Разнообразие фауны Большого рифа, как и всего тропического пояса, связано с постоянством океанографических и географических условий на протяжении длительного времени и с высокой продуктивностью вод рифа. По новейшим исследованиям, отсюда представители морской тропической фауны расселялись по западной части Тихого океана. Большой риф отграничен от материка относительно широким проливом. Кроме того, риф пересекают несколько судоходных проливов, разделяющих его на ряд массивов.
В отлив обнажаются также многочисленные рифы и отмели, расположенные вокруг островов и среди вод океана. Риф круто обрывается на восток к Коралловому морю. Этот его край активный, растущий. Он принимает на себя всю силу океанского прибоя. Зыбь, создаваемая постоянно действующим пассатом, всегда приходит с востока. Буруны мощного прибоя разрушили бы в конце концов самую твердую горную породу. Но здесь им противостоит созидательная деятельность миллиардов крошечных живых существ. И океан бессилен сокрушить риф. Под защитой рифа в тихих водах разрастаются огромные и тонкие коралловые колонии, нежные и стройные коралловые кусты и деревья, огромные веера и грибы, замки и храмы. Есть мадрепоровые кораллы голубого цвета, розового, лилового, светло–зеленого, желтого. Исключительно разнообразны раковины моллюсков — крупные глянцевые каури, жемчужницы, гигантские тридакны.
Условия навигации в районе Большого Барьерного рифа очень сложные. На близком расстоянии находятся большие глубины и мелководья, непреодолимые даже для малых судов. Здесь потерпел аварию один из кораблей Кука. Как показали новейшие исследования, возраст рифа около 1 млн. лет. В некоторых районах рифа созданы подводные заповедники. Подводную жизнь посетители могут наблюдать, плавая с аквалангом, с катеров с прозрачным дном и со специальных смотровых галерей, сделанных ниже уровня моря.
Очень своеобразен и исключителен по биологической продуктивности Перуанский район. Климат здесь относительно прохладный и сухой. С юга медленно движутся воды холодного Перуанского течения. Оно образует две струи. Прибрежная струя идет вдоль берега обычно до 4° ю. ш., а затем отходит от берега и исчезает у экватора. Действие сгонных ветров и поперечной циркуляции обусловливает подъем вод с глубины. Языки поднявшейся холодной воды протягиваются на северо–запад. Встречаясь со струями противотечения, они образуют серию круговоротов. Близ экватора прохладные воды Перуанского течения соприкасаются с теплыми водами.
Подъем вод в прибрежной зоне Перу приводит к значительному обогащению поверхностных слоев питательными солями. Создаются исключительно благоприятные условия для развития фитопланктона и перуанского анчоуса, температурный оптимум для которого 14–17°. Анчоус достигает огромной численности. Особенно много его между 6 и 15° ю. ш. на площади 200 тыс. км 2. Здесь обычно ежегодно вылавливается около 10 млн. т этой рыбы. Такое обилие анчоуса в значительной мере связано с простотой пищевых взаимоотношений. Пищевая цепь предельно короткая: диатомовые водоросли — промысловая рыба. Поэтому энергетические потери минимальны, а численность рыбы, наоборот, максимальна. Благодаря этим скоплениям анчоуса Республика Перу вышла на первое место в мире по общему объему вылавливаемой рыбы (рис. 9).
Рис. 9. Улов придонных рыб тралом у берегов Перу
Из–за низкой температуры воды к экватору проникают многие холодолюбивые животные — морские львы, пингвины. Здесь нет коралловых рифов, нет богатой тропической растительности на суше. Вдоль берега — пустыня. (Рис. 9. Улов придонных рыб тралом у берегов Перу)
Каждый год летом южного полушария при ослаблении юго–восточного пассата в приэкваториальной зоне теплая экваториальная вода распространяется вдоль берега Эквадора и Перу на юг, навстречу Перуанскому течению, до 5° ю. ш. или несколько дальше. Протяженность на юг и сила потока зависят от метеорологической и океанографической обстановки в данное лето — от силы пассатов, интенсивности Экваториального противотечения и Перуанского течения. В годы, когда летом система течений смещается на юг и стихает юго–восточный ветер, ослабевает подъем вод, повышается температура на поверхности. При этом экваториальная вода, видимо, в основном из района Панамского залива, распространяется вдоль берега на юг до 14–15° ю. ш. и дальше. Это явление, как и само теплое течение на юг, называется Эль — Ниньо. Оно повторяется нерегулярно (ранее отмечалось в 1891, 1925, 1941, 1953, 1957–1958, 1965, 1972–1973 гг.). Эль — Ниньо приносит не свойственную этому району очень теплую экваториальную воду пониженной солености. Подъем холодных вод ослабевает и идет лишь в малом числе мест. В результате рыба частично мигрирует на юг и массами гибнет. На пустынной суше тоже происходят необычные явления: выпадают тропические ливни, вызывающие наводнения и смыв почвы, проносятся штормы.