «Кстати, сам Сталин успешно осуществил руководство обороной Петрограда против Юденича, и он купался в лучах славы недавней победы». Вряд ли у Сталина, отдававшего себе отчет в отчаянном положении республики, нашлось бы время, чтобы наслаждаться победой над Юденичем. Однако такое описание ощущений Троцкого Дейчером, вероятно, правильно объясняет последующие действия Предреввоенсовета. После того как 3 июля Вацетис по решению ЦК был отправлен в отставку, а И.Н. Смирнов, А.П. Розенгольц и Ф.Ф. Раскольников, друзья Троцкого по Свияжску, были уволены из Реввоенсовета, Троцкий подал в отставку со всех своих занимаемых постов.
Это была уже вторая отставка Троцкого за 20 месяцев существования Советской власти. Очевидно, что Троцкий воспринимал разгон своей «команды» как гораздо более страшное поражение, чем разгром красных армий на Южном фронте. Как и во время брестского провала, Троцкий думал только о своей политической судьбе и вновь, как и в феврале– марте 1918 года, просьба об отставке была для Троцкого лишь поводом для того, чтобы его долго упрашивали вернуться.
И все же, несмотря на явные свидетельства краха его военной политики, Троцкий не только уцелел, но его упрашивали остаться. Решение, принятое 5 июля 1919 года и подписанное В.И. Лениным, Л.Б. Каменевым, М.И. Калининым, Л.П. Серебряковым, И.В. Сталиным и Е.Д. Стасовой, объявляло, что оргбюро и политбюро ЦК не могут «принять отставку т. Троцкого и удовлетворить его ходатайство они абсолютно не в состоянии». Было очевидно, что руководство страны опасалось отправить в отставку человека, который был вторым после Ленина вождем партии и республики. Выставив Троцкого за пределы руководства, правящая партия получила бы потенциальный центр притяжения сил, недовольных Лениным и его сторонниками. А это было чрезвычайно опасно в ходе Гражданской войны.
Как и в результате своего единодушного избрания в ЦК VII съездом партии после катастрофического поражения в Бресте, Троцкий вновь получил свидетельство своей незаменимости. Решение гласило, что «отставка т. Троцкого… была бы величайшим вредом для Республики». Политбюро и оргбюро даже объявляли о намерении предоставить Троцкому «полную возможность всеми средствами добиваться того, что он считает исправлением линии в военном вопросе, и, если он пожелает, постараться ускорить съезд партии». Идя навстречу пожеланиям предреввоенсовета, оргбюро и политбюро объявляли о том, что они «сделают все от них зависящее, чтобы сделать наиболее удобной для т. Троцкого и наиболее плодотворной для Республики ту работу на Южном фронте, самом трудном, самом опасном и самом важном в настоящее время, которую избрал сам т. Троцкий».
В эти дни, как свидетельствовал Троцкий, Ленин выдал ему «бланк, написавши внизу страницы следующие строки: «Товарищи. Зная строгий характер распоряжений тов. Троцкого, я настолько убежден, в абсолютной степени убежден, в правильности, целесообразности и необходимости для пользы дела даваемого тов. Троцким распоряжения, что поддерживаю это распоряжение всецело. В. Ульянов (Ленин)».
Оставшись во главе Красной Армии, Троцкий летом 1919 года не мог добиться успеха в боевых действиях лишь за счет получения карт-бланша от Ленина. Сохраняя под своим контролем Южный фронт, Троцкий обнаруживал свою беспомощность остановить наступление деникинских армий. Ленин вновь стал открыто выражать неудовлетворение деятельностью Троцкого, к тому же справедливо «заподозрив, что Троцкий старался дискредитировать нового Главнокомандующего в глазах командиров Южного фронта».
Свидетельством полного тупика, в который зашло военно-стратегическое мышление Троцкого, стала подготовка им 5 августа 1919 года секретного меморандума для ЦК, в котором он, словно повторяя приказ Павла I атаману Платову, выдвинул безумный план прорыва Красной Армии из России в Индию. Как подчеркивал Дейчер, на это решение Троцкого повлияли два обстоятельства. С одной стороны, в момент подготовки меморандума он не видел никакой возможности для Советской власти удержаться на европейской территории России. С другой стороны, из Индии пришли известия о кампании гражданского неповиновения, руководимой Махатмой Ганди. «Это сочетание событий привело в движение политическое воображение Троцкого и повело его в странном направлении».
Троцкий предложил направить в Сибирь «лучшие элементы Украинской партии, освободившиеся ныне по независящим причинам от советской работы. Если они потеряли Украину, пусть завоевывают для советской революции Сибирь». Троцкий отмечал, что «европейская революция как будто отодвинулась. И что уж совершенно вне сомнения – мы сами отодвинулись с запада на восток… Из этой перемены вытекает необходимость перемены ориентации». Поэтому он предлагал поставить вопрос о подготовке «элементов азиатской ориентации и, в частности… военного удара на Индию, на помощь индусской революции».
«Ареной близких восстаний может стать Азия, – утверждал Троцкий, – наша задача состоит в том, чтобы своевременно совершить необходимое перенесение центра тяжести нашей международной ориентации… Если конница в маневренной Гражданской войне, как показал опыт, имеет огромное значение, то роль ее в азиатских операциях представляется бесспорно решающей. Один серьезный военный работник предложил еще несколько месяцев тому назад план создания корпуса (30000-40000 всадников) с расчетом бросить его на Индию». «Разумеется, – отмечал далее Троцкий, – такой план требует тщательной подготовки – как материальной, так и политической… Между тем международная обстановка складывается, по-видимому, так, что путь на Париж и Лондон лежит через города Афганистана, Пенджаба и Бенгалии».