Помимо установления множества новых видов птиц и насекомых, а также массы фактов по биологии и географическому распространению животных и растений основным результатом исследований Уоллеса было разграничение органической природы архипелага на два отдела: индо-малайский, куда относятся большие острова Калимантан, Суматра, Ява, и австрало-малайский, куда относятся острова по побережью Новой Гвинеи и Молуккские; остров Сулавеси занимает, по Уоллесу, промежуточное и довольно самостоятельное положение. Граница между этими отделами проходит к востоку от Явы, между двумя маленькими островами Бали и Ломбок, а затем по глубокому проливу, отделяющему Калимантан от Сулавеси. По одну сторону от этой линии фауна и флора носят индийский отпечаток, по другую – австралийский. Объяснить этот факт, не находящий себе никакого оправдания в климате, различия которого на востоке и западе архипелага ничтожны, можйо, по Уоллесу, только допущением, что индо-малайская часть архипелага была в недалеком геологическом прошлом частью Индо-Китая, а австрало-малайская входила в состав австралийско-новогвинейской суши. Любопытно, что распространение человеческих племен архипелага, по исследованиям Уоллеса, в общем почти совпадает с распределением фауны и флоры: индо-малайская часть населена племенами гладковолосой, скуластой малайской расы, а австрало-малайская – шерстисто-волосыми черными папуасами. Хотя данные Уоллеса и подвергались впоследствии уточнениям и поправкам, однако основные положения его сохраняют значение и по сию пору, причем установленная им демаркационная линия так и называется биогеографами линией Уоллеса.
Годы, последовавшие за выходом в свет «Малайского архипелага», были для Уоллеса периодом наиболее плодотворной и интенсивной научной работы: он не оставлял разработки вопросов эволюционной теории, в области которой он безусловно признал приоритет и авторитет Дарвина (свою книгу о теории эволюции, опубликованную в 1889 г., он назвал «Дарвинизм»), но помимо этого он деятельно принялся за разработку и систематизацию накопившегося в науке совершенно не истолкованного в свете эволюционной теории материала по географическому распространению животных. Личные исследования на конкретном материале малайской фауны дали ему в этом отношении прекрасную подготовку. По его собственным словам, он поставил своей задачей развить проблемы географического распространения организмов, только намеченные Дарвином в XII и XIII главах его «Происхождения видов», примерно в таком же масштабе, как сам Дарвин сделал это с первой главой «Происхождения видов», развив намеченные в ней вопросы в своих «Одомашненных животных и растениях». И Уоллес блестяще справился со своей задачей, выпустив в 1876 году два тома «Географического распространения животных», в которых он собрал и критически обработал колоссальный материал, касающийся распространения животных во времени и пространстве, зоогеографического районирования суши и генезиса отдельных фаун. Положив в основу зоогеографического районирования суши области, намеченные Склэтером (1875 г.), Уоллес уточнил и обрисовал их неизмеримо более детально, так что они вошли в науку под названием областей Склэтера – Уоллеса или просто «уоллесовских областей».
В 1880 году Уоллес выпустил, как бы в виде теоретического дополнения к перегруженному фактическим материалом вышеупомянутому сочинению, превосходную книгу под названием «Островная жизнь» (Island life). В первой части книги разбираются общие вопросы, связанные с объяснением географического распространения организмов, во второй анализируются фауна и флора океанических и континентальных островов.
С особенной полнотой разбираются автором климатические изменения минувших геологических времен, особенно ледниковых периодов. Живейшим образом заинтересовавшись последними, Уоллес даже специально ездил в 1895 г. в Швейцарию, чтобы лично ознакомиться с ледниками и оставляемыми ими изменениями. Чрезвычайно характерна точка зрения на взаимоотношение океанов и материков, проводимая Уоллесом в «Островной жизни». Он резко восстает против злоупотребления гипотетическими «мостами суши» в виде затонувших Атлантид, Лемурий, Гондван. Этому злоупотреблению он противопоставляет теорию постоянства океанических бассейнов. В настоящее время сторонников теории «мостов» суши осталось среди ученых немного. Выдвинутые впервые А. Вегенером идеи о горизонтальном дрейфе континентов встретили у биогеографов сочувственное отношение. В настоящее время эти представления в значительно модернизированном виде принимаются рядом геологов и служат основой биогеографических представлений. Из работ географического содержания, относящихся к тому же периоду деятельности Уоллеса, упомянем «Тропическую природу», вышедшую в 1878 г., и большую сводку «Австралазия», входящую в географический Компендиум Стэнфорда (1879, Stanfords Compendium; 2-е изд. в 1893 г.). Не переставая разрабатывать вопросы эволюции органического мира в свете теории естественного отбора, Уоллес резюмировал свои взгляды в большой сводке под заглавием «Дарвинизм», в которой он с обычной ясностью и простотой разбирает наиболее трудные темы, полемизирует с последователями Ламарка и излагает пункты своего расхождения с Дарвином (как известно, Уоллес отрицательно относился к выдвинутому Дарвином принципу полового отбора и не признавал наследования приобретенных особенностей).